Sequenciamento de genoma inteiro de plantas/animais
Recursos de serviço
● A preparação da biblioteca pode ser padrão ou sem PCR
● Disponível em 4 plataformas de sequenciamento: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ou Pacbio Revrio.
● Análise bioinformática focada na detecção de variantes: SNP, Indel, SV e CNV
Vantagens de serviço
●Extensos conhecimentos e registros de publicação: A experiência acumulada no sequenciamento do genoma para mais de 1000 espécies resultou em mais de 1000 casos publicados com um fator de impacto cumulativo acima de 5000.
●Análise abrangente de bioinformática: Incluindo chamadas de variação e anotação de funções.
● Suporte pós-venda:Nosso compromisso se estende além da conclusão do projeto com um período de serviço pós-venda de três meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência de solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para abordar quaisquer consultas relacionadas aos resultados.
●Anotação abrangente: Usamos vários bancos de dados para anotar funcionalmente os genes com variações identificadas e executar a análise de enriquecimento correspondente, fornecendo informações sobre vários projetos de pesquisa.
Especificações de serviço
| Variantes a serem identificadas | Estratégia de sequenciamento | Profundidade recomendada |
| SNP e Indel | Illumina Novaseq PE150 ou mgi t7 | 10x |
| SV e CNV (menos precisos) | 30x | |
| SV e CNV (mais precisos) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, indels, SV e CNV | Pacbio Revio | 10x |
Requisitos de amostra
| Tecidos ou ácidos nucleicos extraídos | Ilumina/mgi | Nanoporo | Pacbio
| ||
| Vísceras de animais | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Músculo animal | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sangue de mamíferos | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Blood de aves/peixes | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plant- folha fresca | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Células cultivadas |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Tecido moles/indivíduo do inseto | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA extraído
| Concentração: ≥ 1 ng/ µl Quantidade: ≥ 30 ng Limitada ou sem degradação ou contaminação
| Concentração Quantia
OD260/280
OD260/230
Limitada ou sem degradação ou contaminação
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/célula de fluxo/amostra
1.7-2.2
≥1,5 | Concentração Quantia
OD260/280
OD260/230
Limitada ou sem degradação ou contaminação | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/célula de fluxo/amostra
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Preparação da biblioteca sem PCR: Concentração ≥ 40 ng/ µl Valor 500 ng | |||||
Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Extração de DNA
Construção da biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Entrega de dados
Inclui a seguinte análise:
- Controle de qualidade de dados brutos
- Estatísticas de alinhamento ao genoma de referência
- Identificação variante: SNP, Indel, SV e CNV
- Anotação funcional de variantes
Estatística de alinhamento ao genoma de referência - distribuição de profundidade de seqüenciamento
Chamada SNP entre várias amostras
Identificação do Indel-Estatísticas do comprimento do Indel na região do CDS e na região em todo o genoma
Distribuição da variante em todo o genoma - enredo cirúrgico
Anotação funcional de genes com variantes identificadas - ontologia genética
Chai, Q. et al. (2023) 'A Glutationa S -Transferase GHTT19 determina a pigmentação da pétala de flores por meio da regulação do acúmulo de antocianina em algodão', Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Genoma de Hevea Brasiliensis no nível do cromossomo fornece novas ferramentas para reprodução assistida genômica e locos valiosos para elevar o rendimento de borracha', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), pp. 1058-1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genoma da ostra estuarina fornece insights sobre o impacto climático e a plasticidade adaptativa', Biologia de Comunicações 2021 4: 1, 4 (1), pp. 1-12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'A análise das alterações do genoma e da metilação nas galinhas indígenas chinesas ao longo do tempo fornece informações sobre a conservação de espécies', Communications Biology, 5 (1), pp. 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
