10x Genomică Visium Transcriptom spațial
Schema tehnică
Caracteristici
● Rezoluție: 100 um
● diametrul spotului: 55 µm
● Număr de locuri: 4992
● Zona de captare: 6,5 x 6,5 mm
● Fiecare loc cu coduri de bare este încărcat cu primer compus din 4 secțiuni:
- coadă poli (dT) pentru amorsarea ARNm și sinteza ADNc
- Identificator molecular unic (UMI) pentru a corecta prejudecățile de amplificare
- Cod de bare spațial
- Secvența de legare a primerului de secvențiere parțial de citire 1
● Colorarea H&E a secțiunilor
Avantaje
●Serviciu unic: integrează toate etapele de experiență și bazate pe abilități, incluzând secțiunea crio-secțiune, colorarea, optimizarea țesuturilor, codarea de bare spațială, pregătirea bibliotecii, secvențiere și bioinformatică.
● Echipa tehnică cu înaltă calificare: cu experiență în peste 250 de tipuri de țesut și peste 100 de specii, inclusiv om, șoarece, mamifere, pește și plante.
●Actualizare în timp real pe întregul proiect: cu controlul deplin al progresului experimental.
●Bioinformatică standard cuprinzătoare:Pachetul include 29 de analize și 100+ cifre de înaltă calitate.
●Analiza și vizualizarea datelor personalizate: Disponibil pentru diferite solicitări de cercetare.
●Analiză comună opțională cu secvențiere ARNm cu o singură celulă
Specificații
| Cerințe de eșantion | Bibliotecă | Strategia de secvențiere | Date recomandate | Controlul calității |
| Eșantioane de criote încorporate în OCT (Diametru optim: aprox. 6x6x6 mm³) 2 blocuri pe probă | Biblioteca ADNc Visium 10x | Illumina PE150 | 50k PE citi pe loc (60 GB) | Rin> 7 |
Pentru mai multe detalii despre orientările de pregătire a eșantionului și fluxul de lucru al serviciilor, vă rugăm să nu ezitați să discutați cu unExpert BMKGENE
Flux de lucru al serviciului
În faza de preparare a eșantionului, se efectuează un studiu inițial de extracție ARN în vrac pentru a se asigura că se poate obține un ARN de înaltă calitate. În stadiul de optimizare a țesuturilor, secțiunile sunt colorate și vizualizate, iar condițiile de permeabilizare pentru eliberarea de ARNm din țesut sunt optimizate. Protocolul optimizat este apoi aplicat în timpul construcției bibliotecii, urmat de secvențiere și analiza datelor.
Fluxul complet de lucru al serviciului implică actualizări în timp real și confirmări ale clienților pentru a menține o buclă de feedback receptivă, asigurând o execuție lină a proiectului.
Include următoarea analiză:
Controlul calității datelor:
o Rezultatul datelor și distribuția scorului de calitate
o Detectarea genelor pe loc
O acoperire a țesuturilor
Analiza probei interioare:
O bogăția genelor
o Clustering la fața locului, incluzând o analiză redusă a dimensiunilor
o Analiza expresiei diferențiale între clustere: identificarea genelor marker
o Adnotarea funcțională și îmbogățirea genelor marker
Analiza inter-grupului
o Re-combinația petelor din ambele probe (de exemplu, bolnave și control) și re-cluster
o Identificarea genelor marker pentru fiecare cluster
o Adnotarea funcțională și îmbogățirea genelor marker
o Expresie diferențială a aceluiași cluster între grupuri
Analiza probei interioare
Spot Clustering
Identificarea genelor marker și distribuția spațială
Analiza inter-grupului
Combinație de date din ambele grupuri și re-cluster
Genele marker de noi clustere
Explorați avansările facilitate de serviciul de transcriptomică spațială BMKGENE de 10x Visium în aceste publicații prezentate:
Chen, D. și colab. (2023) 'MTHL1, un potențial omolog Drosophila a GPCR -urilor de adeziune a mamiferelor, este implicat în reacții antitumorale la celulele oncogene injectate în muște',Procesul Academiei Naționale de Științe din Statele Unite ale Americii, 120 (30), p. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. și colab. (2023) „Oțelul permite delimitarea de înaltă rezoluție a datelor transcriptomice spatiotemporale”,Briefings în bioinformatică, 24 (2), pp. 1-10. doi: 10.1093/bib/bbad068.
Liu, C. și colab. (2022) „Un atlas spatiotemporal al organogenezei în dezvoltarea florilor de orhidee”,Cercetarea acizilor nucleici, 50 (17), p. 9724–9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. și colab. (2023) „Integrarea transcriptomicii spațiale și secvențierea ARN cu un singur nucleu dezvăluie potențialele strategii terapeutice pentru leiomomul uterin”,Jurnalul internațional de științe biologice, 19 (8), p. 2515–2530. doi: 10.7150/ijbs.83510.
