BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Schema tehnică a transcriptomului spațial BMKMANU S3000
Caracteristici
- Rezoluție: 3,5 µM
- Diametru spot: 2,5 µM
- Număr de spoturi: aproximativ 4 milioane
- 3 formate posibile pentru zona de captare: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm sau 15 mm * 20 mm
- Fiecare granulă cu cod de bare este încărcată cu grunduri compuse din 4 secțiuni:
• coadă poli(dT) pentru amorsarea ARNm și sinteza ADNc,
• Identificator molecular unic (UMI) pentru a corecta biasul de amplificare
• Cod de bare spațial
• Secvența de legare a primerului de secvențiere citit parțial 1
- H&E și colorarea fluorescentă a secțiunilor
- Posibilitatea de a utiliza tehnologia de segmentare celulară: integrarea colorării H&E, colorării fluorescente și secvențierea ARN pentru a determina limitele fiecărei celule și a atribui corect expresia genelor fiecărei celule. Procesarea în aval Analiza de profilare spațială bazată pe compartimentul de celule.
- Posibil de a realiza o analiză de rezoluție pe mai multe niveluri: analiză flexibilă pe mai multe niveluri, variind de la 100um la 3,5 um pentru a rezolva diverse caracteristici ale țesutului la rezoluție optimă.
Avantajele BMKMANU S3000
-Dublarea punctelor de captură la 4 milioane: cu o rezoluție îmbunătățită de 3,5 uM, ceea ce duce la o detecție mai mare a genelor și a UMI pe celulă. Acest lucru are ca rezultat o grupare îmbunătățită a celulelor pe baza profilurilor transcripționale, cu detalii mai fine care se potrivesc cu structura țesuturilor.
- Rezoluție sub-celulară:Fiecare zonă de captură a conținut > 2 milioane de puncte spațiale cu coduri de bare cu un diametru de 2,5 µm și o distanță de 5 µm între centrele spotului, permițând analiza transcriptomului spațial cu rezoluție sub-celulară (5 µm).
-Analiza rezoluției pe mai multe niveluri:Analiză flexibilă pe mai multe niveluri, de la 100 μm la 5 μm pentru a rezolva diverse caracteristici ale țesutului la rezoluție optimă.
-Posibilitatea de a utiliza tehnologia de segmentare a celulelor „Trei într-un diapozitiv”:combinând colorarea cu fluorescență, colorarea H&E și secvențierea ARN pe o singură lamă, algoritmul nostru de analiză „trei-în-unu” permite identificarea limitelor celulare pentru transcriptomica ulterioară pe bază de celule.
-Compatibil cu mai multe platforme de secvențiere: disponibile atât NGS, cât și secvențierea de citire lungă.
-Design flexibil pentru 1-8 zone de captură activă: dimensiunea zonei de captare este flexibila, fiind posibil sa se utilizeze 3 formate (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm si 15 mm * 20 mm)
-Serviciu unic: integrează toți pașii bazați pe experiență și abilități, inclusiv crio-secționarea, colorarea, optimizarea țesuturilor, codurile de bare spațiale, pregătirea bibliotecii, secvențierea și bioinformatica.
-Bioinformatică cuprinzătoare și vizualizare ușor de utilizat a rezultatelor:Pachetul include 29 de analize și peste 100 de cifre de înaltă calitate, combinate cu utilizarea unui software dezvoltat intern pentru a vizualiza și personaliza divizarea celulelor și gruparea spot.
-Analiza și vizualizarea datelor personalizate: disponibil pentru diferite cereri de cercetare
-Echipa tehnica foarte calificata: cu experiență în peste 250 de tipuri de țesuturi și peste 100 de specii, inclusiv oameni, șoarece, mamifere, pești și plante.
-Actualizări în timp real pentru întregul proiect: cu control deplin al progresului experimental.
