-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Transcriptomica spațială se află în fruntea inovației științifice, dând putere cercetătorilor să se aprofundeze în modele complicate de expresie a genelor în țesuturi, păstrând în același timp contextul lor spațial. În mijlocul diferitelor platforme, BMKGene a dezvoltat cip-ul BMKManu S3000 Spatial Transcriptome, oferind o rezoluție îmbunătățită de 3,5µm, atingând intervalul subcelular și permițând setări de rezoluție pe mai multe niveluri. Cipul S3000, cu aproximativ 4 milioane de puncte, folosește microgodeuri stratificate cu perle încărcate cu sonde de captare cu coduri spațiale de bare. O bibliotecă de ADNc, îmbogățită cu coduri de bare spațiale, este pregătită din cipul S3000 și ulterior secvențiată pe platforma Illumina NovaSeq. Combinația de mostre cu coduri de bare spațial și UMI-uri asigură acuratețea și specificitatea datelor generate. Cipul BMKManu S3000 este extrem de versatil, oferind setări de rezoluție pe mai multe niveluri care pot fi reglate fin la diferite țesuturi și niveluri de detaliu dorite. Această adaptabilitate poziționează cipul ca o alegere remarcabilă pentru diverse studii de transcriptomică spațială, asigurând o grupare spațială precisă cu zgomot minim. Utilizarea tehnologiei de segmentare celulară cu BMKManu S3000 permite delimitarea datelor transcripționale la limitele celulelor, rezultând o analiză care are sens biologic direct. În plus, rezoluția îmbunătățită a S3000 are ca rezultat un număr mai mare de gene și UMI detectate per celulă, permițând o analiză mult mai precisă a modelelor de transcripție spațială și a grupării celulelor.
-
Secvențierea ARN cu un singur nucleu
Dezvoltarea tehnicilor de captare a unei singure celule și de construire a bibliotecii personalizate, cuplate cu secvențierea de mare performanță, a revoluționat studiile de expresie a genelor la nivel de celule. Această descoperire permite o analiză mai profundă și mai cuprinzătoare a populațiilor de celule complexe, depășind limitările asociate cu media expresiei genelor asupra tuturor celulelor și păstrând adevărata eterogenitate în cadrul acestor populații. În timp ce secvențierea ARN cu o singură celulă (scRNA-seq) are avantaje incontestabile, aceasta întâmpină provocări în anumite țesuturi în care crearea unei suspensii unicelulare se dovedește dificilă și necesită probe proaspete. La BMKGene, abordăm acest obstacol oferind secvențierea ARN cu un singur nucleu (snRNA-seq) folosind tehnologia de ultimă oră 10X Genomics Chromium. Această abordare lărgește spectrul de probe care pot fi analizate transcriptomului la nivel de celulă unică.
Izolarea nucleelor este realizată prin intermediul cipului inovator 10X Genomics Chromium, cu un sistem de microfluidic cu opt canale cu încrucișări duble. În cadrul acestui sistem, granulele de gel care încorporează coduri de bare, primeri, enzime și un singur nucleu sunt încapsulate în picături de ulei de mărimea unui nanolitru, formând GEM (Gel Bead-in-Emulsion). După formarea GEM, liza celulară și eliberarea codului de bare au loc în fiecare GEM. Ulterior, moleculele de ARNm sunt supuse transcripției inverse în ADNc, încorporând coduri de bare de 10X și identificatori moleculari unici (UMI). Aceste ADNc sunt apoi supuse construcției bibliotecii de secvențiere standard, facilitând o explorare robustă și cuprinzătoare a profilurilor de expresie a genelor la nivel de o singură celulă.
Platformă: 10× Genomics Chromium și Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transcriptomica spațială este o tehnologie de ultimă oră care permite cercetătorilor să investigheze modelele de expresie a genelor în țesuturi, păstrând în același timp contextul lor spațial. O platformă puternică în acest domeniu este 10x Genomics Visium cuplată cu secvențierea Illumina. Principiul 10X Visium se află pe un cip specializat cu o zonă de captare desemnată în care sunt plasate secțiuni de țesut. Această zonă de captură conține pete cu coduri de bare, fiecare corespunzând unei locații spațiale unice în țesut. Moleculele de ARN capturate din țesut sunt apoi etichetate cu identificatori moleculari unici (UMI) în timpul procesului de transcripție inversă. Aceste puncte cu coduri de bare și UMI permit cartografierea spațială precisă și cuantificarea expresiei genelor la o rezoluție cu o singură celulă. Combinația de mostre cu coduri de bare spațial și UMI-uri asigură acuratețea și specificitatea datelor generate. Prin utilizarea acestei tehnologii de transcriptomică spațială, cercetătorii pot obține o înțelegere mai profundă a organizării spațiale a celulelor și a interacțiunilor moleculare complexe care au loc în țesuturi, oferind perspective neprețuite asupra mecanismelor care stau la baza proceselor biologice în mai multe domenii, inclusiv oncologie, neuroștiință, biologia dezvoltării, imunologie. , și studii botanice.
Platformă: 10X Genomics Visium și Illumina NovaSeq
