Анализ сегрегантов
Сервисные преимущества
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● Точная локализация: смешивание булавки с 30+30-200+200 особей для минимизации фонового шума; Неснонимичные мутатанты, основанные на кандидатах, прогнозирование региона кандидатов.
● Комплексный анализ: углубленная аннотация гена-кандидатов, включая NR, Swissprot, GO, Kegg, Cog, Kog и т. Д.
● Более быстрое время выполнения: быстрая локализация генов в течение 45 рабочих дней.
● Обширный опыт: BMK внесла свой вклад в тысячи локализации черт, охватывая различные виды, такие как сельскохозяйственные культуры, водные продукты, леса, цветы, фрукты и т. Д.
Спецификации обслуживания
Население:
Разделение потомства родителей с противоположными фенотипами.
Например, потомство F2, обратная скрещивание (BC), рекомбинантная инбредная линия (RIL)
Смешивание бассейна
Для качественных признаков: от 30 до 50 человек (минимум 20)/объем
Для количественного тратита: лучших от 5 до 10% особей с любым экстремальным фенотипами во всей популяции (минимум 30+30).
Рекомендуемая глубина секвенирования
По меньшей мере 20x/родитель и 1x/потомство индивидуально (например, для пула смешивания потомства 30+30 индивидуального, глубина секвенирования будет составлять 30x на объем)
Биоинформатика анализа
● Повторное повторное воздействие генома
● Обработка данных
● SNP/Indel Call
● Скрининг региона кандидатов
● Аннотация функции гена -кандидата
Требования к выборке и доставка
Требования к образцу:
Нуклеотиды:
| Образец GDNA | Образец ткани |
| Концентрация: ≥30 нг/мкл | Растения: 1-2 г |
| Количество: ≥2 мкг (вольм ≥15 мкл) | Животные: 0,5-1 g |
| Чистота: OD260/280 = 1,6-2,5 | Целая кровь: 1,5 мл |
Обслуживание рабочего перехода
Дизайн эксперимента
Образец доставки
РНК -экстракция
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажные услуги
1. База анализа ассоциации на евклидовом расстоянии (ED) для определения области кандидата. На следующем рисунке
Ось X: номер хромосомы; Каждая точка представляет значение ED SNP. Черная линия соответствует установленному значению ЭД. Более высокое значение ED указывает на более значительную связь между сайтом и фенотипом. Red Dash Line представляет порог значимой ассоциации.
2. Анализ ассоциации на основе NO SNP-индекса
Ось X: номер хромосомы; Каждая точка представляет значение SNP-Index. Черная линия обозначает установленное значение SNP-Index. Чем больше значение, тем важнее ассоциация.
BMK Case
Основной эффект количественного признака локус FNL7.1 кодирует поздний эмбриогенез, обильный белок, связанный с длиной фруктов в огурце
Опубликовано: Plant Biotechnology Journal, 2020
Стратегия секвенирования:
Родители (Jin5-508, YN): повторное воздействие на целое геном для 34 × и 20 ×.
ДНК-бассейны (50 с длинной шеей и 50 короткой шея): повторное воздействие на 61 × и 52 ×
Ключевые результаты
В этом исследовании сегрегирующая популяция (F2 и F2: 3) была получена путем пересечения линии огурца с длинной шеей Jin5-508 и короткой шея YN. Два пула ДНК были построены 50 экстремальными индивидуумами с длинной шеей и 50 индивидуумами с крайней короткой культурой. QTL основного эффекта был идентифицирован на CHR07 с помощью анализа BSA и традиционного картирования QTL. Область кандидата была дополнительно сужена с помощью тонкого картирования, количественного определения экспрессии генов и трансгенных экспериментов, которые выявили ключевой ген в контроле длины шеи, CSFNL7.1. Кроме того, было обнаружено, что полиморфизм в промоторной области CSFNL7.1 связан с соответствующей экспрессией. Дальнейший филогенетический анализ показал, что локус FNL7.1, скорее всего, возникнет из Индии.
 QTL-картирование в анализе BSA для определения области кандидата, связанной с длиной шеи огурца |  LOD Профили QTL длиной огурирования с огурцом, идентифицированные на CHR07 |
Xu, X., et al. «Локус количественного признака основного эффекта Fnl7.1 кодирует поздний эмбриогенез, обильный белок, связанный с длиной фруктовой шеи в огурце». Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
