Secvențiere transcriptom întreg - Illumina
Caracteristici
● Biblioteca duală pentru a secvența transcriptomului complet: epuizarea ARNR urmată de pregătirea bibliotecii PE150 și selectarea mărimii urmată de pregătirea bibliotecii SE50
● Analiza bioinformatică completă a ARNm, lncrna, CircRNA și miRNA în rapoarte bioinformatice separate
● Analiza comună a întregii expresii ARN într -un raport combinat, inclusiv analiza rețelelor CERNA.
Avantaje de serviciu
●Analiza aprofundată a rețelelor de reglementare: Analiza rețelei CERNA este activată prin secvențarea comună a mRNA, lncRNA, CircRNA și miRNA și de un flux de lucru bioinformatic exhaustiv.
●Adnotare cuprinzătoare: Folosim mai multe baze de date pentru a adnota funcțional genele exprimate diferențial (DEG) și efectuăm analiza de îmbogățire corespunzătoare, oferind informații despre procesele celulare și moleculare care stau la baza răspunsului transcriptom.
●Expertiză extinsă: Cu un palmares de închidere cu succes peste 2100 de proiecte transcriptome întregi în diverse domeniu de cercetare, echipa noastră aduce o bogată experiență pentru fiecare proiect.
●Control riguros al calității: Implementăm puncte de control de bază pe toate etapele, de la pregătirea eșantionului și a bibliotecii până la secvențiere și bioinformatică. Această monitorizare minuțioasă asigură livrarea de rezultate constant de înaltă calitate.
●Suport post-vânzare: Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de serviciu după vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență de depanare și sesiuni de întrebări și întrebări pentru a aborda orice întrebări legate de rezultate
Cerințe de eșantion și livrare
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| rRNA epuizată | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Dimensiunea selectată | Illumina SE50 | 10-20m citiri |
Cerințe de eșantion:
Nucleotide:
| Conc. (Ng/µl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminare limitată sau fără proteină sau ADN prezentată pe gel. | Rin≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limitat sau fără altitudine de bază |
Eșantionul recomandat
Container: 2 ml tub de centrifugă (folia de staniu nu este recomandată)
Etichetare de probă: grup+replică de exemplu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expediere:
1. ICE uscat: probele trebuie să fie ambalate în pungi și îngropate în gheață uscată.
2. Tuburi RNASTABLE: Probele de ARN pot fi uscate în tubul de stabilizare ARN (de exemplu, RNASTABLE®) și expediate la temperatura camerei.
Flux de lucru de serviciu
Proiectare experiment
Livrare de probe
Extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Bioinformatică
Prezentare generală a expresiei ARN
Gene exprimate diferit
Analiza Cerna
MiRNA -uri exprimate diferit și ARN -uri conexe
Explorați progresele de cercetare facilitate de serviciile de secvențiere a întregului transcriptom al BMKGENE printr -o colecție curată de publicații.
Dai, Y. și colab. (2022) „Profiluri de expresie cuprinzătoare ale ARNm-urilor, lncRNA-urilor și miRNA-urilor în boala Kashin-Beck identificată prin secvențarea ARN”, Molecular Omics, 18 (2), p. 154-166. doi: 10.1039/d1mo00370d.
Liu, N. Nan și colab. (2022) „Analiza transcriptomilor de lungime completă a rezistenței la rece a APIS cerana în muntele Changbai în perioada de supraîncărcare.”, Gene, 830, p. 146503–146503. doi: 10.1016/j.gene.2022.146503.
Wang, XJ și colab. (2022) „Prioritizarea bazată pe integrarea multi-OMICS a rețelelor de reglare a ARN-ului endogen concurent în cancerul pulmonar cu celule mici: caracteristici moleculare și candidați la medicamente”, Frontiers in Oncology, 12, p. 904865. Doi: 10.3389/fonc.2022.904865/bibtex.
Xu, P. și colab. (2022) „Analiza integrată a profilelor de expresie lncRNA/CircRNA-miRNA-mRNA relevă perspective noi asupra mecanismelor potențiale ca răspuns la nematode cu noduri rădăcină în arahide”, genomică BMC, 23 (1), pp. 1-12. doi: 10.1186/s12864-022-08470-3/figuri/7.
Yan, Z. și colab. (2022) „Secvențializarea ARN-transcriptomului întreg evidențiază mecanismele moleculare asociate cu menținerea calității post-recoltare în broccoli prin iradiere cu LED-uri roșii”, Biologie și tehnologie post-recoltare, 188, p. 111878. Doi: 10.1016/j.potharvbio.2022.111878.
