Secvențiere mRNA cu lungime completă -pacbio
Caracteristici
● Sinteza ADNc din ARNm Poly-A urmată de pregătirea bibliotecii
● Secvențiere în modul CCS, generarea de citiri HIFI
● Secvențarea transcrierilor cu lungime completă
● Analiza nu necesită un genom de referință; Cu toate acestea, poate fi angajat
● Analiza bioinformatică permite analiza transcrierilor izoforme lncRNA, fuziuni genice, poli-adenilare și structura genelor
Avantaje de serviciu
●Precizie ridicată: HIFI citește cu precizie> 99,9% (Q30), comparabil cu NGS
● Analiza alternativă de splicing: Secvențarea întregii transcrieri permite identificarea și caracterizarea izoformei
●Expertiză extinsă: Cu un palmares de finalizare a peste 1100 de proiecte transcriptome de lungime completă și procesare peste 2300 de probe, echipa noastră aduce o bogată experiență pentru fiecare proiect.
●Suport post-vânzare: Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de serviciu după vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență de depanare și sesiuni de întrebări și întrebări pentru a aborda orice întrebări legate de rezultate.
Cerințe de eșantion și livrare
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| Biblioteca CCS MRNA îmbogățită Polya | Sequelul Pacbio II Pacbio Revio | 20/40 GB 5/10 m CCS | Q30≥85% |
Cerințe de eșantion:
Nucleotide:
● Plante:
Rădăcină, tulpină sau petală: 450 mg
Frunze sau semințe: 300 mg
Fructe: 1,2 g
● Animal:
Inima sau intestinul: 300 mg
Viscera sau creier: 240 mg
Mușchi: 450 mg
Oase, păr sau piele: 1G
● Artropode:
Insecte: 6g
Crustacea: 300 mg
● Sânge întreg: 1 tub
● Celule: 106 celule
| Conc. (Ng/µl) | Cantitate (μg) | Puritate | Integritate |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminare limitată sau fără proteină sau ADN prezentată pe gel. | Pentru plante: Rin≥7,5; Pentru animale: Rin≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; limitat sau fără altitudine de bază |
Eșantionul recomandat
Container: 2 ml tub de centrifugă (folie de staniu nu este recomandată)
Etichetare de probă: grup+replică de exemplu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expediere:
1. ICE uscat: probele trebuie să fie ambalate în pungi și îngropate în gheață uscată.
2. Tuburi RNASTABLE: Probele de ARN pot fi uscate în tubul de stabilizare ARN (de exemplu, RNASTABLE®) și expediate la temperatura camerei.
Flux de lucru de serviciu
Proiectare experiment
Livrare de probe
Extracția ARN
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Include următoarea analiză:
● Controlul calității datelor brute
● Analiza alternativă de poliadenilare (APA)
● Analiza transcrierii fuziunii
● Analiza alternativă de splicing
● Analiza de ortologi universale de evaluare a unicalului (BUSCO) universal (BUSCO)
● Analiza transcrierii noi: predicția secvențelor de codare (CDS) și adnotarea funcțională
● Analiza lncRNA: predicția lncRNA și a țintelor
● Identificarea microsatelitei (SSR)
Analiza Busco
Analiza alternativă de splicing
Analiza alternativă de poliadenilare (APA)
Adnotarea funcțională a transcrierilor noi
Explorați avansările facilitate de serviciile de secvențiere a mRNA de mRNA de pe lungime BMKGENE în această publicație prezentată.
Ma, Y. și colab. (2023) „Analiza comparativă a metodelor de secvențiere ARN Pacbio și ONT pentru identificarea veninului nemopilema nomurai”, Genomics, 115 (6), p. 110709. Doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. și colab. (2019) „Dinamica de dezvoltare a transcriptomului STEM Populus”, Plant Biotechnology Journal, 17 (1), p. 206–219. doi: 10.1111/pbi.12958.
Deng, H. și colab. (2022) „Modificări dinamice ale conținutului de acid ascorbic în timpul dezvoltării fructelor și maturare a Actinidiei latifolia (o cultură de fructe bogată în ascorbat) și a mecanismelor moleculare asociate”, International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. DOI: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. și colab. (2022) „Prezicerea eficientă a genelor căii biosintetice implicate în polifiline bioactive în Paris Polyphylla”, Biologie de comunicații 2022 5: 1, 5 (1), pp. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. și colab. (2023) „Analiza combinată Pacbio ISO-Seq și Illumina ARN-seq a transcriptomului Tuta absolutta (Meyrick) și a genelor P450 Citocrom P450”, Insecte, 14 (4), p. 363. DOI: 10.3390/insecte14040363/s1.
Wang, Lijun și colab. (2019) „Un sondaj privind complexitatea transcriptomului folosind o analiză în timp real Pacbio cu o singură moleculă combinată cu secvențarea ARN Illumina pentru o mai bună înțelegere a biosintezei acidului ricinoleic în Ricinus Communis”, BMC Genomics, 20 (1), pp. 1-17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
