BMKMANU S3000_SPATIAL TRANSCRICTOME
Bmkmanu S3000 Пространственная транскриптомная техническая схема
Функции
- Разрешение: 3,5 мкм
- точечный диаметр: 2,5 мкм
- Количество пятен: приблизительно 4 миллиона
- 3 возможные форматы площади захвата: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм или 15 мм * 20 мм
- Каждая штрих -кодированная бусина загружена праймерами, состоящими из 4 секций:
• Поли (DT) хвост для мРНК -праймирования и синтеза кДНК,
• Уникальный молекулярный идентификатор (UMI) для исправления смещения усиления
• Пространственный штрих -код
• Последовательность связывания частичного праймера секвенирования считывания 1
- H & E и флуоресцентное окрашивание секций
- Возможность использования технологии сегментации клеток: интеграция окрашивания H & E, флуоресцентное окрашивание и секвенирование РНК для определения границ каждой клетки и правильно назначить экспрессию генов каждой клетке. Обработка анализа пространственного профилирования вниз по течению на основе ячейки.
- Возможно, чтобы добиться многоуровневого анализа разрешения: гибкий многоуровневый анализ в диапазоне от 100 до 3,5 мкм для разрешения разнообразных тканевых признаков при оптимальном разрешении.
Преимущества Bmkmanu S3000
-Удвоение пятен захвата до 4 миллионов: с улучшенным разрешением 3,5 мкм, что приводит к более высокому обнаружению генов и UMI на клетку. Это приводит к улучшению кластеризации клеток на основе транскрипционных профилей, с более тонкими деталями, которые соответствуют структуре тканей.
- Субцеллюлярное разрешение:Каждая область захвата содержала> 2 миллиона пространственных штрих-кодированных пятен диаметром 2,5 мкм и расстоянием 5 мкМ между центрами точечных центров, что обеспечивает анализ пространственного транскриптома с субклеточным разрешением (5 мкМ).
-Многоуровневый анализ разрешения:Гибкий многоуровневый анализ в диапазоне от 100 до 5 мкм для разрешения разнообразных тканевых признаков при оптимальном разрешении.
-Возможность использования технологии сегментации клеток «три в одном слайде»:Комбинируя окрашивание флуоресценции, окрашивание H & E и секвенирование РНК на одном слайде, наш алгоритм анализа «три в одном» способствует идентификации границ клеток для последующей транскриптомики на основе клеток.
-Совместим с несколькими платформами секвенирования: Доступны как NGS, так и длинно читаемого секвенирования.
-Гибкая конструкция 1-8 областей активного захвата: Размер области захвата гибкий, возможно, использовать 3 формата (6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм и 15 мм * 20 мм)
-ОДИНСКАЯ СЛУЖБА: интегрирует все этапы опыта и навыков, включая крио-сечение, окрашивание, оптимизацию тканей, пространственное штрих-кодирование, подготовку библиотеки, секвенирование и биоинформатику.
-Комплексная биоинформатика и удобная визуализация результатов:Пакет включает в себя 29 анализов и 100+ высококачественных рисунков, в сочетании с использованием разработанного программного обеспечения для визуализации и настройки расщепления ячеек и кластеризации точечной.
-Индивидуальный анализ данных и визуализация: Доступно для различных запросов на исследования
-Высококвалифицированная техническая команда: с опытом более 250 типов тканей и 100+ видов, включая человека, мыши, млекопитающие, рыбу и растения.
-Обновления в реальном времени на весь проект: с полным контролем экспериментального прогресса.
