Secvențiere ARN procariotă
Caracteristici
● Prelucrarea eșantionului ARN a implicat epuizarea ARNm urmată de prepararea bibliotecii ARN direcționale.
● Analiza bioinformatică bazată pe alinierea unui genom de referință
● Analiza include expresia genelor și DEG -urile, dar și structura transcrierii și analiza sRNA
Avantaje de serviciu
●Control riguros al calității: Implementăm puncte de control de bază pe toate etapele, de la pregătirea eșantionului și a bibliotecii până la secvențiere și bioinformatică. Această monitorizare minuțioasă asigură livrarea de rezultate constant de înaltă calitate.
●Date de secvențiere specifice catenei: Datorită pregătirii bibliotecii ARN este direcțională, permițând identificarea transcrierilor anti-sens.
●Analiză completă adaptată transcriptomilor procariotii: Conducta bioinformatică include nu numai analiza expresiei genice, ci și analiza structurii de transcriere, inclusiv identificarea operonilor, UTR -urilor și promotorilor. De asemenea, include analiza SRNA -urilor, și anume adnotarea și predicția structurii secundare și a țintelor.
●Suport post-vânzare: Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de serviciu după vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență de depanare și sesiuni de întrebări și întrebări pentru a aborda orice întrebări legate de rezultate.
Cerințe de eșantion și livrare
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| biblioteca direcțională epuizată de rRNA | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Cerințe de eșantion:
| Conc. (Ng/µl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1.0-2.5 Contaminare limitată sau fără proteină sau ADN prezentată pe gel. | Rin≥6.5 |
Eșantionul recomandat
Container: 2 ml tub de centrifugă (folia de staniu nu este recomandată)
Etichetare de probă: grup+replică de exemplu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expediere:
1. ICE uscat: probele trebuie să fie ambalate în pungi și îngropate în gheață uscată.
2. Tuburi RNASTABLE: Probele de ARN pot fi uscate în tubul de stabilizare ARN (de exemplu, RNASTABLE®) și expediate la temperatura camerei.
Flux de lucru de serviciu
Livrare de probe
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Flux de lucru de analiză bioinformatică
Include următoarea analiză:
● Controlul calității datelor brute
● Alinierea la genomul de referință
● Evaluarea calității bibliotecii: Fragmentare ARN aleatorie, dimensiunea inserției și saturația secvenției
● Adnotarea funcțională a genelor de codificare prevăzute
● Analiza expresiei: corelație și analiza componentelor principale (PCA)
● Expresie genică diferențială (DEG)
● Adnotarea funcțională și îmbogățirea DEG -urilor
● Analiza SRNA: predicție, adnotare, țintă și predicție a structurii secundare
● Analiza structurii transcrierii: operați, poziții de pornire și final, regiune netranslată (UTS), promotor și analiză SNP/Indel
Saturația de secvențiere
Adnotarea funcțională a genelor de codificare
Corelație între eșantioane
Analiza genelor exprimate diferențiale (DEG)
Analiza de îmbogățire funcțională
SRNA adnotare
Explorați avansările facilitate de serviciile de secvențiere a mRNA de mRNA de pe lungime BMKGENE în această publicație prezentată.
Guan, CP și colab. (2018) „Modificări transcriptome globale ale Epidermidisului Staphylococcus care formează biofilm care răspund la alcaloizi totali ai sopherea alopecuroides”,Jurnalul polonez de microbiologie, 67 (2), p. 223. DOI: 10.21307/PJM-2018-024.
