mRNA-seq (NGS) com genoma de referência
RNA-seq é uma ferramenta padrão nas ciências da vida e das culturas, preenchendo a lacuna entre genomas e proteomas. A sua força reside na descoberta de novas transcrições e na quantificação da sua expressão num único ensaio. É amplamente utilizado para estudos transcriptômicos comparativos, lançando luz sobre genes relacionados a várias características ou fenótipos, como comparar mutantes com tipos selvagens ou revelar a expressão gênica sob condições específicas. O APP BMKCloud mRNA (Referência) integra quantificação de expressão, análise de expressão diferencial (DEG) e análises de estrutura de sequência no pipeline de bioinformática mRNA-seq (NGS) e combina os pontos fortes de software semelhante, garantindo conveniência e facilidade de uso. Os usuários podem enviar seus dados de RNA-seq para a nuvem, onde o aplicativo oferece uma solução de análise bioinformática abrangente e completa. Além disso, prioriza a experiência do cliente, oferecendo operações personalizadas e adaptadas às necessidades específicas dos usuários. Os usuários podem definir parâmetros e enviar a missão do pipeline por conta própria, verificar o relatório interativo, visualizar dados/diagramas e concluir a mineração de dados, como: seleção do gene alvo, agrupamento funcional, diagramação, etc.
Plataforma:Illumina, MG
Estratégia:RNA-Seq
Disposição: Dados parados e limpos.
Tipo de biblioteca:fr-unstrand, fr-firststrand ou fr-secondstrand
Comprimento de leitura:150 pb
Tipo de arquivo:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ou *.fq.gz. O sistema iráemparelhar automaticamente os arquivos .fastq de acordo com seus nomes de arquivo,por exemplo, *_1.fastq emparelhado com *._2.fastq.
Número de amostras:Não há restrições quanto ao númerode amostras, mas o tempo de análise aumentará à medida que o número deamostras crescem.
Quantidade de dados recomendada:6G por amostra