Analiza ARNm eucariotic (opțiuni bazate pe referințe și de novo disponibile)
Această conductă utilizează datele NGS ARN-Seq ca intrare și produce rezultate din multiple analize în aval, inclusiv, dar fără a se limita la: evaluarea calității datelor secvențiale,de novoadnotarea site-ului de transcripție, analiza de îmbogățire variabilă, analiza expresiei diferențiale, adnotarea funcției și analiza îmbogățirii.
Analiza ARN lungă necodificatoare
ARN-urile lungi necodificatoare (lncRNA) sunt transcrieri necodante cu lungimi mai mari de 200 nt și cunoscute că joacă roluri în organizarea și reglarea cromatinei. Tehnologiile de secvențiere de mare performanță și bioinformatica ne-au împuternicit înțelegerea secvențelor lncRNA și informațiile de poziționare pentru a identifica lncRNA-urile cu funcții de reglare cruciale. Această conductă oferă analize lncARN în plus față de analizele menționate în conducta de analiză a ARNm eucariotic.
Secvențierea ampliconilor 16S/18S/ITS
Conducta de analiză a diversității microbiene Amplicon Sequencing a fost dezvoltată pe baza unor ani de experiență în analiza proiectelor de diversitate microbiană. Conducta conține analiză de bază standardizată, care acoperă conținutul de analiză generală a cercetării microbiene actuale și analiza personalizată. Raportul de analiză este bogat și cuprinzător, cu opțiunea de a efectua analize personale diverse. În plus, mostrele și grupurile pot fi modificate din mers pentru personalizare și control suplimentar.
Analiza metagenomică puștilor
Conducta de analiză metagenomică Shotgun utilizează date NGS din materiale genomice mixte extrase din probe de mediu. Analizele incluse oferă informații detaliate despre diversitatea și abundența speciilor, structura populației, relația filogenetică, genele funcționale și rețelele de corelație cu factorii de mediu.
Analiza variantelor NGS-WGS
Analiza variantelor NGS-WGS este o conductă integrată de detectare a variantelor care efectuează controlul calității datelor, alinierea secvenței, adnotarea și analiza mutațiilor genetice. Conducta urmează cele mai bune practici GATK pentru detectarea SNP și InDel și folosește Manta pentru apelarea variantelor structurale.
Studiu de asociere la nivelul genomului (GWAS)
Conducta GWAS este o analiză în aval care ia ca intrare fișierele VCF generate anterior și datele fenotipului corespunzătoare pentru o cohortă de indivizi. Folosind metodologii statistice specifice, GWAS își propune să descopere variații de nucleotide la nivelul genomului, corelate cu diferențele fenotipice. Joacă un rol crucial în explorarea genelor funcționale asociate cu boli umane complexe și trăsături complicate la plante și animale.
Analiza de segregare în vrac (BSA)
Analiza BSA implică reunirea indivizilor cu trăsături fenotipice extreme dintr-o populație segregată. Comparând loci diferențiați între probele reunite, această abordare identifică rapid markeri moleculari strâns legați, asociați cu genele țintă. Folosit pe scară largă în cartografierea genetică a plantelor și animalelor, este un instrument valoros pentru reproducerea asistată de markeri.
Analiza geneticii evolutive
Fluxul de lucru al analizei genetice evolutive folosește experiența vastă a BMKGENE în proiecte de evoluție genetică și include construcția arborelui filogenetic, analiza dezechilibrului de legături, evaluarea diversității genetice, identificarea selectivă, analiza rudeniei, analiza componentelor principale și caracterizarea structurii populației.
