Montagem do genoma T2T, genoma livre de lacunas
1stDois genomas de arroz1
Título: Assembléia e validação de dois genomas de referência sem lacunas para o arroz Xian/Indica revela informações sobre a arquitetura de centrômeros de plantas
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Postado Horário: 01 de janeiro de 2021.
Instituto: Universidade Agrícola de Huazhong, China
Materiais
O. sativa xian/indicaVarietas de arroz 'Zhenshan 97 (ZS97)' e 'Minghui 63 (MH63)
Estratégia de sequenciamento
NGS Reads + HiFi Reads + CLR Reads + Bionano + Hi-C
Dados:
ZS97: 8,34 GB （~ 23x） READAS HIFI + 48,39 GB (~ 131x) CLR Reads + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano Irys Cells Cells
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HiFi Reads + 48,97 GB (~ 132x) CLR Reads + 28 GB (~ 76x) Ngs + 2 células Bionano Irys
Figura 1 Dois genomas sem lacunas de arroz (MH63 e ZS97)
2ndGenoma de banana2
Título: Cromossomos de Banana Telômeros para Telômeros
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Postado Horário: 17 de abril de 2021.
Instituto: Université Paris-Saclay, França
Materiais
Duplo haplóideMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Estratégia de sequenciamento e dados:
HISEQ2500 PE250 MODE+ MINION/ PROMETHION (93 GB, ~ 200x)+ Mapa óptico (DLE-1+ BSPQ1)
Tabela 1 Comparação de montagens de genoma de Musa Acuminata (DH-Pahang)
Figura 2 Comparação de arquitetura dos genomas de Musa
3rdGenoma de Phaeodactylum tricornutum3
Título: montagem do genoma do telômero para telômeros deP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Postado Horário: 04 de maio de 2021
Instituto: Western University, Canadá
Materiais
Phaeodactylum tricornutum(Coleção de algas e protozoários CCAP 1055/1)
Estratégia de sequenciamento e dados:
1 célula de fluxo de minions de nanoporos de Oxford + A 2 × 75 emparelhado em parada Middput NextSeq 550 Run
Figura 3 Fluxo de trabalho para montagem de genoma telômer-telômeros
4thGenoma CHM13 humano4
Título: A sequência completa de um genoma humano
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Postado Horário: 27 de maio de 2021
Instituto: Institutos Nacionais de Saúde (NIH), EUA
Materiais: linha celular CHM13
Estratégia de sequenciamento e dados:
Sequenciamento de consenso circular de 30 × Pacbio (HIFI), sequenciamento de leitura ultra-longo de nanoporo de 120 × oxford, sequenciamento de 100 × Illumina PCR (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapas ópticos de biono, Bionano, e Strand-seq
Tabela 2 Comparação de conjuntos de genoma humano GRCH38 e T2T-CHM13
Referência
1. Ssergey Nurk et al. A sequência completa de um genoma humano. biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Os cromossomos sem gapless telômeros a telômeros de banana usando sequenciamento de nanoporos. biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.daniel J. Gigure et al. Montagem do genoma do telômer-telômer de Phaeodactylum tricornutum. biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. A montagem e a validação de dois genomas de referência sem lacunas para o arroz Xian/Indica revela informações sobre a arquitetura de centrômero de plantas. biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Hora de postagem: Jan-06-2022