Exclusive Agency for Korea

条形 Banner-03

Notícias

Repenização do genoma inteiro

6

O monitoramento da genômica do SARS-COV-2 descobre uma variante de deleção NSP1 que modula a resposta do interferon tipo I

Nanoporo | Ilumina | REMELOMENTO DO GEMONO TODO | Metagenômica | RNA-seq | Sanger

As tecnologias de biomarcadores forneceram suporte técnico no sequenciamento de amostras neste estudo.

Destaques

1. SARARS-COV-2 O sequenciamento do genoma e a análise filognética identificam 35 mutações recorrentes, incluindo 31 SNPs e 4 indels.

2.Association com 117 fenótipos clínicos revela potencialmente
mutações importantes.

∆500-532 na região de codificação NSP1 se correlaciona com menor viral
3. Carregue e IFN-β sérico.

4. Isolados virais com mutação ∆500-532 induzem IFN-i mais baixo
resposta nas células infectadas.

Projeto experimental

Design Experimental

Realizações

news11
news11

1. Covid-19 epidemiológico e genômico

Os dados clínicos foram coletados na província de Sichuan, China, durante todo o período de 22 de janeiro de 2020 a 20 de fevereiro de 2020. Um total de 538 casos de Covid-19 foram confirmados por testes de qPCR em Sichuan, 28,8% dos quais foram da província capital. Os casos confirmados em Sichuan aumentaram exponencialmente, chegando ao pico em 30 de janeiro. Além disso, os dados apoiaram que o distanciamento social pode ser um fator -chave para impedir a propagação do vírus.

Figura 1. Estudo epidemiológico de Covid-19 na província de Sichuan, China

2. Construção do genoma SARS-COV-2 e identificação de variantes

Com a amplificação de PCR multiplex seguida pelo sequenciamento de nanoporos, um total de 310 genomas de preenchimento próximo ou parcial de 248 pacientes foram gerados com aprox. 80% dos genomas cobertos por 10 leituras (profundidade média: 0,39 m de leitura por amostra).

news11

Figura 2. Frequência de cada variante na coorte de Sichuan

Um total de 104 SNPs e 18 indels foram identificados a partir de genomas SARS-CoV-2, nos quais 31 SNPs e 4 indels foram identificados como variantes genéticas recorrentes. Ao compará-los com 169 amostras de Wuhan e com 81.391 sequências de genoma Publich de alta qualidade no GISAID, 29 das 35 variantes encontradas apresentadas em outros continentes. Notavelmente, quatro variantes, incluindo ∆500-532, Acc18108AT, ∆729-737 e T13243C, foram encontradas apenas em Sichuan e Wuhan e ausentes em dados GISAID, indicando que essas variantes provavelmente eram aprimoradas de Wuhan, que me encontram no encontro, que encontram-se, que se encontram, que se encontram, indicando que essas variantes eram muito propensas a Wuhan, que me encontram no encontro, que encontram-se, que se encontram, indicando que essas variantes eram muito propensas a Wuhan, que encontram o encontro do Registros de viagem de pacientes.

A análise evolutiva com o método de máxima verossimilhança (ML) e as abordagens de relógio molecular bayesiano foi processado em 88 novos vírus Sfrom sichuan e 250 genomas com curadoria de outras regiões. Genomas com ∆500-532 (deleções na região de codificação NSP1) foram encontrados distribuídos escassamente na árvore filogenética. A análise do haplótipo em variantes NSP1 identificou 5 delas de várias cidades. Esses resultados sugeriram que o ∆500-532 ocorreu em várias cidades e poderia ser importado várias vezes a partir de Wuhan.

2-1-1024X709

Figura 2. Variantes genéticas recorrentes e análise filogenética nos genomas SARS-COV-2

3. Associação de variantes genéticas recorrentes com implicações clínicas

117 Os fenótipos clínicos foram associados à gravidade do covid-19, onde 19 fenótipos relacionados à gravidade foram classificados em características graves e não graves. A relação entre essas características e 35 variantes genéticas recorrentes foi viualizada no mapa de calor bi-cluster. Uma análise de enriquecimento classificada como GSEA mostrou que ∆500-532 está negativamente correlacionado com ESR, IFN-β e CD8+ CD8+ contagem de células T CD8+ no sangue. Além disso, os testes de qPCR mostraram que os pacientes infectados com vírus que abrigam ∆500-532 tiveram o maior valor de TC, ou seja, a menor carga viral.

3-1
3-1-1

Figura 3. Associações de 35 variantes genéticas recorrentes com fenótipos clínicos

4. Validação sobre fenótipos clínicos associados à mutação viral

Para entender os efeitos de ∆500-532 nas funções NSP1, as células HEK239T foram transfectadas com plasmídeos que expressam formas NSP1 de comprimento total, WT e mutantes com deleções. Os perfis de transcriptoma de cada células HEK239T tratadas foram processadas para análise de PCA, mostrando que os mutantes de deleção se agruparam relativamente mais próximos e eram significativamente diferentes do WT NSP1. Os genes que foram significativamente regulados nos mutantes foram enriquecidos principalmente no “processo biossintético/metabólico peptídico”, “biogênese do complexo de ribonucleoproteínas”, “direcionamento de proteínas para a membrana/ER”, etc. Além disso, duas deletações mostraram um padrão distinto do WT.

4

Figura 4. Análise do transcriptoma em células HEK239T transfectadas pelo WT NSP1 e que com deleções

Os efeitos das deleções na resposta do IFN-1 também foram testados em estudo superexpressado. Todas as deleções testadas foram mostradas para reduzir as células IFN-1 em células HEK239T e A549 transfectadas no nível do transcriptoma e no nível da proteína. Curiosamente, os genes significativamente regulamentados nas deleções foram enriquecidos na "resposta de defesa ao vírus", "replicação do genoma viral", "regulação da transcrição pela RNA polimerase II" e "resposta ao interferon tipo I".

5

Figura 5. Regulação do baixo das vias de sinalização de interferon em mutante ∆500-532

Neste estudo, o impacto dessas deleções no vírus foi confirmado por estudos de infecção viral. Os vírus com certos mutantes foram isolados de amostras clínicas e infectadas para células CALU-3. Resultados detalhados no estudo de infecção viral podem ser lidos no artigo.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015

Referência

Lin J, Tang C, Wei H, et al. O monitoramento genômico do SARS-COV-2 descobre uma variante de deleção NSP1 que modula a resposta do interferon tipo I [J]. Cell Host & Microbe, 2021.

Notícias e destaques Visa compartilhar os casos mais recentes de sucesso com as tecnologias de biomarcadores, capturando novas realizações científicas e técnicas proeminentes aplicadas durante o estudo.


Hora de postagem: Jan-06-2022

Envie sua mensagem para nós: