Evolução do genoma
Pnas
A origem evolutiva e a história de domesticação de Goldfish (Carassius Auratus)
Pacbio | Ilumina | Mapa do genoma de Bionano | Assembléia do genoma Hi-C | Mapa genético | Gwas | RNA-seq
Destaques
1. O genoma do peixe foi atualizado com uma versão de montagem de alta qualidade, ancorando 95,75% dos contigs em 50 pseudocromossomos (andaimes n50 = 31,84 MB). Dois subgenomas foram desembaraçados.
2. As regiões genômicas de varreduras seletivas durante a domesticação foram identificadas a partir do resequecimento dos dados de 201 indivíduos, divulgando mais de 390 genes candidatos que provavelmente estão associados a características de domesticação.
3.Gwas na barbatana dorsal em peixes dourados domesticados revelaram 378 genes candidatos que potencialmente associados. Um repórter da tirosina-proteína quinase foi identificado como um gene causal candidato associado à transparência
Fundo
Goldfish (Carassius Auratus) é um dos peixes de criação mais importantes, que foram domesticados da carpa cruciana na China antiga. Eles foram comentados por Charles Darwin como “passando por uma diversidade de cor quase infinita, encontramos as modificações mais extraordinárias da estrutura”. Características extremamente diversas e longa história de domesticação e criação tornam o Goldfish um excelente sistema de modelos genéticos para a fisiologia e a evolução dos peixes.
Realizações
Genoma de peixe dourado
JA análise da OINT dos dados de sequenciamento Pacbio e Illumina em pares de pares produz um conjunto inicial de 1,657 g (contig n50 = 474 kb). O mapa óptico de Bionano foi gerado e corrigiu a montagem em 1,73 GB de tamanho (tamanho estimado do genoma: 1,8 GB). A assembléia baseada em Hi-C melhorou ainda mais o andaimes N50 de 606 kb a 31,84 MB e alcançou 95,75% (1,65 GB) orientado e pedidos de taxa de ancoragem. O genoma compreende 56.251 genes de codificação e 10.098 transcrição não codificadora de longa duração. Além disso, 38 potenciais regiões centroméricas foram previstas em 50 cromossomos.
Fig.1 Genoma de peixe de ouro
TOs conjuntos claros de subgenomas foram identificados nos 50 cromossomos de peixe dourado que resultaram de um antigo evento de hibridação. O conjunto de cromossomos com maior proporção de leituras alinhadas entre peixes douradas e barbinae foi definido como o subgenoma A (CRA01 ~ A25), ou seja, subgênero comum a Barbinae e os restos como subgenoma B (Chrb01 ~ B25).
Domesticação e varreduras seletivas
ATotal de 16 carpas crucianas do tipo selvagem e 185 variantes representativas do peixe dourado foram a remexecionamento com uma profundidade média de sequenciamento de aproximadamente 12,5x, gerando 4,3 terabases de dados. A reconstrução filogenética e a análise de PCA confirmaram uma relação mais próxima entre peixes dourados comuns e carpa cruciana do que outros peixes dourados, que se dividiram em duas linhagens.
LD A análise de decaimento acima de quatro subpopulações apoiou a existência de um gargalo genético da população durante a domesticação e a forte seleção artificial em peixes dourados. O aumento da diversidade genética (π) da carpa cruciana para peixes dourados comum ainda mais para peixes dourados e peixes dourados indicaram um acúmulo significativo de variações genéticas durante sua domesticação. 50 regiões genômicas de varredura seletiva que cobrem genes de 25,2 Mb e 946 foram identificadas a partir de dados representativos (33 peixes dourados e 16 porcaria cruciana). Expandindo a análise para 201 indivíduos, 393 genes indicaram regiões de varredura seletiva concluída. Esses genes foram encontrados com baixa diversidade, que provavelmente contribuíram para os fenótipos associados aos principais traços de domesticação em peixes dourados.
Fig.3 Análise associada à domesticação em todo o genoma
Gwas em peixe dourado domesticado
DOrsal Fin é um recurso essencial distingue o peixe dourado do peixe dourado. Gwas de barbatana dorsal em 96 Wen Goldfish e 87 Egg Goldfish revelaram 378 genes candidatos espalhados por 13 cromossomos e foi observada uma distribuição desigual desses genes entre subgenomas. A análise funcional nesses genes candidatos destacou processos biológicos, incluindo "sinalização do receptor da superfície celular", "transporte transmembranar", "Desenvolvimento do sistema esquelético", etc.
Fig.4 GWAS de barbatana dorsal em peixe dourado domesticado
IN GWAS de características transparentes relacionadas à escala, foi detectado um único pico de associação forte. Um gene que codifica um receptor de tirosina-proteína quinase foi identificado em uma das regiões candidatas.
Fig.5 GWAS de características relacionadas à escala transparentes
Referência
CHen D et al. A origem evolutiva e a história da domesticação do peixe dourado (Carassius Auratus). PNAs (2020)
Notícias Visa compartilhar os casos mais recentes de sucesso com as tecnologias de biomarcadores, capturando novas realizações científicas e técnicas proeminentes aplicadas durante o estudo.
Hora de postagem: Jan-04-2022