Studiul de asociere la nivelul genomului (GWAS) vizează identificarea variantelor genetice (genotip) care asociate cu trăsături specifice (fenotip). Studiile GWA investighează markerii genetici traversează întregul genom al unui număr mare de indivizi și prezic asociații genotip-fenotip prin analiza statistică la nivelul populației. Resecționarea genomului întreg poate descoperi toate variantele genetice. Cuplând cu date fenotipice, GWA -urile pot fi procesate pentru a identifica SNP -urile, QTL -urile și genele candidate legate de fenotip, care susține puternic reproducerea modernă a animalelor/plantelor. SLAF este o strategie de secvențiere a genomului simplificată auto-dezvoltată, care descoperă markeri distribuiți la nivelul genomului, SNP. Aceste SNP, ca markeri genetici moleculari, pot fi procesate pentru studii de asociere cu trăsături vizate. Este o strategie rentabilă în identificarea variațiilor genetice asociate trăsăturilor complexe.
