Soluție ARNm de lungime completă PacBio 2+3
Caracteristici
● Proiectarea studiului:
Probă combinată secvențiată cu PacBio pentru a identifica izoformele de transcriere
Probe separate (replicate și condiții de testat) secvenționate cuNGS pentru a cuantifica expresia transcriptului
● Secvențierea PacBio în modul CCS, generând citiri HiFi
● Secvențierea stenogramelor integrale
● Analiza nu necesită un genom de referință; cu toate acestea, poate fi folosit
● Analiza bioinformatică include nu numai expresia la nivel de genă și izoforme, ci și analiza lncARN, fuziunile genelor, poliadenilarea și structura genei
Avantaje
● Precizie ridicată: HiFi citește cu o precizie >99,9% (Q30), comparabilă cu NGS
● Analiză de îmbinare alternativă: secvențierea tuturor transcrierilor permite identificarea și caracterizarea izoformelor.
● Combinație de puncte forte PacBio și NGS: permițând cuantificarea expresiei la nivel de izoforme, dezvăluind schimbarea care poate fi mascată atunci când se analizează întreaga expresie a genei
● Experiență extinsă: cu un istoric de finalizare a peste 1100 de proiecte de transcriptom complet PacBio și de procesare a peste 2300 de mostre, echipa noastră aduce o bogată experiență fiecărui proiect.
● Suport post-vânzare: angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărire a proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.
Cerințe pentru mostre și livrare
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| Biblioteca CCS ARNm îmbogățită cu PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poli A îmbogățit | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleotide
|
| Conc. (ng/μl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau lipsită de proteine sau ADN este indicată pe gel. | Pentru plante: RIN≥4,0; Pentru animale: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; creștere limitată sau inexistentă |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau lipsită de proteine sau ADN este indicată pe gel. | Plante: RIN≥7,5 Animale: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; creștere limitată sau inexistentă |
Livrare recomandată de mostre
Recipient: tub de centrifuga de 2 ml (nu este recomandata folie de cositor)
Etichetarea eșantionului: Grup+replicat de exemplu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expediere:
1. Gheață carbonică:Probele trebuie ambalate în saci și îngropate în gheață uscată.
2. Tuburi ARNstable: Probele de ARN pot fi uscate în tub de stabilizare a ARN (de exemplu, RNAstable®) și expediate la temperatura camerei.
Include următoarea analiză:
Controlul calității datelor brute
Analiza alternativă de poliadenilare (APA)
Analiza transcripției de fuziune
Analiza de îmbinare alternativă
Analiza Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Analiză nouă a transcripției: predicția secvențelor de codificare (CDS) și adnotarea funcțională
Analiza lncRNA: predicția lncRNA și ținte
Identificare MicroSatelite (SSR)
Analiza transcrierilor exprimate diferențiat (DET).
Analiza genelor exprimate diferențiat (DEG).
Adnotarea funcțională a DEG-urilor și DET-urilor
Analiza BUSCO
Analiza de îmbinare alternativă
Analiza alternativă de poliadenilare (APA)
Gene exprimate diferențial (DEG) și transcrieri (analiza DETs9
Rețele de interacțiune proteină-proteină ale DET și DEG
Explorați progresele facilitate de secvențierea ARNm de lungime completă PacBio 2+3 de la BMKGene printr-o colecție de publicații.
Chao, Q. şi colab. (2019) „Dinamica dezvoltării transcriptomului stem Populus”, Jurnalul de biotehnologie a plantelor, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. şi colab. (2022) „Modificări dinamice în conținutul de acid ascorbic în timpul dezvoltării și maturării fructelor Actinidia latifolia (o cultură de fructe bogată în ascorbat) și mecanismele moleculare asociate”, Jurnalul Internațional de Științe Moleculare, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. şi colab. (2022) „Predicția eficientă a genelor căii biosintetice implicate în polifilinele bioactive din Paris polyphylla”, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. şi colab. (2023) „Analiza combinată PacBio Iso-Seq și Illumina ARN-Seq a transcriptomului Tuta absoluta (Meyrick) și a genelor citocromului P450”, Insecte, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun și colab. (2019) „Un studiu al complexității transcriptomului folosind analiza în timp real cu o singură moleculă PacBio combinată cu secvențierea ARN Illumina pentru o mai bună înțelegere a biosintezei acidului ricinoleic în Ricinus communis”, BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
