Seqüenciamento de fragmento amplificado de loco específico (SLAF-seq)
Fluxo de trabalho
Esquema técnico
Recursos de serviço
● Sequenciação no Novaseq com PE150.
● Preparação da biblioteca com código de barras duplo, permitindo o pool de mais de 1000 amostras.
● Essa técnica pode ser usada com ou sem um genoma de referência, com diferentes pipelines bioinformáticos para cada caso:
Com genoma de referência: SNP e Indel Discovery
Sem referência Genoma: Amostra Clustering e SNP Discovery
● Noem silicoAs combinações de enzimas de restrição múltipla em estágio pré-design são rastreadas para encontrar as que geram uma distribuição uniforme de tags de SLAF ao longo do genoma.
● Durante o pré-experimento, três combinações de enzimas são testadas em 3 amostras para gerar 9 bibliotecas de SLAF, e essas informações são usadas para escolher a combinação ideal de enzimas de restrição para o projeto.
Vantagens de serviço
●Alta descoberta de marcadores genéticos: A integração de um sistema de código de barras duplo de alto rendimento permite o sequenciamento simultâneo de grandes populações, e a amplificação específica do locus aumenta a eficiência, garantindo que os números de tags atendam aos diversos requisitos de várias questões de pesquisa.
● Baixa dependência do genoma: Pode ser aplicado a espécies com ou sem um genoma de referência.
●Design de esquema flexível:: Digestão de enzima única, dupla enzima, digestão multi-enzima e vários tipos de enzimas podem ser selecionados para atender a diferentes metas ou espécies de pesquisa. Oem silicoO pré-design é realizado para garantir um design ideal de enzimas.
● Alta eficiência na digestão enzimática: A condução de umem silicoO pré-design e um pré-experimentação garantiram o design ideal com distribuição uniforme de tags de SLAF no cromossomo (1 tag SLAF/4KB) e sequência repetitiva reduzida (<5%).
●Extensa experiência: Nossa equipe traz uma vasta experiência a todos os projetos, com um histórico de fechamento de mais de 5000 projetos SLAF-seq em centenas de espécies, incluindo plantas, mamíferos, pássaros, insetos e organismos aquáticos.
● Fluxo de trabalho bioinformático auto-desenvolvido: O BMKGENE desenvolveu um fluxo de trabalho bioinformático integrado para SLAF-seq para garantir a confiabilidade e a precisão da saída final.
Especificações de serviço
| Tipo de análise | Escala populacional recomendada | Estratégia de sequenciamento | |
| Profundidade do sequenciamento de tags | Número da etiqueta | ||
| Mapas genéticos | 2 pais e> 150 filhos | Pais: 20x WGs Offsping: 10x | Tamanho do genoma: <400 MB: WGS é recomendado <1 GB: tags 100k 1-2 GB :: 200k Tags > 2GB: tags 300k Tags máximas de 500k |
| Estudos de associação em todo o genoma (GWAS) | ≥200 amostras | 10x | |
| Evolução genética | ≥30 amostras, com> 10 amostras de cada subgrupo | 10x | |
Requisitos de serviço
Concentração ≥ 5 ng/µl
Quantidade total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2.5
Gel de agarose: sem degradação ou contaminação limitada
Entrega de amostra recomendada
Contêiner: 2 ml de tubo de centrífuga
(Para a maioria das amostras, recomendamos não preservar em etanol)
Rotulagem de amostra: as amostras precisam ser claramente rotuladas e idênticas ao formulário de informações de amostra enviadas.
Remessa: gelo seco: as amostras precisam ser embaladas em sacos primeiro e enterradas em gelo seco.
Fluxo de trabalho de serviço
Amostra QC
Experimento piloto
Experimento Slaf
Preparação da biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Inclui a seguinte análise:
- Dados de sequenciamento QC
- Desenvolvimento de tags SLAF
Mapeamento para referência ao genoma
Sem um genoma de referência: agrupamento
- Análise de tags de SLAF.: Estatísticas, distribuição em todo o genoma
- Descoberta de marcador: SNP, Indel, SNV, CV em chamadas e anotação
Distribuição de tags de SLAF nos cromossomos:
Distribuição de SNPs em cromossomos:
Anotação do SNP
| Ano | Jornal | IF | Título | Aplicações |
| 2022 | Comunicações da natureza | 17.694 | Base genômica dos giga-cromossomos e giga-genoma da peônia da árvore Paeonia ostii | Slaf-Gwas |
| 2015 | Novo fitologista | 7.433 | Pegadas de domesticação ancoram regiões genômicas de importância agronômica em soja | Slaf-Gwas |
| 2022 | Jornal de Pesquisa Avançada | 12.822 | Introgressões artificiais em todo o genoma de Gossypium Barbadense em G. hirsutum revelar locos superiores para melhoria simultânea da qualidade e rendimento da fibra de algodão características | Genética evolutiva do SLAF |
| 2019 | Planta molecular | 10.81 | A análise genômica populacional e a Assembléia de Novo revelam a origem do Weedy Arroz como um jogo evolutivo | Genética evolutiva do SLAF |
| 2019 | Genética da natureza | 31.616 | Sequência do genoma e diversidade genética da carpa comum, Cyprinus carpio | Mapa de link de Slaf |
| 2014 | Genética da natureza | 25.455 | O genoma do amendoim cultivado fornece informações sobre cariotipos de leguminosas, poliploid Evolução e domesticação de culturas. | Mapa de link de Slaf |
| 2022 | Jornal de biotecnologia de plantas | 9.803 | A identificação de ST1 revela uma seleção envolvendo carona da morfologia das sementes e teor de petróleo durante a domesticação de soja | Desenvolvimento Slaf-Marker |
| 2022 | Jornal Internacional de Ciências Moleculares | 6.208 | Identificação e desenvolvimento de marcadores de DNA para um Mollis de trigo e leimas (2d) Substituição cromossômica disômica | Desenvolvimento Slaf-Marker |
| Ano | Jornal | IF | Título | Aplicações |
| 2023 | Fronteiras na Ciência Planta | 6.735 | Mapeamento QTL e análise de transcriptoma do teor de açúcar durante o amadurecimento de frutas de pirus pyrifolia | Mapa genético |
| 2022 | Jornal de biotecnologia de plantas | 8.154 | A identificação do ST1 revela uma seleção envolvendo carona da morfologia das sementes e do teor de petróleo durante a domesticação da soja
| Chamada SNP |
| 2022 | Fronteiras na Ciência Planta | 6.623 | O mapeamento da associação em todo o genoma de fenótipos maldosos no ambiente de seca.
| GWAS |
