Секвенирование ампликонов 16S/18S/ITS-NGS
Особенности сервиса
● Платформа для секвенирования: Illumina NovaSeq.
● Усиление коротких областей 16S, 18S и ITS, среди других целей амплификации.
● Гибкий выбор ампликона.
● Предыдущий опыт реализации проектов с несколькими целями усиления.
Преимущества сервиса
●Без изоляции:Быстрая идентификация микробного состава в пробах окружающей среды.
●Высокое разрешение: В образцах окружающей среды с низким содержанием компонентов.
●Широко применимо: Разнообразные исследования микробного сообщества.
●Комплексный биоинформатический анализ: Новейший пакет QIIME2 (количественный анализ микробной экологии) с разнообразным анализом с точки зрения базы данных, аннотаций, OTU/ASV.
●Обширная экспертиза: Ежегодно BMKGENE реализует 150 тысяч проектов секвенирования ампликонов и располагает более чем десятилетним опытом, высококвалифицированной аналитической командой, обширным контентом и отличной послепродажной поддержкой.
Технические характеристики услуги
| Библиотека | Стратегия последовательности | Рекомендуемые данные |
| Ампликон | Иллюмина PE250 | 50/100/300 тыс. тегов (чтение пар) |
Требования к обслуживанию
| Концентрация (нг/мкл) | Общая сумма (нг) | Объем (мкл) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Почва/ил: 1–2 г.
● Кишечное содержимое животного происхождения: 0,5–2 г.
● Кишечное содержимое насекомых: 0,1-0,25 г.
● Поверхность растения (обогащенный осадок): 0,1–0,5 г.
● Обогащенный осадок ферментационного бульона): 0,1-0,5 г
● Фекалии (крупные животные): 0,5–2 г.
● Фекалии (мышиные): 3–5 зерен.
● Жидкость для легочного альвеолярного лаважа: фильтровальная бумага.
● Вагинальный мазок: 5-6 мазков.
● Мазок с кожи/половых органов/слюны/мягких тканей полости рта/мазок из глотки/мазок из прямой кишки: 2–3 мазка.
● Поверхностные микроорганизмы: фильтровальная бумага.
● Водоем/воздух/биопленка: фильтровальная бумага.
● Эндофиты: 1–2 г.
● Зубной налет: 0,5–1 г.
Рабочий процесс обслуживания
Доставка образца
Строительство библиотеки
Секвенирование
Анализ данных
Послепродажное обслуживание
Включает в себя следующий анализ:
- Контроль качества исходных данных
- Кластеризация OTU/Удаление шума (ASV)
- аннотация ОТУ
- Анализ альфа-разнообразия: несколько индексов, включая Шеннон, Симпсон и ACE.
- Бета-анализ разнообразия
- Межгрупповой анализ
- Корреляционный анализ: между факторами окружающей среды, составом и разнообразием OUT
- Предсказание функционального гена 16S
Гистограмма таксономического распределения
Тепловая карта кластеризации таксономического обилия
Анализ альфа-разнообразия: кривая разрежения
анализ бета-разнообразия: NMDS
Межгрупповой анализ: открытие биомаркера LEFSE
Изучите достижения, достигнутые благодаря услугам BMKGene по секвенированию ампликонов совместно с Illumina, с помощью тщательно подобранной коллекции публикаций.
Донг, С. и др. (2022) «Сборка, основная микробиота и функции ризосферной почвенной и коровой микробиоты Eucommia ulmoides», Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Ли, Ю. и др. (2023) «Трансплантация синтетических бактериальных консорциумов для лечения бактериального вагиноза, вызванного Gardnerella vaginalis, у мышей», Microbiome, 11 (1), стр. 1–14. дои: 10.1186/s40168-023-01497-y
Ян Дж., Фу Ю. и Лю Х. (2022) «Микробиомы воздушной пыли, собранной во время наземного закрытого эксперимента по биорегенеративному жизнеобеспечению «Лунный дворец 365», Экологические микробиомы, 17 (1), стр. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/РИСУНКИ/8.
Инь, С. и др. (2022) «Зависимое от сырья количество функциональных генов, связанных с трансформацией азота, контролируемой потерей азота при компостировании», Bioresource Technology, 361, стр. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
