De novo бактериальный геном сборка
Мы предоставляем полную службу сборки бактериального генома, гарантируя 0 пробелов. Это возможно благодаря интеграции технологий последовательности с длинным чтением, таких как нанопора и Pacbio для сборки и короткого чтения с Illumina для проверки сборки и исправления ошибок чтения ONT. Наш сервис предоставляет полный биоинформационный рабочий процесс от сборки, функциональной аннотации и передового биоинформатического анализа, достигая конкретных целей исследования. Эта услуга позволяет разработать точные эталонные геномы для различных генетических и геномных исследований. Кроме того, он составляет основу для таких приложений, как оптимизация штаммов, генотическая инженерия и разработка микробных технологий, обеспечивая надежные и безразличные геномные данные, которые имеют решающее значение для продвижения научных идей и биотехнологических инноваций.
Сервисные функции
● С двумя возможными вариантами выбора в зависимости от желаемой степени полноты генома.
● Вариант черновика генома: коротко читаемое секвенирование с Illumina novaseq PE150.
● Завершите 0 GAP Genome.
● Секвенирование с длинным чтением на нанопоре Promethion 48 или Pacbio Revio для сборки генома.
● Секвенирование короткого чтения на illumina novaseq для проверки генома и коррекции ошибок (нанопора) или для создания чернового генома.
Сервисные преимущества
●Гарантирован геном с нулевым зазором: Это связано с интеграцией секвенирования Illumina с длинным секвенированием чтения (Nanopore или Pacbio).
●Полный рабочий процесс биоинформатики:Это включает в себя сборку генома и прогнозирование множественных геномных элементов, функциональных аннотаций генов и визуализаций генома, таких как график Circos.
●Обширный опыт: Бмкген приносит более 20 000 микробных геномов, BMKGene приносит более десятилетия опыта, высококвалифицированную группу по анализу, всеобъемлющий контент и отличную поддержку после продажи.
●Поддержка после продажи:Наше обязательство выходит за рамки завершения проекта с 3-месячным периодом послепродажного обслуживания. В течение этого времени мы предлагаем последующее наблюдение за проектом, помощь в устранении неполадок и сеансы вопросов и ответов для решения любых запросов, связанных с результатами.
●Доступны несколько стратегий секвенирования:Для различных целей исследования и требований к полноте генома.
Спецификации обслуживания
| Услуга | Стратегия секвенирования |
| Черновик геном | Illumina PE150 100x |
| 0 GAP Genome | Nanopore 100x + Illumina pe150 100x Or Pacbio Hifi 30x + Illumina PE150 100x (необязательно) |
Требования к образцу:
| Концентрация (нг/мкл) | Общее количество (мкг) | Объем (мкл) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,0 |
| Нанопора | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Бактерии: ≥3,5x1010 ячейки
Обслуживание рабочего перехода
Образец доставки
Библиотека строительство
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажные услуги
Включает следующий анализ:
● Секвенирование управления качеством данных
● Сборка генома
● Анализ компонентов генома: прогнозирование CD и множественных геномных элементов
● Функциональная аннотация с несколькими общими базами данных (GO, KEGG и т. Д.) И расширенными базами данных (Card, VFDB и т. Д.)
● Визуализация генома
Мы предоставляем геном в легкодоступном формате FASTA и файле аннотации генома (GFF).
Аннотация гена - иди
Анотация генов - углеводы Cazy
Визуализация генома - график цирки
Исследуйте достижения, облегченные службами сборки бактериального генома BMKGENE посредством кураторской коллекции публикаций.
Dai, W. et al. (2023) «Открытие Bacteroides uniformis f18-22 как безопасная и новая пробиотическая бактерия для лечения язвенного колита от здоровой толстой кишки»,Международный журнал молекулярных наук, 24 (19), с. 14669. DOI: 10.3390/ijms241914669/s1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Изоляты Multrug Resistant Proteus mirabilis, несущие Blaoxa-1 и Blandm-1 из дикой природы в Китае: повышение риска здоровья общественного здравоохранения »,Интегративная зоология, 16 (6), с. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) «Полная последовательность генома эндофита bacillus flexus klbmp 4941 выявляет его механизм развития растений и генетическую основу для солевой толерантности»,Журнал биотехнологии, 260, с. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) «Плазмиды устойчивости к множеству повторных репликонов Klebsiella опосредуют обширное распространение антимикробных генов»,Границы в микробиологии, 12, с. 754931. DOI: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
