Genetica evoluționistă
Avantajele serviciului
Takagi și colab.,Jurnalul plantelor, 2013
●Analiză bioinformatică cuprinzătoare:care permite estimarea diversității genetice, care reflectă potențialul evolutiv al speciilor și dezvăluie relația filogenetică fiabilă între specii, cu influența minimă a evoluției convergente și a evoluției paralele
●Analiză personalizată opțională: cum ar fi estimarea timpului și vitezei de divergență pe baza variațiilor la nivel de nucleotide și aminoacizi.
●Expertiză extinsă și înregistrări de publicare: BMKGene a acumulat o experiență masivă în proiecte de genetică a populației și evolutivă de peste 15 ani, acoperind mii de specii etc. și a contribuit la peste 1000 de proiecte la nivel înalt publicate în Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal etc.
● Echipa bioinformatica de inalta calificare si ciclu scurt de analiza: cu o mare experiență în analiza genomică avansată, echipa BMKGene oferă analize cuprinzătoare cu un timp de răspuns rapid.
● Asistență post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de service post-vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărire a proiectului, asistență pentru depanare și sesiuni de întrebări și răspunsuri pentru a răspunde oricăror întrebări legate de rezultate.
Specificații și cerințe ale serviciului
| Tipul de secvențiere | Scala de populație recomandată | Strategia de secvențiere | Cerințe de nucleotide |
| Secvențierea întregului genom | ≥ 30 indivizi, cu ≥ 10 indivizi din fiecare subgrup
| 10x | Concentrație: ≥ 1 ng/ µL Cantitatea totală≥ 30ng Degradare sau contaminare limitată sau deloc |
| Fragment amplificat de locație specifică (SLAF) | Adâncimea etichetei: 10x Număr de etichete: <400 Mb: Se recomandă WGS <1Gb: 100K etichete 1 Gb >2Gb: 300K etichete Maxim 500.000 etichete | Concentrație ≥ 5 ng/µL Cantitate totală ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Gel de agaroză: degradare sau contaminare fără sau limitată
|
Fluxul de lucru al serviciului
Design experiment
Livrare mostre
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Serviciul include analiza structurii populației (arborele filogenetic, PCA, diagrama de stratificare a populației), diversitatea populației și selecția populației (dezechilibrul legăturii, selecția selectivă a siturilor avantajoase). Serviciul poate include, de asemenea, analize personalizate (de exemplu, timp de divergență, flux de gene).
*Rezultatele demonstrative afișate aici sunt toate din genomuri publicate cu BMKGENE
1. Analiza evoluției conține construcția arborelui filogenetic, structura populației și PCA pe baza variațiilor genetice.
Arborele filogenetic reprezintă relații taxonomice și evolutive între speciile cu strămoș comun.
PCA își propune să vizualizeze apropierea dintre sub-populații.
Structura populației arată prezența unei subpopulații distincte genetic în ceea ce privește frecvențele alelelor.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2.Măturarea selectivă
Măturarea selectivă se referă la un proces prin care este selectat un site avantajos și frecvențele site-urilor neutre legate sunt crescute și cele ale site-urilor nelegate sunt reduse, rezultând o reducere a nivelului regional.
Detectarea la nivelul genomului pe regiunile de baleiere selectivă este procesată prin calcularea indicelui genetic al populației (π，Fst, Tajima's D) al tuturor SNP-urilor într-o fereastră glisantă (100 Kb) la o anumită etapă (10 Kb).
Diversitatea nucleotidelor (π)
D-ul lui Tajima
Indicele de fixare (Fst)
Wu, et. al.,Planta Moleculară, 2018
3. Fluxul genelor
Wu, et. al.,Planta Moleculară, 2018
4.Istoria demografică
Zhang, et. al.,Ecologie și evoluție naturii, 2021
5.Timpul de divergenta
Zhang, et. al.,Ecologie și evoluție naturii, 2021
Explorați progresele facilitate de serviciile de genetică evolutivă ale BMKGene printr-o colecție curată de publicații:
Hassanyar, AK și colab. (2023) „Descoperirea markerilor moleculari SNP și a genelor candidate asociate cu rezistența la virusul Sacbrood în larvele de Apis cerana cerana prin resecvențierea întregului genom”,Jurnalul internațional de științe moleculare, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. şi colab. (2022) „Descoperirea unei salamandre gigantice chinezești sălbatice, pură genetic creează noi oportunități de conservare”,Cercetări zoologice, 2022, voi. 43, Numărul 3, Paginile: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. şi colab. (2022) „Modelul filogeografic și Istoria evoluției populației a indigenilor Elymus sibiricus L. pe platoul Qinghai-Tibetan”,Frontiere în știința plantelor, 13, p. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. şi colab. (2022) „Perspective genomice asupra evoluției longanului dintr-un ansamblu de genom la nivel de cromozom și genomica populației a accesărilor longanului”,Cercetare horticolă, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
