Pacbio Transcriptoma completo

O seqüenciamento de transcriptoma de comprimento total do Pacbio, IsoSeq, permite a identificação precisa das isoformas da transcrição, lançando luz sobre poliadenilação e splicing alternativos e levando a uma análise de expressão gênica mais precisa. O pipeline de transcriptoma BMKCloud Pacbio foi projetado para analisar as bibliotecas de cDNA sequenciadas no modo de sequenciamento de consenso circular (CCS) e identifica sequências não quiméricas (FLNC) completas, que são então agrupadas em transcrições não redundantes. Uma análise subsequente do BUSCO avalia a integridade da montagem do transcriptoma. A partir do transcriptoma montado, são realizadas várias análises: splicing alternativo, repetição de sequência simples (SSR), previsão de lncRNA e genes alvo correspondentes, previsão de novos genes, análise familiar de genes, análise fatorial de transcrição e anotação funcional de transcritos.