Interacțiune cu cromatină bazată pe Hi-C
Caracteristici de serviciu
● Secvențiere pe Illumina Novaseq cu PE150.
● Serviciul necesită probe de țesut, în loc de acizi nucleici extrași, pentru a se lega cu formaldehida și pentru a conserva interacțiunile ADN-proteine.
● Experimentul Hi-C implică restricția și repararea sfârșitului capetelor lipicioase cu biotină, urmată de circularizarea capetelor contondente rezultate, păstrând interacțiunile. ADN -ul este apoi tras în jos cu mărgele de streptavidină și purificat pentru pregătirea ulterioară a bibliotecii.
Avantaje de serviciu
●Proiectare optimă a enzimei de restricție: Pentru a asigura o eficiență HI-C ridicată pe diferite specii, cu până la 93% perechi de interacțiune valabile.
●Expertiză extinsă și înregistrări de publicare:BMKGENE are o experiență vastă cu> 2000 de proiecte de secvențiere Hi-C din 800 de specii diferite și diverse brevete. Peste 100 de cazuri publicate cu un factor de impact acumulator de peste 900.
●Echipa bioinformatică extrem de calificată:cu brevete interne și drepturi de autor software pentru experimente Hi-C și analiza datelor și un software de date de vizualizare auto-dezvoltat.
●Suport post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de serviciu după vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență de depanare și sesiuni de întrebări și întrebări pentru a aborda orice întrebări legate de rezultate.
●Adnotare cuprinzătoare: Folosim mai multe baze de date pentru a adnota funcțional genele cu variații identificate și pentru a efectua analiza de îmbogățire corespunzătoare, oferind informații despre mai multe proiecte de cercetare.
Specificații de serviciu
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Ieșire de date recomandată | Rezoluția semnalului HI-C |
| Biblioteca HI-C | Illumina PE150 | Buclă de cromatină: 150x Tad: 50x | Buclă de cromatină: 10KB Tad: 40KB |
Cerințe de serviciu
| Tip de eșantion | Suma necesară |
| Țesut animal | ≥2g |
| Sânge întreg | ≥2ml |
| Ciuperci | ≥1g |
| Plantă- țesut tânăr | 1G/Aliquot, 2-4 alicote recomandate |
| Celule cultivate | ≥1x107 |
Include următoarea analiză:
● Date brute QC;
● Mapare și bibliotecă HI-C QC: perechi de interacțiune valide și exponenți de descompunere a interacțiunii (IDE);
● Profilarea interacțiunii la nivelul genomului: analiza cis/trans și harta interacțiunii Hi-C;
● Analiza distribuției compartimentului A/B;
● Identificarea buclelor TAD și a cromatinei;
● Analiza diferențială pe elementele structurii cromatinei 3D între eșantioane și adnotarea funcțională corespunzătoare a genelor asociate.
Distribuția CSI și Trans Proporție
Map de căldură a interacțiunilor cromozomiale între eșantioane
Distribuția la nivelul genomului a compartimentelor A/B
Distribuția la nivelul genomului de bucle de cromatină
Vizualizarea TADS
Explorați progresele de cercetare facilitate de serviciile de secvențiere HI-C ale BMKGENE printr-o colecție curată de publicații.
Meng, T. și colab. (2021) „O analiză comparativă multi-omică integrată identifică CA2 ca o țintă nouă pentru chordom”,Neuro-oncologie, 23 (10), p. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu, L. și colab. (2021) „Dezorganizarea 3D și rearanjarea genomului oferă informații despre patogeneza NAFLD de către secvențarea integrată Hi-C, nanopore și ARN”,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), p. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.
