Pacbio Transcriptom cu lungime completă

Secvențarea transcriptomului Pacbio cu lungime completă, ISOSEQ, permite identificarea exactă a izoformelor transcriptate, aruncarea luminii pe poliadenilare alternativă și splicing și care duce la o analiză mai exactă a expresiei genice. Pipelina transcriptom cu lungime completă BMKCLOUD PACBIO este concepută pentru a analiza bibliotecile ADNc secvențiate în modul de secvențiere circulară a consensului (CCS) și identifică secvențe non-chimerice (FLNC) de lungime completă, care sunt apoi grupate în transcripții neredundante. O analiză BUSCO ulterioară evaluează completitudinea ansamblului transcriptom. Din transcriptomul asamblat, se efectuează mai multe analize: splicing alternativ, repetare simplă a secvenței (SSR), predicția lncRNA și gene țintă corespunzătoare, predicția genelor noi, analiza familiei de gene, analiza factorilor de transcripție și adnotarea funcțională a transcrierilor.