Exclusive Agency for Korea

BMKCLOUD LOGN

Produse

Secvențiere ARN unică nuclei

Dezvoltarea tehnicilor de captare a unei singure celule și de construcție a bibliotecii personalizate, cuplate cu secvențiere cu randament ridicat, a revoluționat studiile de expresie genică la nivelul celulelor. Această descoperire permite o analiză mai profundă și mai cuprinzătoare a populațiilor de celule complexe, depășind limitările asociate cu medierea expresiei genice pe toate celulele și păstrarea adevăratei eterogenitate în cadrul acestor populații. În timp ce secvențierea ARN-ului unicelular (SCRNA-Seq) are avantaje incontestabile, acesta întâmpină provocări în anumite țesuturi în care crearea unei suspensii cu un singur celule se dovedește dificilă și necesită probe proaspete. La BMKGENE, abordăm acest obstacol, oferind secvențiere ARN cu un singur nucleu (SNRNA-Seq) folosind tehnologia de crom genomică 10X de ultimă generație. Această abordare lărgește spectrul de eșantioane susceptibile analizei transcriptomului la nivel unicelular.

Izolarea nucleelor se realizează prin intermediul inovatorului cip de crom de 10x genomică, cu un sistem de microfluidici cu opt canale cu treceri duble. În cadrul acestui sistem, mărgelele de gel care încorporează coduri de bare, primeri, enzime și un singur nucleu sunt încapsulate în picături de ulei de dimensiuni de nanolitre, formând margele de gel în emulsie (GEM). După formarea de bijuterii, liza celulară și eliberarea codului de bare apar în cadrul fiecărei bijuterii. Ulterior, moleculele ARNm suferă o transcriere inversă în ADNc, încorporând coduri de bare de 10x și identificatori moleculari unici (UMIS). Aceste ADNc-uri sunt apoi supuse construcției de bibliotecă de secvențiere standard, facilitând o explorare robustă și cuprinzătoare a profilurilor de expresie genică la nivelul unicelular.

Platforma: 10 × Genomics Chrom și Illumina Novaseq Platform

Contactaţi-ne

Detalii privind serviciul

Bioinformatică

Rezultate demo

Publicații prezentate

Schema tehnică

Izolarea nucleelor este obținută de 10 × Genomics Chromium ™, care constă în sistem de microfluidici cu opt canale cu treceri duble. În acest sistem, un margele de gel cu coduri de bare și primer, enzime și un singur nucleu sunt încapsulate în căderea de ulei de dimensiuni de nanolitre, generând margele de gel în emulsie (GEM). Odată ce se formează Gem, liza celulară și eliberarea codurilor de bare sunt efectuate în fiecare bijuterie. ARNm sunt transcrise invers în molecule de ADNc cu 10 × coduri de bare și UMI, care sunt în continuare supuse construcției standard de secvențiere a bibliotecii.

Caracteristici

● Pregătirea suspensiei cu un singur nucleu din țesuturile congelate

● Formarea de mărgele de gel (GEM) urmată de sinteza ADNc

● Fiecare perlă dintr -o bijuterie este încărcată cu primerii compuse din 4 secțiuni:

Coada poli (dT) pentru amorsarea ARNm și sinteza ADNc,

Identificator molecular unic (UMI) pentru a corecta prejudecățile de amplificare

Cod de bare 10x

Secvența de legare a primerului de secvențiere parțial citit 1

Avantaje

Secvențializarea ARN cu un singur nucleu eludează limitările secvențierii ARN-ului unicelular, Activare:

● Utilizarea probelor congelate și nu numai limitat la probe proaspete

● Stresul scăzut al celulelor congelate în comparație cu tratamentul enzimatic al celulelor proaspete, reflectat în datele transcriptomului sub formă de gene mai puțin induse de stres

● Nu este nevoie de îndepărtarea prealabilă a globulelor roșii

● Diametru nelimitat al celulelor

● O serie mare de probe care sunt eligibile pentru analiză, inclusiv tipuri de țesut complexe și fragile, care sunt predispuse la aglomerație sau distrugere a celulelor în timpul disocierii țesuturilor

Probele care nu pot fi analizate prin secvențiere ARN unicelulară și sunt eligibile pentru secvențarea ARN a nucleelor unice:

