● Două panouri exome disponibile pe baza îmbogățirii țintei cu sonde: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) și xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Secvențiere pe Illumina NovaSeq.
● Conductă bioinformatică orientată către analiza bolii sau analiza tumorii.
●Vizează regiunea de codificare a proteinelor: Prin capturarea și secvențierea regiunilor de codificare a proteinei, hWES este utilizat pentru a dezvălui variante legate de structura proteinei.
●Cost eficient:hWES produce aproximativ 85% din mutațiile umane asociate bolii din 1% din genomul uman.
●Precizie ridicată: Cu o adâncime mare de secvențiere, hWES facilitează detectarea atât a variantelor comune, cât și a variantelor rare cu frecvențe mai mici de 1%.
●Control riguros al calității: Implementăm cinci puncte de control de bază în toate etapele, de la pregătirea probelor și a bibliotecii până la secvențiere și bioinformatică. Această monitorizare meticuloasă asigură furnizarea de rezultate constant de înaltă calitate.
●Analiză bioinformatică cuprinzătoare: conducta noastră depășește identificarea variațiilor la genomul de referință, deoarece încorporează analize avansate concepute pentru a aborda în mod specific întrebările de cercetare legate de aspectele genetice ale bolilor sau analiza tumorii.
●Asistență post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărire a proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.
Strategia de captare a exonului | Strategia de secvențiere | Ieșire de date recomandată |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) sau xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Gb Pentru tulburări mendeliane/boli rare: > 50x Pentru probele tumorale: ≥ 100x |
Tip eșantion
| Cantitate(Qubit®)
| Concentraţie | Volum
| Puritate (NanoDrop™) |
ADN genomic
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1,8-2,0 fără degradare, fără contaminare
|
Analiza bioinformatică a probelor de boală hWES include:
● Secvențierea datelor QC
● Alinierea genomului de referință
● Identificarea SNP-urilor și InDels-urilor
● Adnotarea funcțională a SNP-urilor și InDels-urilor
Analiza bioinformatică a probelor tumorale include:
● Secvențierea datelor QC
● Alinierea genomului de referință
● Identificarea SNP-urilor, InDels-urilor și a variațiilor somatice
● Identificarea variantelor germinale
● Analiza semnăturilor de mutații
● Identificarea genelor de antrenare pe baza mutațiilor de creștere a funcției
● Adnotarea mutațiilor la nivelul sensibilității la medicamente
● Analiza eterogenității – calculul purității și ploidiei
Data QC – Statistica capturii Exome
Identificarea variantei – InDels
Analiză avansată: identificarea și distribuția SNP-urilor/InDels dăunătoare – diagrama Circos
Analiza tumorii: identificarea și distribuția mutațiilor somatice – diagrama Circos
Analiza tumorii: linii clonale