Secvențierea bisulfitului întregului genom (WGBS)
Secvențierea bisulfiților a genomului întreg (WGBS) reprezintă metodologia standard de aur pentru explorarea în profunzime a metilării ADN-ului, în special poziția a cincea în citozină (5-mC), un regulator esențial al expresiei genelor și activității celulare. Principiul care stă la baza WGBS implică tratamentul cu bisulfit, care induce conversia citozinelor nemetilate în uracil (C în U), lăsând în același timp citozinele metilate neschimbate. Această tehnică oferă o rezoluție cu o singură bază, permițând cercetătorilor să investigheze cuprinzător metilomul și să descopere modele anormale de metilare asociate cu diferite afecțiuni, în special cancerul. Prin folosirea WGBS, oamenii de știință pot obține perspective de neegalat asupra peisajelor de metilare la nivelul întregului genom, oferind o înțelegere nuanțată a mecanismelor epigenetice care stau la baza diverselor procese biologice și boli.
Caracteristici de serviciu
● Necesită un genom de referință.
● Lambda ADN este adăugat pentru a monitoriza eficiența conversiei bisulfiților.
● Secvențiere pe Illumina NovaSeq.
Avantajele serviciului
●Standardul de aur pentru cercetarea metilării ADN-ului: Această tehnologie matură de procesare a conversiei de metilare are o precizie ridicată și o reproductibilitate bună.
●Acoperire largă și rezoluție cu o singură bază:detectarea situsurilor de metilare la nivel de genom.
●Platforma completa:oferiți un serviciu excelent, de la procesarea probelor, construcția de biblioteci, secvențiere până la analiza bioinformatică.
●Expertiza extinsa: cu proiectele de secvențiere WGBS finalizate cu succes într-o gamă variată de specii, BMKGENE aduce peste un deceniu de experiență, o echipă de analiză foarte calificată, conținut cuprinzător și asistență post-vânzare excelentă.
●Posibilitatea de a se alătura la analiza transcriptomică: permițând analiza integrată a WGBS cu alte date omice, cum ar fi ARN-seq.
Specificații eșantion
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Ieșire de date recomandată | Controlul calității |
| Tratat cu bisulfit | Illumina PE150 | 30x adâncime | Q30 ≥ 85% Conversie bisulfit > 99% |
Cerințe pentru mostre
| Concentrație (ng/µL) | Cantitatea totală (µg) | Cerințe suplimentare | |
| ADN genomic | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Degradare sau contaminare limitată |
Fluxul de lucru al serviciului
Livrare mostre
extragerea ADN-ului
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Livrarea datelor
Include următoarea analiză:
● Controlul calității secvențierii brute;
● Maparea la genomul de referință;
● Detectarea bazelor metilate 5mC;
● Analiza distribuției metilării și adnotări;
● Analiza regiunilor metilate diferențiat (DMR);
● Adnotarea funcțională a genelor asociate DMR.
Detectarea metilării 5mC: tipuri de situsuri metilate
Harta de metilare. Distribuție la nivelul genomului de metilare 5mC
Adnotarea regiunilor foarte metilate
Regiuni metilate diferențiat: gene asociate
Regiuni metilate diferențiat: adnotarea genelor asociate (Ontologie genetică)
Explorați progresele în cercetare facilitate de serviciile de secvențiere a întregului genom bisulfiți ale BMKGene printr-o colecție de publicații organizată.
Fan, Y. şi colab. (2020) „Analiza profilurilor de metilare a ADN-ului în timpul dezvoltării mușchilor scheletici de oaie folosind secvențierea bisulfiților întregi genom”,BMC Genomics, 21(1), p. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. şi colab. (2022) „Perturbații noi de metilare a acidului dezoxiribonucleic la lucrătorii expuși la clorură de vinil”,Toxicologie și sănătate industrială, 38(7), p. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. şi colab. (2020) „Relații între metilarea genomului, nivelurile de ARN necodificatori, ARNm și metaboliți în fructele de tomate mature”,Jurnalul Plantelor, 103(3), p. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
