Secvențiere Amplicon (16S/18S/ITS)

Secvențializarea Amplicon (16S/18S/ITS) cu Illumina este o metodă de analiză a diversității microbiene prin identificarea profilurilor microbiene în funcție de secvențele lor și apoi încercarea de a descifra bogăția și diversitatea comunității în cadrul fiecărui eșantion și între eșantioane. Conducta BMKCLOUD Amplicon (NGS) permite analiza 16S, 18S, genele sale funcționale și multiple. Începe cu tunderea citită, asamblarea citită de pereche și evaluarea calității, urmată de gruparea lecturilor similare pentru a genera unități taxonomice operaționale (OTU) utilizate în șase secțiuni de analiză diferite. Adnotarea taxonomică oferă informații despre abundența și compoziția relativă a fiecărui eșantion, în timp ce analizele de diversitate alfa și beta se concentrează pe diversitatea microbiană în interiorul și, respectiv, între eșantioane. Analiza diferențială între grupuri găsește OTU-uri care diferă folosind atât teste parametrice, cât și non-parametrice, în timp ce analiza corelației raportează aceste diferențe cu factorii de mediu. În cele din urmă, abundența funcțională a genei este prevăzută pe baza abundenței genelor marker, oferind o perspectivă asupra funcției și ecologiei în fiecare eșantion.