Secvențiere redusă a bisulfitului de reprezentare (RRBS)
Secvențarea bisulfită a reprezentării reduse (RRBS) a apărut ca o alternativă rentabilă și eficientă la secvențarea bisulfită a genomului întreg (WGBS) în cercetarea de metilare a ADN-ului. În timp ce WGBS oferă informații cuprinzătoare prin examinarea întregului genom la o rezoluție de bază unică, costul său ridicat poate fi un factor limitativ. RRBS atenuează strategic această provocare analizând selectiv o porțiune reprezentativă a genomului. Această metodologie se bazează pe îmbogățirea regiunilor bogate în insulă CPG prin clivarea MSPI, urmată de selectarea mărimii de fragmente de 200-500/600 bps. În consecință, doar regiunile proximale cu insulele CPG sunt secvențiate, în timp ce cele cu insule CPG îndepărtate sunt excluse din analiză. Acest proces, combinat cu secvențarea bisulfitului, permite detectarea de înaltă rezoluție a metilizării ADN-ului, iar abordarea de secvențiere, PE150, se concentrează în mod specific pe capetele inserțiilor, mai degrabă decât pe mijloc, crescând eficiența profilului de metilare. RRBS este un instrument de neprețuit care permite cercetarea rentabilă de metilare a ADN-ului și avansează cunoștințele mecanismelor epigenetice.
Caracteristici de serviciu
● necesită un genom de referință.
● ADN -ul Lambda este utilizat pentru a monitoriza eficiența conversiei bisulfitei.
● Eficiența digestiei MSPI este de asemenea monitorizată.
● Digestia dublă a enzimei pentru probele de plante.
● Secvențiere pe Illumina Novaseq.
Avantaje de serviciu
●Alternativă rentabilă și eficientă la WGBS: Activarea analizei să fie efectuată la un cost mai mic și cu cerințe mai mici de eșantion.
●Platforma completă:Oferiți un serviciu excelent unic de la procesarea eșantionului, construcția bibliotecii și secvențiere la analiza bioinformatică.
●Expertiză extinsă: Cu proiectele de secvențiere RRBS finalizate cu succes într-o gamă diversă de specii, BMKGENE aduce peste un deceniu de experiență, o echipă de analiză cu înaltă calificare, conținut cuprinzător și sprijin excelent post-vânzare.
Specificații de serviciu
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Ieșire de date recomandată | Controlul calității |
| Biblioteca MSPI digerată și tratată cu bisulfit | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Conversie bisulfită> 99% Eficiență de reducere a MSPI> 95% |
Cerințe de eșantion
| Concentrație (Ng/µL) | Suma totală (µg) |
| |
| ADN genomic | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradare limitată sau contaminare |
Flux de lucru de serviciu
Livrare de probe
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Include următoarea analiză:
● Controlul calității secvenției brute;
● Cartografierea la genomul de referință;
● Detectarea bazelor metilate 5MC și identificarea motivelor;
● Analiza distribuției de metilare și compararea eșantionului;
● Analiza regiunilor metilate diferențial (DMR);
● Adnotarea funcțională a genelor asociate DMRS.
Controlul calității: eficiența digestiei (în cartografierea genomului)
Controlul calității: conversia bisulfitului (în extracția informațiilor de metilare)
Harta de metilare: distribuție de 5 mc de metilare la nivelul întregului genom
Comparație de eșantion: Analiza componentelor principale
Analiza regiunilor metilate diferențiale (DMR): Heatmap
Explorați progresele de cercetare facilitate de serviciile de secvențiere a bisulfitei întregul genom al BMKGENE printr -o colecție de publicații curate.
Li, Z. și colab. (2022) „Reprogramarea de înaltă fidelitate în celule asemănătoare cu Leydig prin activarea CRISPR și factori paracrini”,PNAS NEXUS, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pGAC179.
Tian, H. și colab. (2023) „Analiza de metilare a ADN-ului la nivelul genomului a compoziției corpului în gemenii monozigotici chinezi”,European Journal of Clinical Investigation, 53 (11), p. E14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. și colab. (2022) „Metilarea ADN-ului și raportul talie-șold: un studiu de asociere la nivel de epigenome la gemenii monozigotici chinezi”,Journal of Endocrinological Investigation, 45 (12), p. 2365–2376. doi: 10.1007/s40618-022-01878-4.