-Analiză comună opțională cu secvențierea ARNm cu o singură celulă
Specificații de service
| Cerințe pentru mostre | Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| Probe crio încorporate în OCT (Diametru optim: aprox. 6×6×6 mm³) 2 blocuri per probă 1 pentru experiment, 1 pentru backup | Biblioteca de ADNc S3000 | Illumina PE150 | 160K PE citiri la 100μM (250 Gb) | RIN > 7 |
Pentru mai multe detalii despre instrucțiunile de pregătire a mostrelor și fluxul de lucru pentru service, nu ezitați să discutați cu aExpert BMKGENE
Fluxul de lucru al serviciului
În faza de pregătire a probei, se efectuează o încercare inițială de extracție a ARN-ului în vrac pentru a se asigura că poate fi obținut un ARN de înaltă calitate. În etapa de optimizare a țesuturilor, secțiunile sunt colorate și vizualizate și sunt optimizate condițiile de permeabilizare pentru eliberarea ARNm din țesut. Protocolul optimizat este apoi aplicat în timpul construcției bibliotecii, urmat de secvențiere și analiza datelor.
Fluxul de lucru complet al serviciului implică actualizări în timp real și confirmări ale clienților pentru a menține o buclă de feedback receptivă, asigurând o execuție fără probleme a proiectului.
Datele generate de BMKMANU S3000 sunt analizate folosind software-ul „BSTMatrix”, care este proiectat independent de BMKGENE, generând o matrice de expresie genetică la nivel de celule și rezoluție multinivel. De acolo, este generat un raport standard care include controlul calității datelor, analiza eșantionului intern și analiza inter-grup.
- Controlul calitatii datelor:
- Ieșirea datelor și distribuirea scorului de calitate
- Detectarea genelor pe punct
- Acoperire tisulară
- Analiza eșantionului intern:
- Bogăția genetică
- Clustering spot, inclusiv analiza cu dimensiuni reduse
- Analiza expresiei diferenţiale între clustere: identificarea genelor marker
- Adnotarea funcțională și îmbogățirea genelor marker
- Analiza inter-grup
- Recombinarea petelor din ambele probe (de exemplu, bolnave și martor) și re-cluster
- Identificarea genelor marker pentru fiecare cluster
- Adnotarea funcțională și îmbogățirea genelor marker
- Exprimarea diferențială a aceluiași cluster între grupuri
În plus, „BSTViewer” dezvoltat de BMKGene este un instrument ușor de utilizat, care îi permite utilizatorului să vizualizeze expresia genelor și gruparea spotului la diferite rezoluții.
BMKGene oferă servicii de profilare spațială la o rezoluție precisă pentru o singură celulă (pe baza unui compartiment de celule sau a unui compartiment pătrat pe mai multe niveluri de la 100um la 3,5um).
Datele de profilare spațială din secțiunile de țesut de pe lama S3000 au funcționat bine ca mai jos.
Studiu de caz 1: Creierul șoarecelui
Analiza unei secțiuni de creier de șoarece cu S3000 a dus la identificarea a ~ 94 000 de celule, cu o secvențiere mediană de ~ 2000 de gene per celulă. Rezoluția îmbunătățită de 3,5 uM a dus la o grupare foarte detaliată a celulelor pe baza modelelor transcripționale, grupurile de celule mimând structurile diferențiate ale creierului. Acest lucru este ușor de observat prin vizualizarea distribuției celulelor grupate ca oligodendrocite și celule microglia, care sunt aproape exclusiv localizate în substanța cenușie și respectiv albă.
Studiu de caz 2: Embrion de șoarece
Analiza unei secțiuni de embrion de șoarece cu S3000 a dus la identificarea a ~ 2200 000 de celule, cu o secvențiere mediană de ~ 1600 de gene per celulă. Rezoluția îmbunătățită de 3,5 uM a dus la o grupare foarte detaliată a celulelor pe baza modelelor transcripționale, cu 12 clustere în zona ochiului și 28 clustere în zona creierului.
Analiza eșantionului intern Gruparea celulelor:
Identificarea genelor marker și distribuția spațială:
- rezoluție sub-celulară mai mare: în comparație cu diapozitivul S1000, fiecare zonă de captură a S3000 conținea >4 milioane de puncte spațiale cu coduri de bare cu un diametru de 2,5 µm și o distanță de 3,5 µm între centrele spotului, permițând analiza transcriptomului spațial cu o rezoluție sub-celulară mai mare (bină pătrată: 3,5 µm).
- Eficiență de captare mai mare: în comparație cu S1000 slide, Median_UMI crește de la 30% la 70%, Median_Gene crește de la 30% la 60%
Schema chipului S1000:
Schema chipului S3000:
