BMKCLOUD LOGN

Instrumente puternice de analiză

WPS_DOC_13

Căldură de căldură

Instrumentul HeatMap acceptă un fișier de date matricial ca intrare și permite utilizatorilor să filtreze, să normalizeze și să grupeze datele. Cazul de utilizare primară pentru focuri de căldură este analiza clusterului nivelului de expresie genică între diferite eșantioane.

 

WPS_DOC_14

Adnotarea genelor

Instrumentul de adnotare a genelor efectuează adnotarea genelor bazate pe alinierea secvenței de fișiere FASTA de intrare pe diverse baze de date.

WPS_DOC_15

Instrument de căutare de aliniere locală de bază (BLAST)

Instrumentul BLAST este o versiune integrată BMKCLOUD a NCBI BLAST și poate fi utilizată pentru a îndeplini aceleași funcții folosind date încărcate în contul BMKCloud.

WPS_DOC_16

Predicție CDS_UTR

Instrumentul de predicție CDS_UTR este conceput pentru a prezice regiunile de codificare (CDS) și regiunile care nu codifică (UTR) în secvențele de transcriere date bazate pe rezultate de explozie împotriva bazelor de date proteice cunoscute și a rezultatelor de predicție ORF.

WPS_DOC_17

Plot Manhattan

Instrumentul de complot Manhattan permite afișarea experimentelor cu probe mari și este utilizat în mod obișnuit în studiile de asociere la nivelul genomului (GWAS).

WPS_DOC_18

Diagrama circoi

Instrumentul Diagrama Circos oferă o vizualizare eficientă a modului în care caracteristicile genomice sunt distribuite în genom. Caracteristicile comune includ loci cantitativi, SNP -uri, indeluri, variante de număr structural și de copie.

WPS_DOC_19

Gene Ontologie (GO) îmbogățirea

Instrumentul de îmbogățire GO oferă o analiză funcțională de îmbogățire. Software-ul principal al acestui instrument este pachetul Topgo-Bioconductor, care include analiza expresiei diferențiale, analiza îmbogățirii GO și vizualizarea rezultatelor.

WPS_DOC_20

Analiza rețelei de co-exprimare a genelor ponderate (WGCNA)

WGCNA este o metodă de extragere a datelor utilizate pe scară largă pentru descoperirea modulelor de co-exprimare a genelor. Se aplică diferitelor seturi de date de expresie, inclusiv datele de expresie genică a microarray și NGS.

WPS_DOC_17

Interproscan

 Instrumentul Interproscan oferă analiza și clasificarea secvenței de proteine ​​Interpro.

 

WPS_DOC_21

Îmbogățirea Kegg

Instrumentul de îmbogățire Go Kegg este proiectarea pentru a genera o histogramă de îmbogățire GO, histograma de îmbogățire KEGG și calea de îmbogățire a KEGG bazată pe un set de gene furnizate și adnotarea corespunzătoare.

Obțineți un citat

Scrieți -vă mesajul aici și trimiteți -ne

Trimiteți -ne mesajul dvs.: