Nanopore Transcriptom de lungime completă

Secvențierea transcriptomului Nanopore este o metodă puternică de secvențiere a ADNc-urilor de lungime completă, identificând și cuantificând cu precizie izoformele de transcript. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline este proiectat pentru a analiza datele ARN-Seq generate pe platforma Nanopore față de un genom de referință bine adnotat de înaltă calitate, oferind analize calitative și cantitative atât la nivel de genă, cât și de transcriere. După controlul calității, se obțin secvențe non-himerice de lungime completă (FLNC) și secvențele consens sunt mapate la genomul de referință pentru a elimina transcrierile redundante. Din acest set de transcripții, expresia este cuantificată și genele și transcrierile exprimate diferențial sunt identificate și adnotate funcțional. Conducta include, de asemenea, analiză de poliadenilare alternativă (APA), analiză de splicing alternativă, analiză de repetare a secvenței simple (SSR), predicția lncRNA și a țintelor corespunzătoare, predicția secvențelor de codificare (CDS), analiza familiei de gene, analiza factorului de transcripție, predicția genelor noi și adnotarea funcțională a transcrierilor.