Transcriptom spațial BMKMANU S1000
Schema tehnică a transcriptomului spațial BMKMANU S1000
Caracteristici
● Rezoluție: 5 µM
● Diametrul punctului: 2,5 µM
● Număr de spoturi: aproximativ 2 milioane
● 3 formate posibile pentru zona de captare: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm sau 15 mm * 20 mm
● Fiecare granulă cu cod de bare este încărcată cu grunduri compuse din 4 secțiuni:
coadă poli(dT) pentru amorsarea ARNm și sinteza ADNc
Identificator molecular unic (UMI) pentru a corecta biasul de amplificare
Cod de bare spațial
Secvența de legare a primerului de secvențiere citit parțial 1
● H&E și colorarea fluorescentă a secțiunilor
● Posibilitate de utilizaretehnologie de segmentare celulară: integrarea colorării H&E, colorării fluorescente și secvențierii ARN pentru a determina limitele fiecărei celule și a atribui corect expresia genei fiecărei celule.
Avantajele BMKMANU S1000
●Rezoluție sub-celulară: Fiecare zonă de captură conținea >2 milioane de puncte spațiale cu coduri de bare cu un diametru de 2,5 µm și o distanță de 5 µm între centrele spotului, permițând analiza transcriptomului spațial cu rezoluție sub-celulară (5 µm).
●Analiza rezoluției pe mai multe niveluri:Analiză flexibilă pe mai multe niveluri, de la 100 μm la 5 μm pentru a rezolva diverse caracteristici ale țesutului la rezoluție optimă.
●Posibilitatea de a utiliza tehnologia de segmentare a celulelor „Trei într-unul”:Combinând colorarea cu fluorescență, colorarea H&E și secvențierea ARN pe o singură lamă, algoritmul nostru de analiză „trei-în-unul” permite identificarea limitelor celulare pentru transcriptomica ulterioară pe bază de celule.
●Compatibil cu platforme de secvențiere multiple: Sunt disponibile atât NGS, cât și secvențierea cu citire lungă.
●Design flexibil pentru 1-8 zone de captură activă: Dimensiunea zonei de captare este flexibila, fiind posibil sa se utilizeze 3 formate (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm si 15 mm * 20 mm)
●Serviciu unic: integrează toți pașii bazați pe experiență și abilități, inclusiv crio-secționarea, colorarea, optimizarea țesuturilor, codurile de bare spațiale, pregătirea bibliotecii, secvențierea și bioinformatica.
●Bioinformatică cuprinzătoare și vizualizare ușor de utilizat a rezultatelor:Pachetul include 29 de analize și peste 100 de cifre de înaltă calitate, combinate cu utilizarea unui software dezvoltat intern pentru a vizualiza și personaliza divizarea celulelor și gruparea spot.
●Analiza și vizualizarea datelor personalizate: disponibil pentru diferite cereri de cercetare
●Echipa tehnică de înaltă calificare: cu experiență în peste 250 de tipuri de țesuturi și peste 100 de specii, inclusiv oameni, șoarece, mamifere, pești și plante.
●Actualizări în timp real asupra întregului proiect: cu control deplin al progresului experimental.
●Analiză comună opțională cu secvențierea ARNm cu o singură celulă
Specificații de service
|
Eşantion Cerințe
| Bibliotecă |
Strategia de secvențiere
| Date recomandate | Controlul calității |
| Eșantioane crio încorporate în OCT, 3 blocuri per probă | Bibliotecă de ADNc S1000 | Illumina PE150 (alte platforme disponibile) | 100K citiri PE la 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Pentru mai multe detalii despre instrucțiunile de pregătire a mostrelor și fluxul de lucru pentru service, nu ezitați să discutați cu aexpert BMKGENE
Fluxul de lucru al serviciului
În faza de pregătire a probei, se efectuează o încercare inițială de extracție a ARN-ului în vrac pentru a se asigura că poate fi obținut un ARN de înaltă calitate. În etapa de optimizare a țesuturilor, secțiunile sunt colorate și vizualizate și sunt optimizate condițiile de permeabilizare pentru eliberarea ARNm din țesut. Protocolul optimizat este apoi aplicat în timpul construcției bibliotecii, urmat de secvențiere și analiza datelor.
Fluxul de lucru complet al serviciului implică actualizări în timp real și confirmări ale clienților pentru a menține o buclă de feedback receptivă, asigurând o execuție fără probleme a proiectului.
Datele generate de BMKMANU S1000 sunt analizate folosind software-ul „BSTMatrix”, care este proiectat independent de BMKGENE, generând o matrice de expresie genetică. De acolo, este generat un raport standard care include controlul calității datelor, analiza eșantionului intern și analiza inter-grup.
● Controlul calității datelor:
Ieșirea datelor și distribuția scorului de calitate
Detectarea genelor pe punct
Acoperire tisulară
● Analiza eșantionului intern:
Bogăția genetică
Gruparea spot, inclusiv analiza cu dimensiuni reduse
Analiza expresiei diferențiale între clustere: identificarea genelor marker
Adnotarea funcțională și îmbogățirea genelor marker
● Analiza inter-grup:
Recombinarea petelor din ambele probe (de exemplu, bolnave și martor) și regrupare
Identificarea genelor marker pentru fiecare cluster
Adnotarea funcțională și îmbogățirea genelor marker
Exprimarea diferențială a aceluiași cluster între grupuri
În plus, „BSTViewer” dezvoltat de BMKGENE este un instrument ușor de utilizat, care îi permite utilizatorului să vizualizeze expresia genelor și gruparea punctelor la diferite rezoluții.
BMKGene a dezvoltat un software pentru vizualizare ușor de utilizat
Clustering spot BSTViewer la rezoluție pe mai multe niveluri
BSTCellViewer: divizarea automată și manuală a celulelor
Analiza eșantionului intern
Gruparea spot:
Identificarea genelor marker și distribuția spațială:
Analiza intergrup
Combinație de date din ambele grupuri și re-cluster:
Genele marker ale noilor clustere:
Explorați progresele facilitate de serviciile de transcriptomică spațială ale BMKGene cu tehnologia BMKManu S1000 în această publicație prezentată:
Song, X. și colab. (2023) „Transcriptomica spațială dezvăluie celule de clorenchim induse de lumină implicate în promovarea regenerării lăstarilor în calusul de tomate”,Proceedings of the National Academy of Sciences din Statele Unite ale Americii, 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Tu, Y. și colab. (2023) „Compararea sistematică a metodelor transcriptomice spațiale bazate pe secvențiere”,bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