-Дополнительный совместный анализ с одноклеточным секвенированием мРНК
Спецификации обслуживания
| Требования к выборке | Библиотека | Стратегия секвенирования | Данные рекомендуются | Контроль качества |
| Октубленные образцы крио (Оптимальный диаметр: ок. 6 × 6 × 6 мм³) 2 блока на выборку 1 для эксперимента, 1 для резервной копии | Библиотека кДНК S3000 | Illumina PE150 | 160 тыс. П.Е. чтения на 100 мкм (250 ГБ) | Рин> 7 |
Для получения более подробной информации о руководстве по подготовке к примеру и рабочим процессам обслуживания, пожалуйста, не стесняйтесь поговорить сЭксперт BMKGENE
Обслуживание рабочего перехода
На фазе препарата образца проводится начальное исследование извлечения объемной РНК для обеспечения получения высококачественной РНК. На стадии оптимизации ткани срезы окрашиваются и визуализируются, а условия проницаемости для высвобождения мРНК из ткани оптимизируются. Оптимизированный протокол затем применяется во время конструкции библиотеки, за которым следует секвенирование и анализ данных.
Полный рабочий процесс обслуживания включает в себя обновления в реальном времени и подтверждения клиентов для поддержания отзывчивого цикла обратной связи, обеспечивая плавное выполнение проекта.
Данные, сгенерированные BMKManu S3000, анализируются с использованием программного обеспечения «BSTMatrix», которое независимо спроектировано BMKGene, генерируя матрицу экспрессии генов генов на уровне клеток и многоуровневого разрешения. Оттуда генерируется стандартный отчет, который включает в себя контроль качества данных, анализ внутренней выборки и межгрупповой анализ.
- Контроль качества данных:
- Вывод данных и распределение баллов качества
- Обнаружение генов за место
- Тканевое покрытие
- Анализ внутренней выборки:
- Гиновое богатство
- точечная кластеризация, включая анализ пониженного размера
- Анализ дифференциальной экспрессии между кластерами: идентификация маркерных генов
- Функциональная аннотация и обогащение маркерных генов
- Межгрупповой анализ
-повторная комбинация пятен из обоих образцов (например, боль.
- Идентификация маркерных генов для каждого кластера
- Функциональная аннотация и обогащение маркерных генов
- дифференциальная экспрессия одного и того же кластера между группами
Кроме того, BMKGENE, разработанный «BSTVIEWER», является удобным для пользователя инструмент, который позволяет пользователю визуализировать экспрессию генов и точечную кластеризацию в разных разрешениях.
BMKGENE предлагает услуги пространственного профилирования с точным одноклеточным разрешением (на основе ячейки ячейки или многоуровневого квадратного корзина от 100 мум до 3,5 мм).
Данные о пространственном профилировании из срезов ткани на слайде S3000 выполнены хорошо, как и ниже.
Тематическое исследование 1: мозг мыши
Анализ сечения мозга мыши с S3000 приводил к идентификации ~ 94 000 клеток с медианным секвенированием ~ 2000 генов на клетку. Улучшенное разрешение 3,5 мкм привело к очень подробной кластеризации клеток на основе паттернов транскрипции, при этом кластеры клеток имитировали дифференцированные мозговые структуры. Это легко наблюдается путем визуализации распределения клеток, сгруппированных в виде олигодендроцитов и клеток микроглии, которые почти исключительно расположены в сером и белом веществе, соответственно.
Пример 2: Эмбрион мыши
Анализ сечения эмбриона мыши с S3000 приводил к идентификации ~ 2200 000 клеток с медианным секвенированием ~ 1600 генов на клетку. Улучшенное разрешение 3,5 мкм привело к очень подробной кластеризации клеток на основе транскрипционных паттернов, с 12 кластерами в области глаза и 28 кластеров в области мозга.
Анализ внутренней выборки кластеризация ячейки:
Маркерные гены идентификация и пространственное распределение:
-Более высокое разрешение субклеточного звена: по сравнению со S1000 Slide, каждая площадь захвата S3000 содержала> 4 миллиона пространственных штрих-кодированных пятен диаметром 2,5 мкм и расстоянием 3,5 мкм между центрами точечных центров, обеспечивая анализ пространственного транскрипта с более высоким суб-клеточным разрешением. (Квадратная корзина: 3,5 мкм).
- Более высокая эффективность захвата: по сравнению со S1000 Slide, Median_umi увеличивается с 30% до 70%, Median_gene увеличивается с 30% до 60%
Схема чипа S1000:
Схема чипа S3000:
