Secvențierea ARNm de lungime completă-Nanopore
Caracteristici
● Captarea ARNm poli-A urmată de sinteza ADNc și pregătirea bibliotecii
● Secvențierea stenogramelor integrale
● Analiză bioinformatică bazată pe alinierea la un genom de referință
● Analiza bioinformatică include nu numai expresia la nivel de genă și izoforme, ci și analiza lncARN, fuziunile genelor, poliadenilarea și structura genei
Avantajele serviciului
●Cuantificarea expresiei la nivel de izoforme: permițând analiza detaliată și precisă a expresiei, dezvăluind schimbări care pot fi mascate atunci când se analizează întreaga expresie a genelor
●Cereri reduse de date:În comparație cu Next-Generation Sequencing (NGS), secvențierea Nanopore prezintă cerințe mai mici de date, permițând niveluri echivalente de saturație a cuantificării expresiei genelor cu date mai mici.
●Precizie mai mare a cuantificării expresiei: atât la nivel de genă, cât și de izoforme
●Identificarea informațiilor transcriptomice suplimentare: poliadenilare alternativă, gene de fuziune și ARNlcn și genele țintă ale acestora
●Expertiza extinsa: Echipa noastră aduce o mulțime de experiență fiecărui proiect, după ce a finalizat peste 850 de proiecte Nanopore cu transcriptom complet și a procesat peste 8.000 de mostre.
●Suport post-vânzare: angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărire a proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.
Cerințe pentru mostre și livrare
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| Poli A îmbogățit | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Scorul mediu de calitate: Q10 |
Cerințe pentru mostre:
Nucleotide:
| Conc. (ng/μl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminare limitată sau lipsită de proteine sau ADN este indicată pe gel. | Pentru plante: RIN≥7,0; Pentru animale: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; creștere limitată sau inexistentă |
● Plante:
Rădăcină, tulpină sau petală: 450 mg
Frunze sau semințe: 300 mg
Fructe: 1,2 g
● Animal:
Inima sau intestinul: 300 mg
Viscere sau creier: 240 mg
Muschi: 450 mg
Oasele, părul sau pielea: 1g
● Artropode:
Insecte: 6 g
Crustacee: 300 mg
● Sânge integral: 1 tub
● Celulele: 106 celule
Livrare recomandată de mostre
Recipient: tub de centrifuga de 2 ml (nu este recomandata folie de cositor)
Etichetarea eșantionului: Grup+replica de ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expediere:
1. Gheață carbonică: Probele trebuie ambalate în saci și îngropate în gheață carbonică.
2. Tuburi ARNstable: Probele de ARN pot fi uscate în tub de stabilizare a ARN (de exemplu, RNAstable®) și expediate la temperatura camerei.
Fluxul de lucru al serviciului
Nucleotide:
Livrare mostre
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Fluxul de lucru al serviciului
țesut:
Design experiment
Livrare mostre
extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
● Prelucrarea datelor brute
● Identificarea transcriptului
● Îmbinare alternativă
● Cuantificarea expresiei la nivel de genă și la nivel de izoforme
● Analiza expresiei diferenţiale
● Adnotare și îmbogățire a funcției (DEG și DET)
Analiză alternativă de îmbinare
Analiza alternativă de poliadenilare (APA)
Predicția lncRNA
Adnotare de noi gene
Clustering de DET-uri
Rețele proteine-proteine în DEG
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere a ARNm de lungime completă Nanopore ale BMKGene printr-o colecție de publicații organizată.
Gong, B. şi colab. (2023) „Activarea epigenetică și transcripțională a kinazei secretoare FAM20C ca oncogene în gliom”, Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), pp. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
El, Z. şi colab. (2023) „Secvențierea transcriptomului de lungime completă a limfocitelor care răspund la IFN-γ dezvăluie un răspuns imun distorsionat Th1 la lipa (Paralichthys olivaceus)”, Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. şi colab. (2023) „Analiza comparativă a metodelor de secvențiere a ARN-ului PacBio și ONT pentru identificarea veninului Nemopilema Nomurai”, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. şi colab. (2023) „Analiza Nano-seq dezvăluie tendințe funcționale diferite între exozomi și microvezicule derivate din hUMSC”, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
