Secvențierea întregului genom plante/animal
Caracteristici de serviciu
● Pregătirea bibliotecii poate fi standard sau fără PCR
● Disponibil în 4 platforme de secvențiere: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 sau PacBio Revio.
● Analiză bioinformatică axată pe detectarea variantelor: SNP, InDel, SV și CNV
Avantajele serviciului
●Expertiză extinsă și înregistrări ale publicațiilor: Experiența acumulată în secvențierea genomului pentru peste 1000 de specii a dus la peste 1000 de cazuri publicate cu un factor de impact cumulativ de peste 5000.
●Analiză bioinformatică cuprinzătoare: Inclusiv apelarea variației și adnotarea funcției.
● Asistență post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărire a proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.
●Adnotare cuprinzătoare: Folosim mai multe baze de date pentru a adnota funcțional genele cu variații identificate și pentru a efectua analiza de îmbogățire corespunzătoare, oferind informații despre mai multe proiecte de cercetare.
Specificații de service
| Variante de identificat | Strategia de secvențiere | Adâncime recomandată |
| SNP și InDel | Illumina NovaSeq PE150 sau MGI T7 | 10x |
| SV și CNV (mai puțin precise) | 30x | |
| SV și CNV (mai precise) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV și CNV | PacBio Revio | 10x |
Cerințe pentru mostre
| Acizi nucleici de țesut sau extrași | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Viscerele animalelor | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Muschiul Animalului | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sânge de mamifer | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Sânge de pasăre/pește | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Planta - Frunza proaspata | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Celule cultivate |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Țesut moale de insecte/Individ | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| ADN extras
| Concentrație: ≥ 1 ng/ µL Cantitate: ≥ 30 ng Degradare sau contaminare limitată sau deloc
| Concentraţie Cantitate
OD260/280
OD260/230
Degradare sau contaminare limitată sau deloc
| ≥ 40 ng/ µL 4 ug/celulă de curgere/probă
1,7-2,2
≥1,5 | Concentraţie Cantitate
OD260/280
OD260/230
Degradare sau contaminare limitată sau deloc | ≥ 50 ng/ µL 10 ug/celulă de curgere/probă
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Pregătirea bibliotecii fără PCR: Concentrație≥ 40 ng/ µL Cantitate≥ 500 ng | |||||
Fluxul de lucru al serviciului
Livrare mostre
extragerea ADN-ului
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Livrarea datelor
Include următoarea analiză:
- Controlul calității datelor brute
- Statistici de aliniere la genomul de referință
- Identificarea variantelor: SNP, InDel, SV și CNV
- Adnotarea funcțională a variantelor
Statistici de aliniere la genomul de referință – distribuția adâncimii de secvențiere
Apel SNP printre mai multe mostre
Identificare InDel – statistici ale lungimii InDel în regiunea CDS și în regiunea întregului genom
Varianta de distribuție în genom – diagrama Circos
Adnotarea funcțională a genelor cu variante identificate – Ontologie genetică
Chai, Q. şi colab. (2023) „O glutation S-transferaza GhTT19 determină pigmentarea petalelor de flori prin reglarea acumulării de antociani în bumbac”, Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. şi colab. (2023) „Genomul Hevea brasiliensis sălbatic la nivel de cromozom oferă noi instrumente pentru reproducerea asistată de genomic și loci valoroși pentru a crește randamentul cauciucului”, Plant Biotechnology Journal, 21(5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. şi colab. (2021) „Genomul stridiilor estuariene oferă informații despre impactul climatic și plasticitatea adaptivă”, Communications Biology 2021 4:1, 4(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. şi colab. (2022) „Analiza modificărilor genomului și de metilare la puii indigeni chinezi de-a lungul timpului oferă o perspectivă asupra conservării speciilor”, Communications Biology, 5(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
