Nanopore Transcriptoma completo

O sequenciamento de nanoporos do transcriptoma é um método poderoso para sequenciar cDNAs de comprimento completo, identificando e quantificando com precisão as isoformas de transcrição. O pipeline de transcriptoma completo do BMKCloud Nanopore foi projetado para analisar dados de RNA-seq gerados na plataforma Nanopore contra um genoma de referência bem anotado de alta qualidade, fornecendo análise qualitativa e quantitativa no nível do gene e do transcrito. Após o controle da qualidade, as seqüências não quiméricas (FLNC) de comprimento total são obtidas e as seqüências de consenso são mapeadas para o genoma de referência para remover transcrições redundantes. A partir desse conjunto de transcrições, a expressão é quantificada e genes e transcritos diferencialmente expressos são identificados e anotados funcionalmente. O oleoduto também inclui análise alternativa de poliadenilação (APA), análise alternativa de splicing, análise de repetição de sequência simples (SSR), previsão de lncRNA e metas correspondentes, previsão de sequências de codificação (CDs), análise familiar de genes, análise fatorial de transcrição, previsão de novos genes e anotação funcional de transcrições.