De Novo Fungal Genom Asambl
BMKGENE oferă soluții versatile pentru genomii fungici, satisfacerea nevoilor de cercetare diverse și a completității genomului dorit. Utilizarea secvenției Illumina cu citire scurtă permite generarea unui genom de proiect. Read-uri pe termen scurt și secvențiere de citire lungă folosind nanopore sau pacbio sunt combinate pentru un genom fungic mai rafinat cu contiguri mai lungi. Mai mult decât atât, integrarea secvențierii HI-C îmbunătățește în continuare capacitățile, permițând atingerea unui genom complet la nivel de cromozom.
Caracteristici de serviciu
Cu trei opțiuni posibile din care să alegeți în funcție de gradul dorit de completitate genomică:
● Opțiunea genomului de proiect: secvențiere de citire scurtă cu Illumina Novaseq PE150.
● Opțiune fină a genomului fin:
Studiul genomului: Illumina Novaseq PE150.
Adunarea genomului: Pacbio Revio (HiFi Reads) sau Nanopore Promethion 48.
● genomul fungic la nivel de cromozom:
Studiul genomului: Illumina Novaseq PE150.
Adunarea genomului: Pacbio Revio (HiFi Reads) sau Nanopore Promethion 48.
Ancorarea contigului cu ansamblu HI-C.
Avantaje de serviciu
●Mai multe strategii de secvențiere disponibile: Pentru diferite obiective de cercetare și cerințe ale completității genomului
●Flux de lucru complet bioinformatic:Aceasta include asamblarea genomului și predicția mai multor elemente genomice, adnotarea funcțională a genelor și ancorarea contigului.
●Expertiză extinsă: Cu peste 12.000 de genomi microbieni asamblați, aducem peste un deceniu de experiență, o echipă de analiză de înaltă calificare, conținut cuprinzător și un sprijin excelent post-vânzare.
●Suport post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de serviciu după vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență de depanare și sesiuni de întrebări și întrebări pentru a aborda orice întrebări legate de rezultate.
Specificații de serviciu
| Serviciu | Strategia de secvențiere | Controlul calității |
| Genom de proiect | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genom fin | Studiu de genom: Illumina PE150 50 x Asamblare: Pacbio HiFi 30X sau Nanopore 100x | CONTIG N50 ≥1MB （PACBIO UNICELLULAR） CONTIG N50 ≥2MB （ONT UNICELLULAR） CONTIG N50 ≥500KB （ALTE） |
| Genom la nivel de cromozom | Studiu de genom: Illumina PE150 50 x Asamblare: Pacbio HiFi 30X sau Nanopore 100x Ansamblu HI-C 100x | Raportul de ancorare contig> 90%
|
Cerințe de serviciu
| Concentrație (Ng/µL) | Suma totală (µg) | Volum (pL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Ciupercă unicelulară: ≥3.5x1010 celule
Ciupercă macro: ≥10 g
Flux de lucru de serviciu
Livrare de probe
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Include următoarea analiză:
Studiu genomic:
- Secvențializarea controlului calității datelor
- Estimarea genomului: dimensiune, heterozigozitate, elemente repetitive
Ansamblu genom fin:
- Secvențializarea controlului calității datelor
- De novoAsamblare
- Analiza componentelor genomului: predicția CD -urilor și a mai multor elemente genomice
- Adnotare funcțională cu mai multe baze de date generale (GO, KEGG, etc.) și baze de date avansate (card, VFDB, etc.)
Asamblare HI-C:
- Evaluarea bibliotecii HI-C.
- Contiguri de ancorare a clusteringului, a ordonanței și a orientării
- Evaluarea ansamblului HI-C: pe baza genomului de referință și a hărții de căldură
Studiu genom: distribuția K-Mer
Asamblarea genomului: adnotare omologă genei (baza de date NR)
Asamblul genomului: adnotare funcțională a genelor (GO)
Explorați avansările facilitate de serviciile de asamblare a genomului fungic BMKGENE printr -o colecție curată de publicații.
Hao, J. și colab. (2023) „Profilarea omică integrată a ciupercilor medicinale Inonotus obliquus în condiții scufundate”,Genomica BMC, 24 (1), pp. 1-12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/figuri/3.
Lu, L. și colab. (2023) „Secvențializarea genomului dezvăluie evoluția și mecanismele patogene ale potei de grâu cu ochiul patogen Rhizoctonia Cerealis”,Jurnalul de cultură, 11 (2), pp. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. și colab. (2023) „Resurse genomice pentru patru specii Clarireedia care provoacă un loc în dolari pe diverse gazon”,Boala vegetală, 107 (3), p. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS și colab. (2023) „Dovezi genetice și moleculare ale unui sistem de împerechere tetrapolară în ciuperca comestibilă Grifola Frondosa”,Jurnalul de ciuperci, 9 (10), p. 959. DOI: 10.3390/JOF9100959/S1.