Cell / țesut	Motiv
Țesut înghețat	Incapabil să obțină organizații proaspete sau de lungă durată
Celula musculară, megacariocite, grăsime ...	Diametrul celulelor este prea mare pentru a intra în instrument
Ficat…	Prea fragil de rupt, incapabil să distingă celulele unice
Celula neuronă, creier ...	Mai sensibil, ușor de stresat, va schimba rezultatele secvențialelor
Pancreas, tiroidă ...	Bogat în enzime endogene, care afectează producția de suspensie cu o singură celulă

Un singur nucleu față de o singură celulă

Un singur nucleu	Unic celulă
Diametru nelimitat al celulelor	Diametru celular: 10-40 μm
Materialul poate fi țesut congelat	Materialul trebuie să fie țesut proaspăt
Stres scăzut al celulelor înghețate	Tratamentul enzimatic poate provoca reacția la stres celular
Nu trebuie eliminate celule roșii din sânge	Celulele roșii din sânge trebuie eliminate
Nuclear exprimă bioinformarea	Întreaga celulă exprimă bioinformarea

Specificații

Cerințe de eșantion

Bibliotecă

Strategia de secvențiere

Date recomandate

Controlul calității

Țesut animal ≥ 200 mg

Țesut vegetal ≥ 400 mg

10x Genomics Sn ADNc Library

Illumina PE150

100k PE citește pe celulă

(100-200 GB)

700-1200 nuclee/µl și integritatea nucleelor observate la microscop

Pentru mai multe detalii despre orientările de pregătire a eșantionului și fluxul de lucru al serviciilor, vă rugăm să nu ezitați să discutați cu unExpert BMKGENE

Flux de lucru de serviciu

Anterior: Secvențiere a genomului întreg/animal întreg

Următorul: Analiza de asociere la nivelul genomului

Include următoarea analiză:

● Controlul calității: numărul de celule, detectarea genelor, identificarea exactă a celulelor, moleculele de ARN și cuantificarea expresiei

● Analiza probelor interioare:

Clustering de celule și adnotare a clusterului

Analiza expresiei diferențiale: identificarea DEG -urilor în clustere

Adnotarea funcțională și îmbogățirea degurilor clusterului

● Analiza inter-grupului:

Combinație de date

Analiza expresiei diferențiale: identificarea DEG -urilor în grupuri

Adnotarea funcțională și îmbogățirea degurilor de grup

● Analiză avansată:

Analiza ciclului celular

Analiza pseudotimei

Analiza comunicării celulare (CellPhoneDB)

Analiza de îmbogățire a setului de gene (GSEA)

Analiza probei interioare

Clustering de celule:

Analiza expresiei diferențiale: Cluster Degs

Analiza inter-grupului

Analiza expresiei diferențiale: DEG -uri de grup

Analiză avansată:

Analiză pseudotime:

Analiza ciclului celular:

Explorați avansările facilitate de serviciile de secvențiere ARN cu un singur nucleu BMKGENE de 10x crom în aceste publicații prezentate:

Wang, L. și colab. (2021) „Analiza transcriptomică cu o singură celulă dezvăluie peisajul imunitar al plămânului în exacerbarea astmului rezistent la steroizi”,Procesul Academiei Naționale de Științe din Statele Unite ale Americii, 118 (2), p. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. și colab. (2022) „O rețea de reglementare globală pentru expresia genică regregată și semnalizarea metabolică anormală în celulele imune în microambientul bolii Graves și tiroidita lui Hashimoto”,Frontiere în imunologie, 13, p. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/Bibtex.

Tian, H. și colab. (2023) „Transcriptomul cu o singură celulă descoperă eterogenitatea și răspunsurile imune ale leucocitelor după vaccinarea cu Edwardsiella tarda inactivată în Flounder (Paralichthys olivaceus)”,Acvacultură, 566, p. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.

Yu, Y. și colab. (2023) „Terapia fotodinamică îmbunătățește rezultatul inhibitorilor punctului de control imunitar prin remodelarea imunității anti-tumour la pacienții cu cancer gastric”,Cancer gastric, 26 (5), p. 798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/metrici.