De novo ansamblu bacterian al genomului
Oferim un serviciu complet de asamblare a genomului bacterian, garantând 0 lacune. Acest lucru este posibil prin integrarea tehnologiilor de secvențiere cu citire lungă, cum ar fi Nanopore și Pacbio pentru asamblare și secvențiere de citire scurtă cu Illumina pentru validarea asamblării și corectarea erorilor de citiri ONT. Serviciul nostru oferă fluxul de lucru bioinformatic complet de la asamblare, adnotare funcțională și analiză bioinformatică avansată, îndeplinirea obiectivelor specifice de cercetare. Acest serviciu permite dezvoltarea de genomuri de referință precise pentru diverse studii genetice și genomice. În plus, constituie baza pentru aplicații precum optimizarea tulpinilor, inginerie genetică și dezvoltarea tehnologiei microbiene, asigurând date genomice fiabile și fără decalaj crucial pentru promovarea perspectivelor științifice și a inovației biotehnologice.
Caracteristici de serviciu
● Cu două opțiuni posibile din care să alegeți în funcție de gradul dorit de completitate a genomului.
● Opțiunea genomului de proiect: secvențiere de citire scurtă cu Illumina Novaseq PE150.
● Completați 0 genomul GAP.
● Secvențiere de citire lungă pe Promethion Nanopore 48 sau Pacbio Revio pentru asamblarea genomului.
● Secvențiere de citire scurtă pe Illumina Novaseq pentru validarea genomului și corectarea erorilor (Nanopore) sau pentru a genera un genom de proiect.
Avantaje de serviciu
●Genomul zero-gap garantat: Acest lucru se datorează integrării secvențierii Illumina cu secvențiere de citire lungă (nanopore sau pacbio).
●Flux de lucru complet bioinformatic:Aceasta include asamblarea genomului și prezicerea mai multor elemente genomice, adnotarea funcțională a genelor și vizualizările genomului, cum ar fi Circh Plot.
●Expertiză extinsă: Cu peste 20.000 de genomi microbieni asamblați, BMKGENE aduce peste un deceniu de experiență, o echipă de analiză de înaltă calificare, conținut cuprinzător și suport excelent post-vânzare.
●Suport post-vânzare:Angajamentul nostru se extinde dincolo de finalizarea proiectului cu o perioadă de serviciu după vânzare de 3 luni. În acest timp, oferim urmărirea proiectului, asistență de depanare și sesiuni de întrebări și întrebări pentru a aborda orice întrebări legate de rezultate.
●Mai multe strategii de secvențiere disponibile:Pentru diferite obiective de cercetare și cerințe ale completității genomului.
Specificații de serviciu
| Serviciu | Strategia de secvențiere |
| Genom de proiect | Illumina PE150 100x |
| 0 GAP GENOME | Nanopore 100x + Illumina PE150 100X Or PACBIO HIFI 30X + ILLUMINA PE150 100X (opțional) |
Cerințe de eșantion:
| Concentrație (Ng/µL) | Suma totală (µg) | Volum (pL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Bacterii: ≥3.5x1010 celule
Flux de lucru de serviciu
Livrare de probe
Construcția bibliotecii
Secvențiere
Analiza datelor
Servicii după vânzare
Include următoarea analiză:
● Secvențializarea controlului calității datelor
● Ansamblul genomului
● Analiza componentelor genomului: predicția CD -urilor și a mai multor elemente genomice
● Adnotare funcțională cu mai multe baze de date generale (GO, KEGG, etc) și baze de date avansate (card, VFDB, etc)
● Vizualizarea genomului
Oferim genomul într -un format FASTA ușor accesibil și fișierul de adnotare a genomului (GFF).
Adnotarea genelor - Du -te
Adnotarea genelor - carbohidrați cazuri
Vizualizare genomică - complot circo
Explorați progresele facilitate de serviciile de asamblare a genomului bacterian BMKGENE printr -o colecție curată de publicații.
Dai, W. și colab. (2023) „Descoperirea bacteroidelor uniforme F18-22 ca o bacterie probiotică sigură și nouă pentru tratamentul colitei ulcerative din colonul uman sănătos”,Jurnalul internațional de științe moleculare, 24 (19), p. 14669. Doi: 10.3390/ijms241914669/s1.
Kang, Q. și colab. (2021) „Izolatele Proteus Mirabilis rezistente la multidrug care transportă Blaoxa-1 și Blandm-1 din viața sălbatică din China: creșterea riscului pentru sănătatea publică”,Zoologie integrativă, 16 (6), p. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT și colab. (2017) „Secvența completă a genomului de endofit Bacillus flexus KLBMP 4941 dezvăluie mecanismul său de promovare a creșterii plantelor și baza genetică pentru toleranța la sare”,Journal of Biotechnology, 260, p. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. și colab. (2021) „Plasmidele de rezistență multiplă a revoluției din Klebsiella mediază diseminarea extinsă a genelor antimicrobiene”,Frontiere în microbiologie, 12, p. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/Bibtex.
