ARNm-seq (NGS) cu genomul de referință

ARNm-seq (NGS) cu genomul de referință

ARN-seq este un instrument standard pe viața vieții și a științelor culturilor, reducând decalajul dintre genomi și proteomi. Puterea sa constă în descoperirea de noi transcrieri și cuantificarea expresiei lor într -o singură analiză. Este utilizat pe scară largă pentru studii transcriptomice comparative, aruncând lumină asupra genelor legate de diverse trăsături sau fenotipuri, cum ar fi compararea mutanților cu tipurile sălbatice sau dezvăluirea expresiei genice în condiții specifice. APP-ul BMKCLOUD mRNA (referință) integrează cuantificarea expresiei, analiza expresiei diferențiale (DEG) și analizele structurii de secvență în conducta de bioinformatică mRNA-seq (NGS) și amalgamează punctele forte ale software-ului similar, asigurând comoditatea și prietenia cu utilizarea. Utilizatorii își pot încărca datele ARN-seq în cloud, unde aplicația oferă o soluție cuprinzătoare de analiză bioinformatică unică. În plus, prioritizează experiența clienților, oferind operațiuni personalizate adaptate nevoilor specifice ale utilizatorilor. Utilizatorii pot seta parametrii și pot depune misiunea conductei singuri, pot verifica raportul interactiv, vizualizați date/diagrame și completarea minierii datelor, cum ar fi: selectarea genei țintă, clustering funcțional, diagramă etc.

Rezultate demo

Minerirea datelor

Cerință de import

Analiza principală

Referinţă

Rezultate demo

Minerirea datelor

Cerință de import

Platformă:Illumina, MGI
Strategie:ARN-seq
Aspect: Paraied, curat date.
Tipul bibliotecii:FR-UNSTRANDED, FR-FIRSTSTRAND sau FR-Secondstrand
CITEȘTE Lungimea:150 CP
Tip de fișier:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz sau *.fq.gz. Sistemul vaîmperechează automat fișierele .fastq în funcție de numele fișierelor lor,de exemplu *_1.fastq asociat cu *._ 2.fastq.
Numărul de probe:Nu există restricții asupra număruluide probe, dar timpul de analiză va crește ca număr deProbele cresc.
Suma recomandată de date:6g pe eșantion

Analiza principală

Analiza principală și instrumentele bioinformatice ale ARNm-seq (referință)Conducta este următoarea:

1. Controlul calității RAWDATA:

• Eliminarea secvențelor de calitate scăzută, secvențe de adaptoare,etc;

• Instrumente: conductă dezvoltată intern;

2. Alinierea datelor la un genom de referință:

• Alinierea citită cu un algoritm conștient de splice împotrivagenom de referință.

• Instrumente:Hisat2, samtools

3. Analiza calității bibliotecii:

• Introduceți analiza lungimii, analiza de saturație a secvenței, etc;

• Instrumente:samtools;

4. Analiza structurii secvenței:

• Analiza alternativă de splicing, optimizarea structurii genelor,Prezicerea genelor noi, etc;

• Instrumente:Stringtie, GFFCOMPARE, Gatk,DIAMANT, Interproscan, șiHmmer.

5. Analiza expresiei diferențiale:

• Screening Deg, analiza de co-relație, funcționalîmbogăţire;

•Diverse rezultate de vizualizare;

•RcuSegseq, Deseq2, GGPLOT2, Dexseq

Referinţă

1. Kim, Daehwan și colab. „Alinierea genomului bazat pe grafic șiGenotiparea cu Hisat2 și Hisat-Genotip. ”NaturăBiotehnologie37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron și colab. „Setul de instrumente de analiză a genomului: aCadrul MapReduce pentru analizarea ADN-ului de generație viitoareSecvențarea datelor. ”Cercetarea genomului20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng și colab. „Formatul de aliniere/hartă a secvenței șiSamtools. ”Bioinformatică25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela și colab. „Stringtie permite îmbunătățireaReconstrucția unui transcriptom din citirile ARN-seq. ”NaturăBiotehnologie33 (2015): 290-295.

5. Dragoste, Michael I. și colab. „Estimarea moderată a schimbărilor de pliere șidispersie pentru datele ARN-seq cu DESEQ2. ”GenomBiologie15 (2014): n. Pag.

6. Eddy, Sean R .. „Căutări de profil accelerat HMM.”PLOS Biologie de calcul7 (2011): n. Pag.

ARNm-seq (NGS) cu genomul de referință

ARNm-seq (NGS) cu genomul de referință

Obțineți un citat

Trimiteți -ne mesajul dvs.: