16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Caracteristici de serviciu
● Platformă de secvențiere: PacBio Revio
● Modul de secvențiere: CCS (citiri HiFi)
● Amplificarea regiunii țintă urmată de conectarea în tandem a ampliconilor înainte de pregătirea bibliotecii de clopoței HiFi SMRT
Avantajele serviciului
●Rezoluție taxonomică mai mare: Tsecvențierea scurtă a ampliconilor han,permițând rate mai mari de clasificare OTU la nivel de specie.
●Apel de bază foarte precis: secvențierea modului PacBio CCS (citește HiFi).
●Fără izolare: Identificarea rapidă a compoziției microbiene în probele de mediu.
●Aplicabil pe scară largă: Diverse studii asupra comunității microbiene.
●Analiză bioinformatică cuprinzătoare: Cel mai recent pachet QIIME2 (perspectivă cantitativă asupra ecologiei microbiene) cu diverse analize în ceea ce privește baza de date, adnotare, OTU/ASV.
●Expertiza extinsa: Cu mii de proiecte de secvențiere a ampliconilor derulate anual, BMKGENE aduce peste un deceniu de experiență, o echipă de analiză cu înaltă calificare, conținut cuprinzător și asistență post-vânzare excelentă.
Specificații de service
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate |
| Amplicon | PacBio Revio | Etichete 10/30/50 K (CCS) |
Cerințe pentru mostre
| Concentrație (ng/µL) | Cantitatea totală (µg) | Volumul (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Livrare recomandată de mostre
Congelați probele în azot lichid timp de 3-4 ore și păstrați-le în azot lichid sau -80 de grade până la rezervare pe termen lung. Este necesară expedierea mostrelor cu gheață uscată.
Fluxul de lucru al serviciului
Livrare mostre
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Include următoarea analiză:
●Controlul calității datelor brute
●Clustering OTU/De-zgomot (ASV)
●Adnotare OTU
●Analiza diversității alfa: indici multipli, inclusiv Shannon, Simpson și ACE.
●Analiza diversităţii beta
●Analiza inter-grup
●Analiza corelației: între factorii de mediu și compoziția și diversitatea OUT
●Predicția genei funcționale 16S
Histograma distribuției taxonomice
Arborele filogenetic de distribuție comunitară
Analiza diversităţii alfa: ACE
index
Analiza diversităţii beta: PCoA
Analiza intergrup: ANOVA
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere a ampliconilor BMKGene cu PacBio printr-o colecție de publicații organizată.
Gao, X. și Wang, H. (2023) „Analiza comparativă a profilurilor și funcțiilor bacteriene din rumen în timpul adaptării la diferite fenologii (verde vs. ierboasă) la oaia alpină Merino cu două etape de creștere pe o luncă alpină”, fermentație, 9( 1), p. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. şi colab. (2023) „Capturarea materiei întunecate microbiene în solurile deșertului folosind metagenomică bazată pe culturomică și analiză de înaltă rezoluție”, npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. şi colab. (2022) „Efectele sărurilor de acizi grași asupra caracteristicilor de fermentație, diversității bacteriene și stabilității aerobe a silozului mixt preparat cu lucernă, paie de orez și tărâțe de grâu”, Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. şi colab. (2023) „Interacțiunea dintre biomarkerii stresului oxidativ și microbiota intestinală în efectele antioxidante ale extractelor din Sonchus brachyotus DC. în Stresul oxidativ intestinal indus de oxazolon la peștii zebra adulți, Antioxidants 2023, voi. 12, pag. 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
