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Solução completa de mRNA PacBio 2+3

Embora o sequenciamento de mRNA baseado em NGS seja uma ferramenta versátil para quantificar a expressão gênica, sua dependência de leituras curtas restringe sua eficácia em análises transcriptômicas complexas. Por outro lado, o sequenciamento PacBio (Iso-Seq) emprega tecnologia de leitura longa, permitindo o sequenciamento de transcrições completas de mRNA. Esta abordagem facilita uma exploração abrangente de splicing alternativo, fusões genéticas e poliadenilação, embora não seja a principal escolha para quantificação da expressão genética. A combinação 2+3 preenche a lacuna entre Illumina e PacBio, contando com leituras PacBio HiFi para identificar o conjunto completo de isoformas transcritas e sequenciamento NGS para quantificar as isoformas idênticas.

Plataformas: PacBio Sequel II/ PacBio Revio e Illumina NovaSeq;


Detalhes do serviço

Fluxo de trabalho de análise bioinformática

Resultados de demonstração

Publicações em destaque

Características

● Desenho do estudo:

Amostra agrupada sequenciada com PacBio para identificar isoformas transcritas
Amostras separadas (réplicas e condições a serem testadas) sequenciadas comNGS para quantificar a expressão transcrita

● Sequenciamento PacBio no modo CCS, gerando leituras HiFi
● Sequenciamento das transcrições completas
● A análise não necessita de um genoma de referência; no entanto, pode ser empregado
● A análise bioinformática inclui não apenas a expressão em nível de gene e isoforma, mas também a análise de lncRNA, fusões de genes, poliadenilação e estrutura genética

Vantagens

● Alta Precisão: Leituras HiFi com precisão >99,9% (Q30), comparável a NGS
● Análise de emenda alternativa: o sequenciamento de todas as transcrições permite a identificação e caracterização de isoformas.
● Combinação dos pontos fortes do PacBio e NGS: possibilitando a quantificação da expressão no nível da isoforma, revelando alterações que podem ser mascaradas ao analisar toda a expressão gênica
● Ampla experiência: com um histórico de conclusão de mais de 1.100 projetos completos de transcriptoma PacBio e processamento de mais de 2.300 amostras, nossa equipe traz uma vasta experiência para cada projeto.
● Suporte pós-venda: nosso compromisso vai além da conclusão do projeto com um período de serviço pós-venda de 3 meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.

Requisitos de amostra e entrega

Biblioteca

Estratégia de sequenciamento

Dados recomendados

Controle de qualidade

Biblioteca CCS de mRNA enriquecida com PolyA

Sequela II do PacBio

PacBio Revisão

20/40 GB

5/10MCCS

Q30≥85%

Poli A enriquecido

Illumina PE150

6-10 GB

Q30≥85%

Nucleotídeos

 

Conc.(ng/μl)

Quantidade (μg)

Pureza

Integridade

Biblioteca Illumina

≥ 10

≥ 0,2

DO260/280=1,7-2,5

DO260/230=0,5-2,5

Contaminação limitada ou inexistente de proteínas ou DNA mostrada no gel.

Para plantas: RIN≥4,0;

Para animais: RIN≥4,5;

5,0≥28S/18S≥1,0;

elevação limitada ou nenhuma elevação da linha de base

Biblioteca PacBio

≥ 100

≥ 1,0

DO260/280=1,7-2,5

DO260/230=0,5-2,5

Contaminação limitada ou inexistente de proteínas ou DNA mostrada no gel.

Plantas: RIN≥7,5

Animais: RIN≥8,0

5,0≥28S/18S≥1,0;

elevação limitada ou nenhuma elevação da linha de base

Entrega de amostra recomendada

Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (folha de estanho não é recomendada)

Rotulagem da amostra: Grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Expedição:

1. Gelo seco:As amostras precisam ser embaladas em sacos e enterradas em gelo seco.

2. Tubos RNAstable: As amostras de RNA podem ser secas em tubo de estabilização de RNA (por exemplo, RNAstable®) e enviadas em temperatura ambiente.


  • Anterior:
  • Próximo:

  • vcb-1

    Inclui a seguinte análise:
    Controle de qualidade de dados brutos
    Análise Alternativa de Poliadenilação (APA)
    Análise de transcrição de fusão
    Análise de Emenda Alternativa
    Análise comparativa de ortólogos universais de cópia única (BUSCO)
    Nova análise de transcrição: previsão de sequências de codificação (CDS) e anotação funcional
    Análise de lncRNA: previsão de lncRNA e alvos
    Identificação de Microsatélites (SSR)
    Análise de transcrições expressas diferencialmente (DETs)
    Análise de genes diferencialmente expressos (DEGs)
    Anotação funcional de DEGs e DETs

    Análise BUSCO

     

    vcb-2

     

    Análise de Emenda Alternativa

    vcb-3

    Análise Alternativa de Poliadenilação (APA)

     

     

    vcb-4

     

    Genes Diferencialmente Expressos (DEGs) e Transcrições (DETs9 anlaysis

     

     

    vcb-5

     

    Redes de interação proteína-proteína de DETs e DEGs

     

    vcb-6

     

    Explore os avanços facilitados pelo sequenciamento completo de mRNA PacBio 2+3 da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.

    Chao, Q. et al. (2019) 'A dinâmica de desenvolvimento do transcriptoma do caule de Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. doi: 10.1111/PBI.12958.
    Deng, H. et al. (2022) 'Mudanças dinâmicas no conteúdo de ácido ascórbico durante o desenvolvimento e amadurecimento dos frutos de Actinidia latifolia (uma cultura de frutas rica em ascorbato) e os mecanismos moleculares associados', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
    Hua, X. et al. (2022) 'Previsão eficaz de genes da via biossintética envolvidos em polifilinas bioativas em Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
    Liu, M. et al. (2023) 'Análise combinada de PacBio Iso-Seq e Illumina RNA-Seq dos genes Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptoma e Citocromo P450', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTOS14040363/S1.
    Wang, Lijun et al. (2019) 'Um levantamento da complexidade do transcriptoma usando análise em tempo real de molécula única PacBio combinada com sequenciamento de RNA Illumina para uma melhor compreensão da biossíntese de ácido ricinoléico em Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURAS/7.

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