Asamblul genomului bazat pe Hi-C
HI-C este o metodă concepută pentru a capta configurația cromozomilor prin combinarea interacțiunilor bazate pe proximitate de sondare și secvențiere cu randament ridicat. Se crede că intensitatea acestor interacțiuni este corelată negativ cu distanța fizică pe cromozomi. Prin urmare, datele Hi-C sunt utilizate pentru a ghida gruparea, ordonarea și orientarea secvențelor asamblate într-un genom de proiect și ancorarea celor pe un anumit număr de cromozomi. Această tehnologie împuternicește un ansamblu de genom la nivel de cromozom în absența unei hărți genetice bazate pe populație. Fiecare genom are nevoie de un HI-C.
Caracteristici de serviciu
● Secvențiere pe Illumina Novaseq cu PE150.
● Serviciul necesită probe de țesut, în loc de acizi nucleici extrași, pentru a se lega cu formaldehida și pentru a conserva interacțiunile ADN-proteine.
● Experimentul Hi-C implică restricția și repararea sfârșitului capetelor lipicioase cu biotină, urmată de circularizarea capetelor contondente rezultate, păstrând interacțiunile. ADN -ul este apoi tras în jos cu mărgele de streptavidină și purificat pentru pregătirea ulterioară a bibliotecii.
Avantaje de serviciu
Prezentare generală a HI-C
(Lieberman-Aiden E și colab.,Ştiinţă, 2009)
●Eliminarea nevoii de date genetice ale populației:HI-C înlocuiește informațiile esențiale necesare pentru ancorarea contigului.
●Densitate mare a markerului:ceea ce duce la un raport de ancorare contig mare peste 90%.
●Expertiză extinsă și înregistrări de publicare:BMKGENE are o experiență vastă cu peste 2000 de cazuri de asamblare a genomului Hi-C de la 1000 de specii diferite și diverse brevete. Peste 200 de cazuri publicate au un factor de impact acumulator de peste 2000.
●Echipa de bioinformatică cu înaltă calificare:Cu brevete interne și drepturi de autor software pentru experimente Hi-C și analiza datelor, software-ul de date de vizualizare auto-dezvoltat permite mutarea blocului manual, inversarea, revocarea și refacerea.
●Suport post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de serviciu după vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență de depanare și sesiuni de întrebări și întrebări pentru a aborda orice întrebări legate de rezultate.
●Adnotare cuprinzătoare: Folosim mai multe baze de date pentru a adnota funcțional genele cu variații identificate și pentru a efectua analiza de îmbogățire corespunzătoare, oferind informații despre mai multe proiecte de cercetare.
Specificații de serviciu
| Pregătirea bibliotecii | Strategia de secvențiere | Ieșire de date recomandată | Controlul calității |
| Biblioteca HI-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Cerințe de eșantion
| Țesut | Suma necesară |
| Viscera animalelor | ≥ 2 g |
| Mușchiul animalelor | |
| Sânge de mamifere | ≥ 2 ml |
| Păsări de curte/sânge de pește | |
| PLANTE-FREAD FREAD | ≥ 3 g |
| Celule cultivate | ≥ 1x107 |
| Insectă | ≥ 2 g |
Flux de lucru de serviciu
Proiectare experiment
Livrare de probe
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
1) QC de date brute
2) Biblioteca Hi-C QC: Estimarea interacțiunilor Hi-C valide
3) Asamblare HI-C: gruparea contigurilor în grupuri, urmată de ordonarea contigului în cadrul fiecărui grup și atribuirea orientării contigului
4) Evaluare HI-C
BIBLIOTECA HI-C QC-Estimarea perechilor de interacțiune valabile HI-C
Asamblare HI-C-statistici
Evaluare post-asamblare-Map de căldură a intensității semnalului între pubele
Explorați avansările facilitate de serviciile de asamblare Hi-C ale BMKGENE printr-o colecție curată de publicații.
Tian, T. și colab. (2023) „Asamblarea genomului și disecția genetică a unei germoplasme proeminente rezistente la secetă”, Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), p. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl și colab. (2020) „Un ansamblu la scară cromozomială a genomului asiatic de albine cerana”, Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/Bibtex.
Zhang, F. și colab. (2023) „dezvăluirea evoluției biosintezei alcaloide tropane prin analizarea a doi genomi în familia Solanaceae”, Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), pp. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. și colab. (202. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
