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BMKMANU S3000_Transscriptoma Espacial
A transcriptômica espacial está na vanguarda da inovação científica, capacitando os pesquisadores a mergulhar em intrincados padrões de expressão gênica dentro dos tecidos, preservando seu contexto espacial. Em meio a diversas plataformas, a BMKGene desenvolveu o Chip Transcriptoma Espacial BMKManu S3000, com resolução aprimorada de 3,5 µm, atingindo a faixa subcelular e permitindo configurações de resolução em vários níveis. O chip S3000, com aproximadamente 4 milhões de pontos, emprega micropoços revestidos com esferas carregadas com sondas de captura com código de barras espacial. Uma biblioteca de cDNA, enriquecida com códigos de barras espaciais, é preparada a partir do chip S3000 e posteriormente sequenciada na plataforma Illumina NovaSeq. A combinação de amostras com códigos de barras espaciais e UMIs garante a precisão e especificidade dos dados gerados. O chip BMKManu S3000 é extremamente versátil, oferecendo configurações de resolução de vários níveis que podem ser ajustadas para diferentes tecidos e níveis de detalhe desejados. Essa adaptabilidade posiciona o chip como uma excelente escolha para diversos estudos de transcriptômica espacial, garantindo agrupamento espacial preciso com ruído mínimo. O uso da tecnologia de segmentação celular com BMKManu S3000 permite a delimitação dos dados transcricionais até os limites das células, resultando em uma análise que tem significado biológico direto. Além disso, a resolução melhorada do S3000 resulta num maior número de genes e UMIs detectados por célula, permitindo uma análise muito mais precisa dos padrões de transcrição espacial e agrupamento de células.
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Sequenciamento de RNA de núcleo único
O desenvolvimento de técnicas de captura unicelular e construção de bibliotecas personalizadas, juntamente com sequenciamento de alto rendimento, revolucionou os estudos de expressão gênica em nível celular. Este avanço permite uma análise mais profunda e abrangente de populações celulares complexas, superando as limitações associadas à média da expressão gênica em todas as células e preservando a verdadeira heterogeneidade dentro dessas populações. Embora o sequenciamento de RNA unicelular (scRNA-seq) tenha vantagens inegáveis, ele encontra desafios em certos tecidos onde a criação de uma suspensão unicelular se mostra difícil e requer amostras frescas. Na BMKGene, enfrentamos esse obstáculo oferecendo sequenciamento de RNA de núcleo único (snRNA-seq) usando a tecnologia de ponta 10X Genomics Chromium. Esta abordagem amplia o espectro de amostras passíveis de análise do transcriptoma no nível unicelular.
O isolamento dos núcleos é realizado através do inovador chip 10X Genomics Chromium, apresentando um sistema microfluídico de oito canais com cruzamentos duplos. Dentro deste sistema, esferas de gel incorporando códigos de barras, primers, enzimas e um único núcleo são encapsuladas em gotas de óleo do tamanho de nanolitros, formando Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Após a formação do GEM, a lise celular e a liberação do código de barras ocorrem dentro de cada GEM. Posteriormente, as moléculas de mRNA passam por transcrição reversa em cDNAs, incorporando códigos de barras 10X e identificadores moleculares únicos (UMIs). Esses cDNAs são então submetidos à construção de uma biblioteca de sequenciamento padrão, facilitando uma exploração robusta e abrangente de perfis de expressão gênica no nível unicelular.
Plataforma: 10× Genomics Chromium e plataforma Illumina NovaSeq
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10x Transcriptoma Espacial Visium Genomics
A transcriptômica espacial é uma tecnologia de ponta que permite aos pesquisadores investigar padrões de expressão gênica dentro dos tecidos, preservando seu contexto espacial. Uma plataforma poderosa neste domínio é o 10x Genomics Visium acoplado ao sequenciamento Illumina. O princípio do 10X Visium reside em um chip especializado com uma área de captura designada onde as seções de tecido são colocadas. Esta área de captura contém pontos com código de barras, cada um correspondendo a uma localização espacial única dentro do tecido. As moléculas de RNA capturadas do tecido são então rotuladas com identificadores moleculares únicos (UMIs) durante o processo de transcrição reversa. Esses pontos com código de barras e UMIs permitem mapeamento espacial preciso e quantificação da expressão gênica em resolução unicelular. A combinação de amostras com códigos de barras espaciais e UMIs garante a precisão e especificidade dos dados gerados. Ao usar esta tecnologia de Transcriptômica Espacial, os pesquisadores podem obter uma compreensão mais profunda da organização espacial das células e das complexas interações moleculares que ocorrem dentro dos tecidos, oferecendo informações valiosas sobre os mecanismos subjacentes aos processos biológicos em vários campos, incluindo oncologia, neurociência, biologia do desenvolvimento, imunologia. e estudos botânicos.
Plataforma: 10X Genomics Visium e Illumina NovaSeq
