● Desenho do estudo:
Amostra agrupada sequenciada com PacBio para identificar isoformas transcritas
Amostras separadas (réplicas e condições a serem testadas) sequenciadas comNGS para quantificar a expressão transcrita
● Sequenciamento PacBio no modo CCS, gerando leituras HiFi
● Sequenciamento das transcrições completas
● A análise não necessita de um genoma de referência; no entanto, pode ser empregado
● A análise bioinformática inclui não apenas a expressão em nível de gene e isoforma, mas também a análise de lncRNA, fusões de genes, poliadenilação e estrutura genética
● Alta Precisão: Leituras HiFi com precisão >99,9% (Q30), comparável a NGS
● Análise de emenda alternativa: o sequenciamento de todas as transcrições permite a identificação e caracterização de isoformas.
● Combinação dos pontos fortes do PacBio e NGS: possibilitando a quantificação da expressão no nível da isoforma, revelando alterações que podem ser mascaradas ao analisar toda a expressão gênica
● Ampla experiência: com um histórico de conclusão de mais de 1.100 projetos completos de transcriptoma PacBio e processamento de mais de 2.300 amostras, nossa equipe traz uma vasta experiência para cada projeto.
● Suporte pós-venda: nosso compromisso vai além da conclusão do projeto com um período de serviço pós-venda de 3 meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.
Biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Dados recomendados | Controle de qualidade |
Biblioteca CCS de mRNA enriquecida com PolyA | Sequela II do PacBio PacBio Revisão | 20/40 GB 5/10MCCS | Q30≥85% |
Poli A enriquecido | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | Quantidade (μg) | Pureza | Integridade |
Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminação limitada ou inexistente de proteínas ou DNA mostrada no gel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animais: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevação limitada ou nenhuma elevação da linha de base |
Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminação limitada ou inexistente de proteínas ou DNA mostrada no gel. | Plantas: RIN≥7,5 Animais: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevação limitada ou nenhuma elevação da linha de base |
Entrega de amostra recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (folha de estanho não é recomendada)
Rotulagem da amostra: Grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expedição:
1. Gelo seco:As amostras precisam ser embaladas em sacos e enterradas em gelo seco.
2. Tubos RNAstable: As amostras de RNA podem ser secas em tubo de estabilização de RNA (por exemplo, RNAstable®) e enviadas em temperatura ambiente.
Inclui a seguinte análise:
Controle de qualidade de dados brutos
Análise Alternativa de Poliadenilação (APA)
Análise de transcrição de fusão
Análise de Emenda Alternativa
Análise comparativa de ortólogos universais de cópia única (BUSCO)
Nova análise de transcrição: previsão de sequências de codificação (CDS) e anotação funcional
Análise de lncRNA: previsão de lncRNA e alvos
Identificação de Microsatélites (SSR)
Análise de transcrições expressas diferencialmente (DETs)
Análise de genes diferencialmente expressos (DEGs)
Anotação funcional de DEGs e DETs
Análise BUSCO
Análise de Emenda Alternativa
Análise Alternativa de Poliadenilação (APA)
Genes Diferencialmente Expressos (DEGs) e Transcrições (DETs9 anlaysis
Redes de interação proteína-proteína de DETs e DEGs
Explore os avanços facilitados pelo sequenciamento completo de mRNA PacBio 2+3 da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.
Chao, Q. et al. (2019) 'A dinâmica de desenvolvimento do transcriptoma do caule de Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Mudanças dinâmicas no conteúdo de ácido ascórbico durante o desenvolvimento e amadurecimento dos frutos de Actinidia latifolia (uma cultura de frutas rica em ascorbato) e os mecanismos moleculares associados', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Previsão eficaz de genes da via biossintética envolvidos em polifilinas bioativas em Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Análise combinada de PacBio Iso-Seq e Illumina RNA-Seq dos genes Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptoma e Citocromo P450', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTOS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Um levantamento da complexidade do transcriptoma usando análise em tempo real de molécula única PacBio combinada com sequenciamento de RNA Illumina para uma melhor compreensão da biossíntese de ácido ricinoléico em Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURAS/7.