Sequenciamento de Bissulfito de Representação Reduzida (RRBS)
O sequenciamento de bissulfito de representação reduzida (RRBS) emergiu como uma alternativa econômica e eficiente ao sequenciamento de bissulfito do genoma completo (WGBS) na pesquisa de metilação do DNA. Embora o WGBS forneça insights abrangentes ao examinar todo o genoma em resolução de base única, seu alto custo pode ser um fator limitante. A RRBS mitiga estrategicamente esse desafio analisando seletivamente uma porção representativa do genoma. Esta metodologia baseia-se no enriquecimento de regiões ricas em ilhas CpG por clivagem MspI seguida de seleção de tamanho de fragmentos de 200-500/600 bps. Consequentemente, apenas as regiões proximais às ilhas CpG são sequenciadas, enquanto aquelas com ilhas CpG distantes são excluídas da análise. Este processo, combinado com o sequenciamento de bissulfito, permite a detecção de alta resolução da metilação do DNA, e a abordagem de sequenciamento, PE150, concentra-se especificamente nas extremidades das inserções e não no meio, aumentando a eficiência do perfil de metilação. O RRBS é uma ferramenta inestimável que permite pesquisas econômicas sobre metilação do DNA e avança no conhecimento dos mecanismos epigenéticos.
Recursos de serviço
● Requer um genoma de referência.
● Lambda DNA é usado para monitorar a eficiência de conversão de bissulfito.
● A eficiência da digestão MspI também é monitorada.
● Digestão enzimática dupla para amostras de plantas.
● Sequenciamento no Illumina NovaSeq.
Vantagens do serviço
●Alternativa econômica e eficiente ao WGBS: possibilitando que a análise seja realizada com menor custo e com menor necessidade de amostra.
●Plataforma Completa:fornecer excelente serviço completo, desde processamento de amostras, construção de biblioteca e sequenciamento até análise de bioinformática.
●Ampla experiência: com projetos de sequenciamento de RRBS concluídos com sucesso em uma ampla gama de espécies, a BMKGENE traz mais de uma década de experiência, uma equipe de análise altamente qualificada, conteúdo abrangente e excelente suporte pós-venda.
Especificações de serviço
| Biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Saída de dados recomendada | Controle de qualidade |
| Biblioteca digerida com MspI e tratada com bissulfito | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Conversão de bissulfito > 99% Eficiência de corte MspI > 95% |
Requisitos de amostra
| Concentração (ng/µL) | Quantidade total (µg) |
| |
| DNA genômico | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradação ou contaminação limitada |
Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Inclui a seguinte análise:
● Controle de qualidade do sequenciamento bruto;
● Mapeamento para genoma de referência;
● Detecção de bases metiladas 5mC e identificação de motivos;
● Análise de distribuição de metilação e comparação de amostras;
● Análise de Regiões Diferencialmente Metiladas (DMRs);
● Anotação funcional de genes associados a DMRs.
Controle de qualidade: eficiência da digestão (no mapeamento do genoma)
Controle de qualidade: conversão de bissulfito (na extração de informações de metilação)
Mapa de metilação: distribuição genômica de metilação de 5mC
Comparação de amostras: Análise de Componentes Principais
Análise de regiões diferencialmente metiladas (DMRs): mapa de calor
Explore os avanços da pesquisa facilitados pelos serviços de sequenciamento de bissulfito do genoma completo da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.
Li, Z. et al. (2022) 'Reprogramação de alta fidelidade em células semelhantes a Leydig por ativação CRISPR e fatores parácrinos',Nexus do PNAS, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Análise de metilação do DNA em todo o genoma da composição corporal em gêmeos monozigóticos chineses',Jornal Europeu de Investigação Clínica, 53(11), pág. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Metilação do DNA e relação cintura-quadril: um estudo de associação de todo o epigenoma em gêmeos monozigóticos chineses',Revista de Investigação Endocrinológica, 45(12), pp. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
