16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Caracteristici de serviciu
● Platformă de secvențiere: Illumina NovaSeq.
● Amplificarea regiunilor scurte de 16S, 18S și ITS, printre alte ținte de amplificare.
● Alegeri flexibile de amplicon.
● Experiență anterioară în proiect cu mai multe ținte de amplificare.
Avantajele serviciului
●Fără izolare:Identificarea rapidă a compoziției microbiene în probele de mediu.
●Rezoluție înaltă: În componente cu abundență scăzută în probele de mediu.
●Aplicabil pe scară largă: Diverse studii asupra comunității microbiene.
●Analiză bioinformatică cuprinzătoare: Cel mai recent pachet QIIME2 (perspectivă cantitativă asupra ecologiei microbiene) cu diverse analize în ceea ce privește baza de date, adnotare, OTU/ASV.
●Expertiza extinsa: Cu 150 de mii de proiecte de secvențiere a ampliconilor derulate anual, BMKGENE aduce peste un deceniu de experiență, o echipă de analiză foarte calificată, conținut cuprinzător și asistență post-vânzare excelentă.
Specificații de service
| Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate |
| Amplicon | Illumina PE250 | Etichete 50/100/300K (Citiți perechi) |
Cerințe de service
| Concentrație (ng/µL) | Suma totală (ng) | Volumul (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Sol/nămol: 1-2g
● Continut intestinal-animal: 0,5-2g
● Continutul intestinal-insecta: 0,1-0,25g
● Suprafața plantei (sediment îmbogățit): 0,1-0,5g
● Sediment îmbogățit cu bulion de fermentație): 0,1-0,5g
● Fecale (animale mari): 0,5-2g
● Fecale (șoarece): 3-5 boabe
● Lichid de lavaj alveolar pulmonar: hârtie de filtru
● Tampoane vaginale: 5-6 tampoane
● Tampoane de piele/genital/salivă/țesut moale oral/tampoane faringiene/tampoane rectale: 2-3 tampoane
● Microorganisme de suprafață: hârtie de filtru
● Corp de apă/aer/biofilm: hârtie de filtru
● Endofite: 1-2g
● Placa dentara: 0,5-1g
Fluxul de lucru al serviciului
Livrare mostre
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Servicii post-vânzare
Include următoarea analiză:
- Controlul calității datelor brute
- Clustering OTU /De-noise (ASV)
- adnotare OTU
- Analiza diversității alfa: indici multipli, inclusiv Shannon, Simpson și ACE.
- Analiza diversităţii beta
- Analiza inter-grup
- Analiza corelației: între factorii de mediu și compoziția și diversitatea OUT
- Predicția genei funcționale 16S
Histograma distribuției taxonomice
abundența taxonomică clustering harta căldurii
Analiza diversității alfa: curba de rarefacție
analiza diversităţii beta: NMDS
Analiza intergrup: descoperirea biomarkerului LEFSE
Explorați progresele facilitate de serviciile de secvențiere a ampliconilor BMKGene cu Illumina printr-o colecție curată de publicații.
Dong, C. şi colab. (2022) „Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia ulmoides”, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. şi colab. (2023) „Transplant de consorții bacteriene sintetice pentru tratamentul vaginozei bacteriene induse de Gardnerella vaginalis la șoareci”, Microbiome, 11 (1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. și Liu, H. (2022) „Microbiomi de praf de aer colectați în timpul experimentului de susținere a vieții bioregenerative închise la sol „Lunar Palace 365””, Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. şi colab. (2022) „Abundența dependentă de materiile prime de gene funcționale legate de pierderea controlată de azot în transformarea azotului în compost”, Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
