Analiza de asociere la nivelul genomului
Flux de lucru
Avantaje de serviciu
●Expertiză extinsă și înregistrări de publicare: Cu experiența acumulată în GWAS, BMKGENE a finalizat sute de proiecte de specii în cercetarea populației GWAS, a asistat cercetătorii să publice peste 100 de articole, iar factorul de impact cumulativ a ajuns la 500.
● Analiza bioinformatică cuprinzătoare: Fluxul de lucru include analiza asociației SNP-trăsături, oferind un set de gene candidate și adnotarea funcțională corespunzătoare a acestora.
●Echipa de bioinformatică cu înaltă calificare și un scurt ciclu de analiză: Cu o experiență deosebită în analiza avansată a genomicii, echipa BMKGENE oferă analize cuprinzătoare cu un timp rapid de întoarcere.
●Suport post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de serviciu după vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență de depanare și sesiuni de întrebări și întrebări pentru a aborda orice întrebări legate de rezultate.
Specificații și cerințe ale serviciului
| Tip de secvențiere | Scala de populație recomandată | Strategia de secvențiere | Cerințe de nucleotide |
| Secvențiere a genomului întreg | 200 de probe | 10x | Concentrație: ≥ 1 ng/ µl Suma totală 30ng Limitată sau fără degradare sau contaminare |
| Fragment amplificat specific-blocaj (SLAF) | Adâncimea etichetei: 10x Numărul de etichete: <400 MB: WGS este recomandat <1 GB: 100k etichete 1 GB > 2 GB: 300K etichete Etichete max 500k | Concentrație ≥ 5 ng/µl Suma totală ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5 Gel de agaroză: o degradare sau o contaminare limitată sau limitată
|
Selectarea materialelor
Diferite soiuri, subspecii, Landrace/Genebanks/Familii mixte/Resurse sălbatice
Diferite soiuri, subspecii, terenuri de teren
Familia cu jumătate de SIB/FAMILIA FULLĂ/RESURSE WILD
Flux de lucru de serviciu
Proiectare experiment
Livrare de probe
Extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Include următoarea analiză:
- Analiza asocierii la nivelul genomului: LM, LMM, EMMAX, Modelul FastLMM
- Adnotarea funcțională a genelor candidate
Analiza Asociației SNP-Titit-Plot Manhattan
Analiza asociației SNP-Titit-Plot QQ
Explorați avansările facilitate de serviciile de GWAS ale BMKGENE printr -o colecție curată de publicații:
LV, L. și colab. (2023) „Perspectivă asupra bazei genetice a toleranței la amoniac în scoicile de ras sinonovacula constricta prin studiul de asociere la nivelul genomului”,Acvacultură, 569, p. 739351. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739351.
Li, X. și colab. (2022) „Analizele multi-OMICS de 398 de accesări de mei Foxtail dezvăluie regiuni genomice asociate cu domesticirea, trăsăturile metabolitelor și efectele antiinflamatorii”,Plantă moleculară, 15 (8), p. 1367-1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. și colab. (2022) „Cartografierea asocierii la nivelul genomului a lui Hulless abia fenotipuri în mediul de secetă”,Frontiere în știința plantelor, 13, p. 924892. DOI: 10.3389/fpls.2022.924892/bibtex.
Zhao, X. și colab. (2021) 'GMST1, care codifică o sulfotransferază, conferă rezistență la tulpinile de virus mozaic de soia G2 și G3',Plante, celule și mediu, 44 (8), p. 2777–2792. doi: 10.1111/pce.14066.
