Secvențierea ARNm pe bază de non-referință-NGS
Caracteristici
● Captarea polimARN-ului înainte de pregătirea bibliotecii
● Independent de orice genom de referință: bazat pe asamblarea de novo a transcriptelor, generând o listă de unigene care sunt adnotate cu mai multe baze de date (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Analiza bioinformatică cuprinzătoare a expresiei genelor și a structurii transcripției
Avantajele serviciului
●Expertiza extinsa: cu un istoric de procesare a peste 600.000 de probe la BMKGENE, care acoperă diverse tipuri de mostre, cum ar fi culturi celulare, țesuturi și fluide corporale, echipa noastră aduce o bogată experiență fiecărui proiect. Am încheiat cu succes peste 100.000 de proiecte ARNm-Seq în diferite domenii de cercetare.
●Control riguros al calității: implementăm puncte de control de bază în toate etapele, de la pregătirea probelor și a bibliotecii până la secvențiere și bioinformatică. Această monitorizare meticuloasă asigură furnizarea de rezultate constant de înaltă calitate.
● Adnotare cuprinzătoare: folosim mai multe baze de date pentru a adnota funcțional genele exprimate diferențiat (DEG) și pentru a efectua analiza de îmbogățire corespunzătoare, oferind perspective asupra proceselor celulare și moleculare care stau la baza răspunsului transcriptom.
●Suport post-vânzare: angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărire a proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.
Cerințe pentru mostre și livrare
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| Poli A îmbogățit | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Cerințe pentru mostre:
Nucleotide:
| Conc. (ng/μl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau lipsită de proteine sau ADN este indicată pe gel. | Pentru plante: RIN≥4,0; Pentru animale: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; creștere limitată sau inexistentă |
● Plante:
Rădăcină, tulpină sau petală: 450 mg
Frunze sau semințe: 300 mg
Fructe: 1,2 g
● Animal:
Inima sau intestinul: 300 mg
Viscere sau creier: 240 mg
Muschi: 450 mg
Oasele, părul sau pielea: 1g
● Artropode:
Insecte: 6 g
Crustacee: 300 mg
● Sânge integral: 1 tub
● Celule: 106 celule
Livrare recomandată de mostre
Recipient: tub de centrifuga de 2 ml (nu este recomandata folie de cositor)
Etichetarea eșantionului: Grup+replica de ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expediere:
1. Gheață carbonică: Probele trebuie ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
2. Tuburi ARNstable: Probele de ARN pot fi uscate în tub de stabilizare a ARN (de exemplu, RNAstable®) și expediate la temperatura camerei.
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Bioinformatica
Asamblarea transcriptomului și selecția unigene
Adnotare Unigene
Corelarea probelor și evaluarea replicatelor biologice
Gene exprimate diferențiat (DEG)
Adnotarea funcțională a DEG-urilor
Îmbogățirea funcțională a DEG
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere a ARNm NGS eucariote ale BMKGene printr-o colecție de publicații.
Shen, F. şi colab. (2020) „Asamblarea transcriptomului de novo și expresia genelor părtinitoare de sex în gonadele somnului Amur (Silurus asotus)”, Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. şi colab. (2016) „Analiza transcriptomului metabolismului zaharozei în timpul umflării și dezvoltării bulbului la ceapă (Allium cepa L.)”, Frontiers in Plant Science, 7 (septembrie), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. şi colab. (2017) „Asamblare de novo, caracterizare și adnotare pentru transcriptomul Sarcocheilichthys sinensis”, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. şi colab. (2021) „Analiza transcriptomului de novo oferă perspective asupra toleranței la sare a Podocarpus macrophyllus în condiții de stres de salinitate”, BMC Plant Biology, 21 (1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
