Секвенирование ампликонов (16S/18S/ITS)

Секвенирование ампликона (16S/18S/ITS) с помощью Illumina — это метод анализа микробного разнообразия путем идентификации микробных профилей в соответствии с их последовательностями, а затем попытки расшифровать богатство и разнообразие сообществ внутри каждого образца и между образцами. Конвейер BMKCloud Amplicon (NGS) позволяет анализировать 16S, 18S, ITS и множество функциональных генов. Он начинается с обрезки прочтений, сборки парных прочтений и оценки качества, после чего следует кластеризация схожих прочтений для создания операционных таксономических единиц (OTU), используемых в шести различных разделах анализа. Таксономическая аннотация предоставляет информацию об относительной численности и составе каждого образца, а анализ альфа- и бета-разнообразия фокусируется на микробном разнообразии внутри и между образцами соответственно. Дифференциальный анализ между группами находит OTU, которые различаются с помощью как параметрических, так и непараметрических тестов, тогда как корреляционный анализ связывает эти различия с факторами окружающей среды. Наконец, функциональное изобилие генов прогнозируется на основе изобилия маркерных генов, что дает представление о функции и экологии в каждом образце.