Secvențiere eucariotă ARNm-NGS
Caracteristici
● Capturarea ARNm -ului poliției înainte de pregătirea bibliotecii
● Pregătirea opțională direcțională a bibliotecii ARNm pentru a permite obținerea de date de secvențiere specifice catenelor
● Analiza bioinformatică a expresiei genice și a structurii transcrierii
Avantaje
●Expertiză extinsă: Echipa noastră a prelucrat peste 600.000 de probe la BMKGENE, întinzând diverse tipuri de eșantioane, cum ar fi culturi celulare, țesuturi și lichide corporale. Aducem o bogată experiență la fiecare proiect și am finalizat cu succes peste 100.000 de proiecte ARNm-seq în diverse domenii de cercetare.
●Control riguros al calității: Implementăm puncte de control de bază pe toate etapele, de la pregătirea eșantionului și a bibliotecii până la secvențiere și bioinformatică. Această monitorizare minuțioasă asigură livrarea de rezultate constant de înaltă calitate, asigurându-vă că proiectul dvs. este în mâini fiabile.
●Adnotare cuprinzătoare: Folosim mai multe baze de date pentru a adnota funcțional genele exprimate diferențial (DEG) și efectuăm analize de îmbogățire corespunzătoare. Această abordare cuprinzătoare oferă informații despre procesele celulare și moleculare care stau la baza răspunsului transcriptom, asigurându -vă că sunteți pe deplin informați despre rezultatele proiectului dvs.
●Suport post-vânzare: Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de serviciu după vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență de depanare și sesiuni de întrebări și întrebări pentru a aborda orice întrebări legate de rezultate.
Cerințe de eșantion și livrare
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| POLY A ÎNVĂȚAT | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 GB | Q30≥85% |
Cerințe de eșantion:
Nucleotide:
| Conc. (Ng/µl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate | |
| Biblioteca standard | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminare limitată sau fără proteină sau ADN prezentată pe gel. | Pentru plante: Rin≥4.0; Pentru animale: Rin≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitat sau fără altitudine de bază |
| Biblioteca direcțională | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminare limitată sau fără proteină sau ADN prezentată pe gel. | Pentru plante: Rin≥4.0; Pentru animale: Rin≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitat sau fără altitudine de bază |
● Plante:
Rădăcină, tulpină sau petală: 450 mg
Frunze sau semințe: 300 mg
Fructe: 1,2 g
●Animal:
Inima sau intestinul: 300 mg
Viscera sau creier: 240 mg
Mușchi: 450 mg
Oase, păr sau piele: 1G
● Artropode:
Insecte: 6g
Crustacea: 300 mg
● Sânge întreg: 1 tub
● Celule: 106 celule
Eșantionul recomandat
Container: 2 ml tub de centrifugă (folia de staniu nu este recomandată)
Etichetare de probă: grup+replică de exemplu A1, A2, A3; B1, B2, B3 ... ...
Expediere:
1. ICE uscat: probele trebuie să fie ambalate în pungi și îngropate în gheață uscată.
2. Tuburi de masă ARN: Probele de ARN pot fi uscate în tubul de stabilizare ARN (de exemplu, RNASTABLE®) și expediate la temperatura camerei.
Flux de lucru de serviciu
Proiectare experiment
Livrare de probe
Extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Bioinformatică
Eucariot Secvențiere ARNm Flux de lucru
Bioinformatică
ØControlul calității datelor brute
ØAlinierea genomului de referință
ØAnaliza structurii transcrierii
ØCuantificarea expresiei
ØAnaliza expresiei diferențiale
ØAdnotarea funcției și îmbogățirea
Alinierea genomului de referință
Saturația datelor
Corelația eșantionului și evaluarea replicilor biologice
Gene exprimate diferențial (DEG)
Adnotarea funcțională a DEG -urilor
Îmbogățirea funcțională a DEG -urilor
Explorați avansările facilitate de serviciile de secvențiere a mRNA eucariote NGS ale BMKGENE printr -o colecție de publicații curate.
Huang, L. și colab. (2023) „Triclosanul și triclocarbanul slăbesc capacitatea olfactivă a peștilor de aur prin constrângerea recunoașterii odorante, perturbarea transducției semnalului olfactiv și perturbarea procesării informațiilor olfactive”, Cercetarea apei, 233, p. 119736. Doi: 10.1016/j.watres.2023.119736.
Jia, LJ și colab. (2023) 'Aspergillus fumigatus deturnează P11 uman pentru a redirecționa fagozomii care conțin ciuperci către calea nedegradativă', Cell Host & Microbe, 31 (3), p. 373-388.e10. doi: 10.1016/j.chom.2023.02.002.
Jin, K. și colab. (2022) „Factorii de transcripție TCP implicați în dezvoltarea de tragere a bambusului MA (Dendrocalamus latiflorus Munro)”, Frontiers in Plant Science, 13, p. 884443. Doi: 10.3389/fpls.2022.884443/Bibtex.
Wen, X. și colab. (2022) „Genomul chrysantemului lavandulifolium și mecanismul molecular care stă la baza unor tipuri de capitulum diverse”, Horticulture Research, 9. DOI: 10.1093/h/uhab022.
Zhang, Yujie și colab. (2023) „Un nanoreactor în cascadă pentru îmbunătățirea terapiei sonodinamice pe cancerul colorectal prin creșterea ROS sinergică și blocajul autofagiei”, Nano Today, 49, p. 101798. Doi: 10.1016/j.nantod.2023.101798.
