Sequenciamento de mRNA baseado em não referência-NGS
Características
● Captura de poli mRNA antes da preparação da biblioteca
● Independente de qualquer genoma de referência: baseado na montagem de novo de transcritos, gerando uma lista de unigenes que são anotados em vários bancos de dados (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Análise bioinformática abrangente da expressão gênica e estrutura transcrita
Vantagens do serviço
●Ampla experiência: com um histórico de processamento de mais de 600.000 amostras na BMKGENE, abrangendo diversos tipos de amostras, como culturas de células, tecidos e fluidos corporais, nossa equipe traz uma vasta experiência para cada projeto. Fechamos com sucesso mais de 100.000 projetos de mRNA-Seq em vários domínios de pesquisa.
●Rigoroso controle de qualidade: implementamos pontos de controle centrais em todas as etapas, desde a preparação de amostras e bibliotecas até sequenciamento e bioinformática. Esse monitoramento meticuloso garante a entrega de resultados consistentemente de alta qualidade.
● Anotação abrangente: usamos vários bancos de dados para anotar funcionalmente os genes expressos diferencialmente (DEGs) e realizar a análise de enriquecimento correspondente, fornecendo insights sobre os processos celulares e moleculares subjacentes à resposta do transcriptoma.
●Suporte pós-venda: nosso compromisso vai além da conclusão do projeto com um período de serviço pós-venda de 3 meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.
Requisitos de amostra e entrega
| Biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Dados recomendados | Controle de qualidade |
| Poli A enriquecido | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Requisitos de amostra:
Nucleotídeos:
| Conc.(ng/μl) | Quantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminação limitada ou inexistente de proteínas ou DNA mostrada no gel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animais: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevação limitada ou nenhuma elevação da linha de base |
● Plantas:
Raiz, Caule ou Pétala: 450 mg
Folha ou Semente: 300 mg
Fruta: 1,2g
● Animal:
Coração ou Intestino: 300 mg
Vísceras ou Cérebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Ossos, Cabelo ou Pele: 1g
● Artrópodes:
Insetos: 6g
Crustáceos: 300 mg
● Sangue total: 1 tubo
● Células: 106 células
Entrega de amostra recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (folha de estanho não é recomendada)
Rotulagem da amostra: Grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expedição:
1. Gelo seco: As amostras precisam ser embaladas em sacos e enterradas em gelo seco.
2. Tubos RNAstable: As amostras de RNA podem ser secas em tubo de estabilização de RNA (por exemplo, RNAstable®) e enviadas em temperatura ambiente.
Fluxo de trabalho de serviço
Projeto de experimento
Entrega de amostra
Extração de RNA
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Bioinformática
Montagem do transcriptoma e seleção unigênica
Anotação Unigene
Correlação de amostras e avaliação de réplicas biológicas
Genes Expressados Diferencialmente (DEGs)
Anotação Funcional de DEGs
Enriquecimento Funcional de DEGs
Explore os avanços facilitados pelos serviços de sequenciamento de mRNA NGS eucariótico da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.
Shen, F. et al. (2020) 'Montagem do transcriptoma de novo e expressão gênica com tendência sexual nas gônadas do bagre Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Análise do transcriptoma do metabolismo da sacarose durante o inchaço e desenvolvimento do bulbo em cebola (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (setembro), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Montagem de novo, caracterização e anotação para o transcriptoma de Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'A análise do transcriptoma de novo fornece insights sobre a tolerância ao sal de Podocarpus macrophyllus sob estresse salino', BMC Plant Biology, 21(1), pp. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURAS/9.
