Secvențiere de fragment amplificat de localizare specifică (SLAF-seq)
Flux de lucru
Schema tehnică
Caracteristici de serviciu
● Secvențiere pe Novaseq cu PE150.
● Pregătirea bibliotecii cu coduri de bare duble, permițând colectarea a peste 1000 de probe.
● Această tehnică poate fi utilizată cu sau fără un genom de referință, cu conducte bioinformatice diferite pentru fiecare caz:
Cu genomul de referință: descoperirea SNP și Indel
Fără genom de referință: clustering de probe și descoperire SNP
● Înîn silicoCombinații enzimatice cu restricție multiplă de pre-proiectare sunt examinate pentru a găsi cele care generează o distribuție uniformă a etichetelor SLAF de-a lungul genomului.
● În timpul pre-experimentului, trei combinații enzimatice sunt testate în 3 probe pentru a genera 9 biblioteci SLAF, iar aceste informații sunt utilizate pentru a alege combinația de enzimă de restricție optimă pentru proiect.
Avantaje de serviciu
●Descoperire mare a markerului genetic: Integrarea unui sistem de coduri de bare duble cu randament ridicat permite secvențierea simultană a populațiilor mari, iar amplificarea specifică locului îmbunătățește eficiența, asigurându-se că numerele de etichete îndeplinesc cerințele diverse ale diferitelor întrebări de cercetare.
● Dependență scăzută de genom: Poate fi aplicat speciilor cu sau fără un genom de referință.
●Proiectare flexibilă a schemei: Un singur enzimă, dual-enzimă, digestia multi-enzimă și diverse tipuri de enzime pot fi selectate pentru a se ocupa de diferite obiective sau specii de cercetare.în silicoPre-proiectarea este realizată pentru a asigura un design optim al enzimei.
● Eficiență ridicată în digestia enzimatică: Conducerea unuiîn silicoPre-design și un design optim pre-experimental asigură cu distribuția uniformă a etichetelor SLAF pe cromozom (1 SLAF TAG/4KB) și o secvență repetitivă redusă (<5%).
●Expertiză extinsă: Echipa noastră aduce o bogată experiență pentru fiecare proiect, cu un palmares de închidere a peste 5000 de proiecte SLAF-seq pe sute de specii, inclusiv plante, mamifere, păsări, insecte și organisme acvatice.
● Flux de lucru bioinformatic auto-dezvoltat: BMKGENE a dezvoltat un flux de lucru bioinformatic integrat pentru SLAF-seq pentru a asigura fiabilitatea și exactitatea producției finale.
Specificații de serviciu
| Tip de analiză | Scala de populație recomandată | Strategia de secvențiere | |
| Adâncimea secvențierii etichetelor | Numărul de etichetă | ||
| Hărți genetice | 2 părinți și> 150 de urmași | Părinți: 20x WGS Offsping: 10x | Dimensiunea genomului: <400 MB: WGS este recomandat <1 GB: 100k etichete 1-2 GB :: 200K TAGS > 2 GB: 300K etichete Etichete max 500k |
| Studii de asociere la nivelul genomului (GWAS) | ≥200 probe | 10x | |
| Evoluția genetică | ≥30 probe, cu> 10 probe din fiecare subgrup | 10x | |
Cerințe de serviciu
Concentrație ≥ 5 ng/µl
Suma totală ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Gel de agaroză: o degradare sau o contaminare limitată sau limitată
Eșantionul recomandat
Container: 2 ml tub de centrifugă
(Pentru majoritatea eșantioanelor, vă recomandăm să nu păstrați în etanol)
Etichetarea eșantionului: eșantioanele trebuie să fie etichetate în mod clar și identice cu formularul de informații de eșantion trimis.
Expediere: gheață uscată: probe trebuie să fie ambalate în pungi mai întâi și îngropate în gheață uscată.
Flux de lucru al serviciului
Eșantion QC
Experiment pilot
Experiment SLAF
Pregătirea bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Include următoarea analiză:
- Secvențarea datelor QC
- Dezvoltarea etichetelor SLAF
Cartografierea la genomul de referință
Fără un genom de referință: clustering
- Analiza etichetelor SLAF: Statistici, distribuție pe genom
- Descoperirea markerului: SNP, Indel, SNV, CV CV și adnotare
Distribuția etichetelor SLAF pe cromozomi:
Distribuția SNP -urilor pe cromozomi:
Adnotare SNP
| An | Jurnal | IF | Titlu | Aplicații |
| 2022 | Comunicări naturale | 17.694 | Baza genomică a cromozomilor giga și a genomului giga al bujorilor de copac Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nou fitolog | 7.433 | Amprente de domesticire ancorează regiunile genomice de importanță agronomică în soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Introgresiuni artificiale la nivelul genomului de Gossypium Barbadense în G. hirsutum dezvăluie loci superiori pentru îmbunătățirea simultană a calității și randamentului fibrei de bumbac trăsături | Genetică-evolutivă SLAF |
| 2019 | Plantă moleculară | 10.81 | Analiza genomică a populației și a asamblării de novo dezvăluie originea lunii Rice ca joc evolutiv | Genetică-evolutivă SLAF |
| 2019 | Genetica naturii | 31.616 | Secvența genomului și diversitatea genetică a crapului comun, Ciprinus Carpio | Harta SLAF-LINKAGE |
| 2014 | Genetica naturii | 25.455 | Genomul arahidei cultivate oferă o perspectivă asupra cariotipurilor de leguminoase, poliploid evoluție și domesticirea culturilor. | Harta SLAF-LINKAGE |
| 2022 | Jurnalul de biotehnologie a plantelor | 9.803 | Identificarea ST1 dezvăluie o selecție care implică autostopul de morfologie a semințelor și conținut de ulei în timpul domesticuirii soia | Dezvoltarea SLAF-marker |
| 2022 | Jurnalul internațional de științe moleculare | 6.208 | Identificare și dezvoltare a markerului ADN pentru un Wheat-Wemus Mollis 2ns (2D) Înlocuirea disomică a cromozomilor | Dezvoltarea SLAF-marker |
| An | Jurnal | IF | Titlu | Aplicații |
| 2023 | Frontiere în știința plantelor | 6.735 | Cartografierea QTL și analiza transcriptomului conținutului de zahăr în timpul maturarii fructelor Pyrus pirifolia | Harta genetică |
| 2022 | Jurnalul de biotehnologie a plantelor | 8.154 | Identificarea ST1 dezvăluie o selecție care implică autostopul de morfologie de semințe și conținut de ulei în timpul domesticimii de soia
| SNP Calling |
| 2022 | Frontiere în știința plantelor | 6.623 | Cartografierea de asociere la nivelul genomului a lui Hulless abia fenotipuri în mediul de secetă.
| Gwas |
