-
Interacțiunea cromatinei bazată pe Hi-C
Hi-C este o metodă concepută pentru a capta configurația genomică prin combinarea interacțiunilor bazate pe sondarea proximității și secvențierea cu randament ridicat. Metoda se bazează pe reticularea cromatinei cu formaldehidă, urmată de digestie și religare într-un mod în care numai fragmentele care sunt legate covalent vor forma produși de ligatură. Prin secvențierea acestor produse de ligatură, este posibil să se studieze organizarea 3D a genomului. Hi-C permite studierea distribuției porțiunilor din genom care sunt ușor împachetate (compartimentele A, eucromatina) și mai probabil să fie active din punct de vedere transcripțional și regiunile care sunt mai strâns împachetate (compartimentele B, heterocromatina). Hi-C poate fi, de asemenea, utilizat pentru a identifica domeniile asociate topologic (TAD), regiuni ale genomului care au structuri pliate și care sunt susceptibile de a avea modele de expresie similare și pentru a identifica buclele de cromatină, regiunile ADN care sunt ancorate împreună de proteine și care sunt îmbogățit adesea în elemente de reglementare. Serviciul de secvențiere Hi-C al BMKGene le permite cercetătorilor să exploreze dimensiunile spațiale ale genomicii, deschizând noi căi pentru înțelegerea reglementării genomului și a implicațiilor sale în sănătate și boli.
-
Secvențierea imunoprecipitării cromatinei (ChIP-seq)
Imunoprecipitarea cromatinei (CHIP) este o tehnică care folosește anticorpii pentru a îmbogăți selectiv proteinele de legare a ADN-ului și țintele lor genomice corespunzătoare. Integrarea sa cu NGS permite profilarea la nivel de genom a țintelor ADN asociate cu modificarea histonelor, factorii de transcripție și alte proteine care leagă ADN-ul. Această abordare dinamică permite comparații ale site-urilor de legare în diferite tipuri de celule, țesuturi sau condiții. Aplicațiile lui ChIP-Seq se întind de la studierea reglementării transcripționale și a căilor de dezvoltare până la elucidarea mecanismelor bolii, făcându-l un instrument indispensabil pentru înțelegerea peisajelor de reglare genomică și pentru avansarea perspectivelor terapeutice.
Platformă: Illumina NovaSeq
-
Secvențierea bisulfitului întregului genom (WGBS)
Secvențierea bisulfiților a genomului întreg (WGBS) reprezintă metodologia standard de aur pentru explorarea în profunzime a metilării ADN-ului, în special poziția a cincea în citozină (5-mC), un regulator esențial al expresiei genelor și activității celulare. Principiul care stă la baza WGBS implică tratamentul cu bisulfit, care induce conversia citozinelor nemetilate în uracil (C în U), lăsând în același timp citozinele metilate neschimbate. Această tehnică oferă o rezoluție cu o singură bază, permițând cercetătorilor să investigheze cuprinzător metilomul și să descopere modele anormale de metilare asociate cu diferite afecțiuni, în special cancerul. Prin folosirea WGBS, oamenii de știință pot obține perspective de neegalat asupra peisajelor de metilare la nivelul întregului genom, oferind o înțelegere nuanțată a mecanismelor epigenetice care stau la baza diverselor procese biologice și boli.
-
Test pentru cromatina accesibilă transpozazei cu secvențiere cu randament ridicat (ATAC-seq)
ATAC-seq este o tehnică de secvențiere cu randament ridicat utilizată pentru analiza accesibilității cromatinei la nivelul genomului. Utilizarea oferă o înțelegere mai profundă a mecanismelor complexe de control epigenetic global asupra expresiei genelor. Metoda folosește o transpozază hiperactivă Tn5 pentru a fragmenta și a marca simultan regiunile deschise de cromatină prin inserarea adaptoarelor de secvențiere. Amplificarea PCR ulterioară are ca rezultat crearea unei biblioteci de secvențiere, care permite identificarea cuprinzătoare a regiunilor deschise de cromatina în condiții specifice spațiu-timp. ATAC-seq oferă o vedere holistică a peisajelor cromatinei accesibile, spre deosebire de metodele care se concentrează exclusiv pe locurile de legare a factorului de transcripție sau pe regiunile specifice modificate de histonă. Prin secvențierea acestor regiuni deschise de cromatină, ATAC-seq dezvăluie regiuni mai susceptibile de a avea secvențe reglatoare active și site-uri potențiale de legare a factorului de transcripție, oferind informații valoroase asupra modulării dinamice a expresiei genelor în întregul genom.
-
Secvențierea bisulfiților cu reprezentare redusă (RRBS)
Secvențierea bisulfiților cu reprezentare redusă (RRBS) a apărut ca o alternativă rentabilă și eficientă la Secvențierea bisulfiților a genomului întreg (WGBS) în cercetarea de metilare a ADN-ului. În timp ce WGBS oferă perspective cuprinzătoare prin examinarea întregului genom la o rezoluție de bază unică, costul său ridicat poate fi un factor limitativ. RRBS atenuează strategic această provocare prin analizarea selectivă a unei părți reprezentative a genomului. Această metodologie se bazează pe îmbogățirea regiunilor bogate în insule CpG prin scindarea MspI urmată de selectarea dimensiunii fragmentelor de 200-500/600 bps. În consecință, numai regiunile proximale insulelor CpG sunt secvențiate, în timp ce cele cu insule CpG îndepărtate sunt excluse din analiză. Acest proces, combinat cu secvențierea bisulfiților, permite detectarea la rezoluție înaltă a metilării ADN-ului, iar abordarea de secvențiere, PE150, se concentrează în mod special pe capetele inserțiilor, mai degrabă decât pe mijloc, crescând eficiența profilării metilării. RRBS este un instrument de neprețuit care permite cercetarea rentabilă a metilării ADN-ului și avansează cunoștințele despre mecanismele epigenetice.
